为什么编码区序列在全基因组中找不到

使用NCBI的BLAST或者UCSC genome browser的BLAT去比对

dbSNP中的序列是SNP位点上下游附近的基因组序列，而NCBI上你找到的相关基因的序列往往都是mRNA序列，如果rs序列有内含子部分，自然你在mRNA上不可能找到对应的序列，另外，有可能rs序列和该基因转录方向是相反的，这样你仍然找不到，另外，序列比对无须用word，这不是个合适的方法，你应该使用NCBI的BLAST或者UCSC genome browser的BLAT去比对。

医学文献常用数据库：Pubmed

我常用很多跟遗传病有关的数据库，有：OMIM（人类孟德尔遗传数据库）、HGMD（人类基因突变数据库）、Clinvar（NCBI临床突变数据库）、gnomAD（人群频率数据库）、dbSNP（人群频率数据库）、InterVar（位点致病性评判）、GeneReviews（疾病数据库）、PharmGKB（药物基因组数据库）、常用预测软件数据库。

跟CNV分析有关的数据：DGV（基因组变异数据库）、Decipher（拷贝数变异数据库）、ClinGen数据库（剂量敏感判断数据库）、UCSC Genome Browser（基因组浏览器）。

表型库：HPO（人类本体表型库）、CHPO

上面是我常用的数据库，不知是不是您问的内容，当然查文献最多还是在pubmed。

去ucsc genome browser，找到菊花对应基因组，搜索感兴趣的基因，在下面就会显示对应的转录本，粗的深色部分代表外显子，外显子之间相连的较细部分就是内含子。

如果需要序列信息可以去ensemble搜索菊花基因组，搜索基因，然后export，选择intron就可以输出intron部分序列信息了

UCSC是生物领域里常用的数据库之一，由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护，主要包含了人类、小鼠、果蝇等多种常见动物的基因组信息。UCSC里也包括了一系列的分析工具，帮助用户浏览基因信息、查看已有基因组注释信息和下载基因序列等。

在生物信息分析过程中，有时会需要fasta、GTF或BED等格式的数据文件，而UCSC是这些文件的主要下载来源之一。本文主要以人的基因组信息为例讲述如何在UCSC上下载想要的数据库和交叉数据库。

UCSC主界面如图所示，我们找到Table Browser点击进入。

在UCSC的主页上，点击Genomics，然后点击human图标，获取其他物种的染色体长度。

染色体（chromosome）是细胞在有丝分裂或减数分裂时DNA存在的特定形式。细胞核内，DNA紧密卷绕在称为组蛋白的蛋白质周围并被包装成一个线状结构。当细胞不分裂时，染色体在细胞核中是不可见的——在显微镜下也是如此。

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