寡核苷酸条形码技术

寡核苷酸条形码技术,第1张

Druzhinina等(2005b)发展了第一个真菌DNA寡核苷酸条形编码用于鉴定木霉和肉座菌种类鉴定:TrichOKey 10。第一个版本是根据88个已确认种的135个ITS1和2单倍型的979条序列建立的,得出木霉的特征性寡核苷酸序列,作为种类鉴定的条形码,这些序列在已知肉座菌和木霉的ITS1和ITS2种保持一致,但与木霉相关的边缘属序列则具有多变性,这些特征性寡核苷酸可用来鉴定属;种类、进化枝及属特征性序列信息被贮存于MySQL数据库,并被整合为标签鉴定系统TrichOKey 10。能用来鉴定75个单个种类、5个成对种类及1个三元种。

TrichOKey 10的优势是可产生一个明确的结果,并能被有很少木霉分类经验的研究者使用。缺点是缺少Tkoningii,Tovalisporum和Hmuroiana三个种类可靠的ITS条形码,因为不同地域的木霉经常被发现三个种类的ITS序列特征(Kullnig et al,2000;Druzhinina et al,2005 a;Zhang et al,2005)。ITS1和ITS2 序列的差异也不能稳定地区别Hrufa“集合种”的3个种,以及Tviride,Tkoningii和Tatrovirde。tef1的大内含子序列分析已经被用于在Tviride和Tkoningii种区分不同的组,观测到的多样性在后来的版本(TrichOKey 20)中得到整合和修订(Druzhinina,2006a)。TrichOKey 20包括153个ITS和2条形码,可用于104种木霉种类的鉴别。

1品种:世界上野生灵芝有几百种,目前我国对九十余种已经有了较明确的研究。还有一些品种有待于进一步的开发。而栽培的灵芝目前只有一种,就是赤芝又叫松杉灵芝(有柄)。

2生长期:野生灵芝,除我国的无柄赤芝为一年生外,大都为子实体多年生植物,有的野生灵芝生长期长达数百年,其积累的药用价值更为显著。它神奇的药效为野生灵芝披上了一层神密的色彩。异常珍稀。而栽培灵芝生长期仅为一个月。

3药效积累:野生灵芝生长期越久药效积累越强。而栽培的灵芝药效是一代不如一代,到了第四代的时候,养殖灵芝其药用价值微乎其微。

4寄居物:野生灵芝大都寄居於活树干、树皮、木桩或朽木上。而栽培灵芝是在腐木上,一般以段木为主。象多年生的野生平盖灵芝,被称作树舌。就是在活树干上生长著。根本无法栽培。

5繁殖:野生灵芝是担孢子有性遗传。二个雄性一个雌性结合方能再繁殖成另一个小的野生灵芝。而栽培灵芝是无性遗传。再生长方式是通过菌丝分裂来完成的。

6形状:野生灵芝无柄的居多,由於品种的不同形状也不尽相同。而栽培灵芝因为品种受限,目前只一种有柄的赤芝。所以野生灵芝与栽培灵芝比较好区别。

7农药残留:野生灵芝生长於大自然之中,没有农药及任何有害物质残留。而养殖灵芝一般生长於人工搭建的大棚之中,其农药残留就可想而知。

8有机锗与有机硒:灵芝中最有药用价值的有机锗和有机硒在养殖灵芝中是根本不含的。每一克野生灵芝之中含有机锗高达800至2000微克,含有机硒1000至4000微克。是生长二十年的野山参含量的4至6倍。

9灵芝多糖、灵芝酸、总三萜及大量的微量元素:野生灵芝中多糖及灵芝酸的含量是养殖灵芝的三到六倍。而总三萜及大量的微量元素在养殖灵芝中的含量也远不如野生灵芝。

希望对你有所帮助!!!

这是我自己写的生物多样性论文,交选修课作业的。我理解你的心情,可这样搞不好,最好自己写。

提要:外来物种入侵被认为是世界范围内对生物多样性的一个巨大威胁,现已成为一个全球化的问题,其危害已随人类的认识水平和估算能力的提高而日益彰显。本文介绍了物种入侵的概念,列举了其危害,讨论了控制物种入侵的一种方法:引入天敌是否是治理物种入侵的最佳方法。 我国亟需对现有的关于外来物种入侵的法律、法规体系进行全面清理,借鉴国际上的先进经验,完善现有的外来入侵物种管理和控制体系,尽快制定出科学有效的《防止外来物种入侵法》和《入侵物种管理法》,为我国防止外来生物入侵,保护生物多样性和生态环境提供法理依据和制度保障。

一、物种入侵的概念及过程。

按照世界自然保护同盟(IUCN)的定义,所谓外来物种,是指那些出现在其过去或现在的自然分布范围及扩散潜力以外(即在其自然分布范围以外或在没有直接或间接引入或人类照顾之下而不能存在)的物种、亚种或以下的分类单元,包括其所有可能存活、继而繁殖的部分、配子或繁殖体。 外来入侵物种则是指从自然分布区通过有意或无意的人类活动而被引入,在当地的自然或半自然生态系统中形成了自我再生能力,并给当地的生态系统或景观造成明显损害或影响的物种。

从新石器时代起农民就不断地移植植物物种、动物物种。17世纪以来,旅行的人们加强了这种混杂,有时结果是好的,但更经常是带来灾难性后果。 随着交通方式的进步、国际贸易和旅游业的发展,外来物种入侵的概率大大增加。一个地域的某物种比过去更经常地被有意或无意地携带或转移到另一个地域,并在缺乏天敌等制约因素的新环境下繁殖、扩散, 进而对当地生态环境、社会经济和人身健康产生难以估量的影响,如众所周知的水葫芦、松材线虫等。随着全球化进程中国际间经贸交流和人员往来的日益频繁,外来物种扩散的规模和速度均超过以往,给人类造成的危害日益加剧。外来物种入侵的方式主要包括以下两种:一是有意引进,包括用于养殖、种植、花卉等目的的引种,用于生物防治、绿化、水土保持、环境保护等目的的引进;二是无意引进,包括随航空、陆路、水路运输工具和压舱水的引入,随进出口货物和包装材料的引入,旅客无意引入等。那么,外来物种究竟是怎样成功“入侵”我国的呢?

在国家环境保护总局南京环境科学研究所的组织协调下,中国自2001年12月开始在全国展开了历史上首次外来入侵物种调查。经过近两年的努力,最近终于摸清了外来入侵物种的底数,本次调查共查明外来入侵物种283种。调查结果显示,在283种外来入侵物种中,396%是属于有意引进造成的,493%是属无意引进造成的,自然入侵(指物种随风媒、虫媒和鸟媒等媒介自然传播)的仅占31%。而在外来入侵的植物中,有一半左右是作为有用植物引进的。 可见,人们对外来入侵物种认识滞后是造成外来物种入侵的最大因素,很多单位和个人对外来物种可能导致的生态和环境后果缺乏足够的认识,对外来物种的引进方面存在很大的盲目性和急功近利的倾向。有些地方和部门,盲目认为外来植物比本地植物好,因此在工作中不注意发掘本地的优良品种,而热衷于从国外引种,极大地增加了外来物种入侵的风险。可以说,“人祸”(人为原因)是外来有害生物入侵的“帮凶”,外来物种入侵问题首先是一个人为的问题。

而外来物种通过各种途径到达某一生态系统,并不是一进入新的生态系统就能形成入侵,而是在一定条件下实现从“移民”到“侵略者”的转变。外来入侵种的入侵是一个复杂的生态过程,这个过程通常可分为四个阶段:

1侵入:指是生物离开原生存的生态系统到达一个新境;

2定居:是指生物到达入侵地后,经当地生态条件的驯化,能够生长、发育并进行了繁殖,至少完成了一个世代;

3适应:是指入侵生物已繁殖了几代,由于入侵时间短,个体基数少,因而种群增长不快,但每一代对新环境的适应能力都有所增强;

4扩散:是指入侵生物已基本适应生活于新的生态系统,种群已经发展到一定数量,具有合理的年龄结构和性比,并具有快速增长和扩散的能力,当地又缺乏控制该物种种群数量的生态调节机制,该物种就大肆转播蔓延,形成生态“暴发”,并导致生态和经济危害。

但并不是每个物种的入侵都必须完成这四个阶段,如豚草和三裂叶豚草的入侵某一地区并成为优势种群,大约经历三个阶段:第一是入侵阶段,通常呈单株散生或是成小丛;第二是定居阶段,通常呈小斑块或呈大斑块分布,许多干扰生境还没有被占据;第三是稳定阶段,通常呈大群分布,几乎占据了当地所有适于豚草类生长的干扰生境。

二、物种入侵的危害

外来物种的危害极大,一般说来,有以下几点:

1 直接减少当地物种数量。

2 间接减少依赖于当地物种生存的物种数量。

3 改变当地生态系统和景观。

4 对火灾和虫害的抵抗能力降低。

5 土壤保持和营养改善能力下降。

6 水分保持和水质提高能力下降。

7 生物多样性保护能力下降。

据了解,世界许多国家因外来物种入侵造成的经济损失都很惊人,美国每年损失1500亿美元,印度每年损失1300亿美元,南非损失800亿美元。 IUCN 2003年2月5日发表的研究报告估计,目前,外来入侵物种给各国造成的经济损失每年超过4000亿美元。IUCN还指出:当前,外来生物入侵是导致原生物种衰竭、生物多样性减少的重要原因。

中国首次外来入侵物种调查的结果表明,外来入侵物种已对中国生物多样性和生态环境造成了严重破坏,一些物种在某些地方已经达到难以控制的程度。据中国农业部最新的统计显示,目前已经至少有380种植物、40种动物、23种微生物正“全面”入侵我国,外来入侵物种每年对中国国民经济有关行业造成直接经济损失共计19859亿元。专家们根据间接经济损失评估模型计算的结果表明,外来入侵物种对我国生态系统、物种多样性及遗传资源造成的间接经济损失每年为100017亿元,两项相加,外来入侵物种对中国造成的总经济损失为每年119876亿元,为国内生产总值的136%。 入侵物种给我国带来的更大灾难是对生态环境的破坏。能够成功入侵的外来物种,往往具有先天的竞争优势,一旦在新的滋生地摆脱了人类的控制和天敌的制约,就会出现爆发性的疯长,排挤本土物种,形成单一优势种群,最终导致滋生地物种多样性、生物遗传资源多样性丧失。

生物入侵经典案例:1859年,当澳大利亚的一个农夫为了打猎而从外国弄来十几只兔子后,一场可怕的生态灾难爆发了。兔子是出了名的快速繁殖者,一只雌兔一年可以产25只兔仔。而且这些野兔发现自己来到了天堂:澳大利亚没有鹰、狐狸这些天敌,与兔子处于同一种小生态 的小袋鼠对它们也没有竞争能力,因此兔子数量剧增。这些野生的兔子吃牧草,啃小麦,剥食树皮草根,所到之处麦苗牧草荡然无存。它们还到处打洞,破坏水源,使良田变荒漠,一些小岛甚至发生了水土流失。当地的农业和畜牧业遭受巨大损失,并使当地有袋类由于食物缺乏而受危。人们筑围墙、打猎、捕捉、放毒等等,办法用尽,而兔灾仍然无法消除。1950年,人们尝试一种控制野兔的新方法。一种能杀死的兔子的病,即粘液瘤病(兔的一种病毒性传染病枣译注),被引入澳大利亚。科学家先将该病传染给蚊子,然后经蚊子再传染给兔子。但是针对兔子的细菌战被证明只是使不断恶化的状况得到暂时缓解,一小部分兔子对这种病毒具有天然的免疫能力,它们在侥幸逃生后又快速繁殖起来。整个20世纪中期,澳大利亚的灭兔行动从未停止过。

克氏原螯虾(procambius clarkii),也就是我们平时吃的小龙虾,我们在垂涎其美味的同时恐怕从没想过他是一种危害极大的入侵种。我国20世纪30~40年代从日本引进,日本于更早时期从美国引种,主要用作食物和宠物。如今在中国分布范围日渐扩大,在我国南方特别是长江流域的诸省市都能见到。螯虾能给堤坝造成危害是由其喜欢穴居的生活习性决定的,它的前端长有一对钳子般的螯足,打洞的速度很快,范围也较大。由于它们经常生活在江、河、水库、池塘和水田等的岸边,因此对于堤坝的危害可能比白蚁的危害更大。它们的洞通常深度1-5米,直径6-12厘米,有垂直洞,也有水平洞,有时洞洞相连,在大堤背水面数十米以内经常发现。这些虾洞往往与管涌形成有关,对堤防危害极大:在1998年长江特大洪灾中,防汛人员在长江荆江大堤章化段巡堤查险发现清水漏洞,开挖处理时在堤身挖出大量螯虾;鄂州长江干堤燕矶段也发现10多起螯虾危害大堤的情况,武汉市汉阳区汉江大堤上黄金口段的一处约100平方米的池塘边就曾发现了37个虾洞,经及时用砂石料填埋,才消除了隐患。它们能在临时性水体中生存,且食性广泛,建立种群的速度极快,易于扩散。对当地鱼类、甲壳类、水生植物极具威胁,破坏当地食物链;因其取食根系而直接对作物(尤其是水稻等水生、半水生作物)和天然植被有灾害性破坏;螯虾食性很杂,对鱼苗发花和1龄鱼种培育有一定程度的影响,并危害人工繁育的幼蚌。由于克氏原螯虾适应性强,抗逆能力强,食性广泛,种群增殖速度快,目前对克氏原螯虾尚无有效的防治方法。

近年来,入侵中国的外来生物呈现传入数量增多、传入频率加快、蔓延范围扩大、发生危害加剧,每年因此而造成的经济和生态损失高达数千亿元,潜在危害更是难以估量。

四、治理措施

中国是世界上遭受生物入侵危害最严重的国家之一,入侵种多、危害严重。目前广泛采取引进新物种的“天敌替代法”有可能是“引狼驱虎”,我国应立足本土生物多样性优势,寻找对付入侵的“本土卫士”。

中科院植物研究所副研究员高贤明博士认为造成生物入侵危机的主要原因就是各地盲目引进各种外来物种,同时在生物入侵的治理中,为追求“立竿见影”的短期效果,各地未经过任何科学的论证和必要的试验,就普遍采取从国外引进天敌和替代物种的“以夷治夷”方式,殊不知这样的做法导致新的生物入侵危险性极高。

近来科学家在四川、云南、贵州等地已发现众多能排挤、抵御外来生物入侵的本土物种,这使中国的生物入侵治理有了新的“转机”。参与中科院“重要外来物种的入侵生态学效应及管理技术研究”项目的专家最近重点对四川省攀枝花市仁和区进行了初步调查,发现在与被称为植物界“食人鱼”的紫茎泽兰生存竞争中最终可以占优势的本土植物有100多种。目前他们正在对这些植物进一步筛选,并在良种选育、采种园建设、栽培技术、管护措施等方面进行深入研究。

另外,我国应尽快制定《防止外来物种入侵法》和《入侵物种管理法》,而且由于外来入侵物种的影响面极大,我国应成立包括农业、林业、环保、海洋、贸易、检疫、卫生、国防、司法、教育、科研等国家主管部门在内的统一管理协调委员会,从国家利益的高度全面管理外来入侵物种。立法时的核心问题是加强和完善对外来物种引入的评估和审批制度,并应充分考虑到入侵种传入的各个环节,针对每一传入途径制定相应的法制管理对策。具体应当包括如下方面:

第一、建立完善的外来物种入侵风险评估体系。

作为国家与地方管理部门早期预警和决策的依据,外来物种入侵风险评估体系的建立势在必行。需要进行风险评估的方面主要有:健康风险、对经济生产的威胁、对当地野生生物和生物多样性的威胁,以及引起环境破坏或导致生态系统生态效益损失的风险等。

应当在立法中明确规定,凡从国外引入,或者从国内跨生态系统引入时,都需要办理申请和经过评估。在充分的科学研究和信息收集整理的基础上,制定我国外来入侵物种的管理名录及评估方法,将其作为法律附件,为司法实践提供科学参考。法律本身可以长期稳定不变,但这些附件应该是动态的,需要根据科学研究的结果更新。

第二、建立外来入侵物种早期预警、监测和快速反应体系。

首先,我国建立外来入侵物种早期预警体系应包括建立国家和省级水平的早期预警工作体系。早期预警单位应该进行野外调查,验证所收到的报告与物种鉴定的结果,以及做出是否需要加强监测的建议。

而且在监测的管理方面,应大力加强有关信息系统的建设,并建立起相应的入侵物种数据库和物种鉴定专家数据库。立法应当明确规定建立定期(年度)普查制度。地方与中央则应分别建立相应的定期报告与公告制度,以便及时汇总信息以发布国家生态安全预警名录,制止外来物种的入侵和蔓延。

另外,我国亟需建立专门的入侵物种快速反应体系。国家环保总局在构建该体系中应发挥积极作用,充分结合各部门已有的和拟建的快速反应机制,使之形成全过程的监督管理体系,实现协调统一和信息共享。

第三,建立完备的预防措施、野外释放试验、清除、控制体系。

预防措施首先要通过立法建立双许可证制度,即从国外引进物种时,均要求有出口国和引进国两个许可证明,从而控制潜在风险物种的进口、出口和转移。另外应当改革现有防范机制,并加强海关执法,强化海关对于物种的非法转移及物种转移的许可文件的检查。

由于外来入侵种常常有停滞期,所以在允许大面积扩大释放之前必须进行一个试验,即在被控制的和可恢复的条件下进行野外释放试验。

如果外来物种产生不良影响,即应迅速制定清除计划。此类计划极易引起更严重的生态破坏,所以必须十分周密,针对不同的情况采用不同的方法,并确保清除方法有效、无污染,而且不能危害人类和本地动植物。清除计划必须确保有足够的立法和机构组织保障,还包括清除后必要的生态系统恢复措施。

但是实际生活中,彻底清除有害生物和物种常常很难,这时只能使用控制计划,将入侵物种控制在可以管理、引起灾害尽量小的状态。控制计划当然也应当通过立法给予保障。

第四、关于责任和费用承担问题

按照“谁受益、谁补偿,谁破坏、谁恢复”的原则,建立完备的生态效益补偿制度[8]。法律应明确规定引入者所必须承担的相应的清除和经济赔偿责任,其中包括进行危险性评估、实验、监测和治理的义务。同时国家行政主管部门通过立法对引种不当的责任机构或人员,予以经济处罚。责任人应向受害者支付补偿费,或受害者可以依法申请国家赔偿。

由于外来物种入侵所造成的经济损失往往极为严重,而预防、清除或控制此种危害,维护现有的生物安全所需要的费用,更是责任人难以承受的天文数字,所以应建立风险分担机制,规定进口单位需要购买责任保险,以将经济风险转移给商业保险公司或社会保险机构。当然,国家和地方政府也必须将控制外来物种入侵种作为生态保护的措施之一纳入财政预算,建立相应的基金。

最后,立法中应明确规定鼓励使用当地物种,外来物种仅在安全和必要的前提下,才能考虑是否引入。

参考文献:《人民网-环保频道》,《新华网》 ,

解 焱 外来物种入侵、危害及我国的对策研究

高勇 阎彩娥 中国外来生物入侵调查

环保总局:外来入侵物种每年造成经济损失逾千亿

外来物种入侵的危害

培养,采样后在常规的酵母用培养基如PDA中培养,加适量链霉素抑制细菌生长。培养出的微生物最简单鉴定方法有两个,一个是用试剂盒鉴定,基于培养特征和数据库进行鉴定。另外就是基于PCR的特征片段后的核酸分子鉴定。药敏实验,培养出来后加各种药物,这个有标准方法。

因为它符合两种环境下的生长,有氧无氧都可以生长的,只是两种环境下产生的化学物质不同而已。

酵母菌

英语名称:yeast

酵母菌是一些单细胞真菌,并非系统演化分类的单元。酵母菌是人类文明史中被应用得最早的微生物。目前已知有1000多种酵母,根据酵母菌产生孢子(子囊孢子和担孢子)的能力,可将酵母分成三类:形成孢子的株系属于子囊菌和担子菌。不形成孢子但主要通过芽殖来繁殖的称为不完全真菌,或者叫“假酵母”。目前已知大部分酵母被分类到子囊菌门。酵母菌在自然界分布广泛,主要生长在偏酸性的潮湿的含糖环境中,例如,在水果、蔬菜、蜜饯的内部和表面以及在果园土壤中最为常见。

[编辑本段]生理

酵母营专性或兼性好氧生活,目前未知专性厌氧的酵母。在缺乏氧气时,发酵型的酵母通过将糖类转化成为二氧化碳和乙醇来获取能量。

C6H12O6(葡萄糖)→2C2H5OH(酒精)+2CO2↑

在酿酒过程中,乙醇被保留下来;在烤面包或蒸馒头的过程中,二氧化碳将面团发起,而酒精则挥发。

在有氧气的环境中,酵母菌将葡萄糖转化为水和二氧化碳,例如,我们吃的馒头、面包都是酵母菌在有氧气的环境下产生膨胀的。

[编辑本段]化学元素组分

酵母的化学组成与培养基、培养条件和酵母本身所处的生理状态有关。

一般情况下:

酵母细胞的平均元素组成(%)如下:

碳-47 氢-65 氧-31 氮-75~10 磷-16~35

其他元素的含量很少(%)

钙-03~08 钾-15-25 镁--01~04 钠-006-02 硫-02

在酵母中发现的微量元素(mg/kg)

铁--90-350 铜:20-135 锌:100-160 钴:15-65

[编辑本段]特征

多数酵母可以分离于富含糖类的环境中,比如一些水果(葡萄、苹果、桃等)或者植物分泌物(如仙人掌的汁)。一些酵母在昆虫体内生活。酵母菌是单细胞真核微生物。酵母菌细胞的形态通常有球形、卵圆形、腊肠形、椭圆形、柠檬形或藕节形等。比细菌的单细胞个体要大得多,一般为1~5微米′5~20微米。酵母菌无鞭毛,不能游动。 酵母菌具有典型的真核细胞结构,有细胞壁、细胞膜、细胞核、细胞质、液泡、线粒体等,有的还具有微体。酵母菌的细胞形态酵母菌的细胞形态酵母菌细胞结构的显微照片酵母菌的菌落。

大多数酵母菌的菌落特征与细菌相似,但比细菌菌落大而厚,菌落表面光滑、湿润、粘稠,容易挑起,菌落质地均匀,正反面和边缘、中央部位的颜色都很均一,菌落多为乳白色,少数为红色,个别为黑色。 啤酒酵母的菌落红酵母的菌落各种酵母菌的菌落。

[编辑本段]生殖

酵母可以通过出芽进行无性生殖,也可以通过形成子囊孢子进行有性生殖。无性生殖即在环境条件适合时,从母细胞上长出一个芽,逐渐长到成熟大小后与母体分离。在营养状况不好时,一些可进行有性生殖的酵母会形成孢子(一般是四个),在条件适合时再萌发。一些酵母,如假丝酵母(或称念珠菌,Candida)不能进行无性繁殖。

酵母菌的生长条件

营 养:

酵母菌同其它活的有机体一样需要相似的营养物质,象细菌一样它有一套胞内和胞外酶系统,用以将大分子物质分解成细胞新陈代谢易利用的小分子物质。

水 分:

象细菌一样,酵母菌必须有水才能存活,但酵母需要的水分比细菌少,某些酵母能在水分极少的环境中生长,如蜂蜜和果酱,这表明它们对渗透压有相当高的耐受性。

酸 度:

酵母菌能在pH 值为3-75 的范围内生长,最适pH 值为pH45-50。

温 度:

在低于水的冰点或者高于47℃的温度下, 酵母细胞一般不能生长,最适生长温度一般在20℃~30℃之间。

氧 气:

酵母菌在有氧和无氧的环境中都能生长,即酵母菌是兼性厌氧菌,在缺氧的情况下,酵母菌把糖分解成酒精和水。在有氧的情况下,它把糖分解成二氧化碳和水,在有氧存在时,酵母菌生长较快。

[编辑本段]用途

最常提到的酵母酿酒酵母(也称面包酵母)(Saccharomyces cerevisiae),自从几千年前人类就用其发酵面包和酒类,在酦酵面包和馒头的过程中面团中会放出二氧化碳。

因酵母属于简单的单细胞真核生物,易于培养,且生长迅速,被广泛用于现代生物学研究中。如酿酒酵母作为重要的模式生物,也是遗传学和分子生物学的重要研究材料。

[编辑本段]产品种类

酵母产品有几种分类方法。以人类食用和作动物饲料的不同目的可分成食用酵母和饲料酵母。食用酵母中又分成面包酵母、食品酵母和药用酵母等。

(1)面包酵母 又分压榨酵母、活性干酵母和快速活性干酵母。

①压榨酵母:采用酿酒酵母生产的含水分70~73%的块状产品。呈淡**,具有紧密的结构且易粉碎,有强的发面能力。在4℃可保藏1个月左右,在0℃能保藏2~3个月产品最初是用板框压滤机将离心后的酵母乳压榨脱水得到的,因而被称为压榨酵母,俗称鲜酵母。发面时,其用量为面粉量的1~2%,发面温度为28~30℃,发面时间随酵母用量、发面温度和面团含糖量等因素而异,一般为1~3小时。

②活性干酵母:采用酿酒酵母生产的含水分8%左右、颗粒状、具有发面能力的干酵母产品。采用具有耐干燥能力、发酵力稳定的醇母经培养得到鲜酵母,再经挤压成型和干燥而制成。发酵效果与压榨酵母相近。产品用真空或充惰性气体(如氮气或二氧化碳)的铝箔袋或金属罐包装,货架寿命为半年到1年。与压榨酵母相比,它具有保藏期长,不需低温保藏,运输和使用方便等优点。

③快速活性干酵母:一种新型的具有快速高效发酵力的细小颗粒状(直径小于1mm)产品。水分含量为4~6%。它是在活性干酵母的基础上,采用遗传工程技术获得高度耐干燥的酿酒酵母菌株,经特殊的营养配比和严格的增殖培养条件以及采用流化床干燥设备干燥而得。与活性干酵母相同,采用真空或充惰气体保藏,货架寿命为1年以上。与活性干酵母相比,颗粒较小,发酵力高,使用时不需先水化而可直接与面粉混合加水制成面团发酵,在短时间内发酵完毕即可焙烤成食品。该产品在本世纪70年代才在市场上出现,深受消费者的欢迎。研究发现,安琪酵母的活力是最高的。

(2)食品酵母:不具有发酵力的繁殖能力,供人类食用的干酵母粉或颗粒状产品。它可通过回收啤酒厂的酵母泥、或为了人类营养的要求专门培养并干燥而得。美国、日本及欧洲一些国家在普通的粮食制品如面包、蛋糕、饼干和烤饼中掺入 5%左右的食用酵母粉以提高食品的营养价值。酵母自溶物可作为肉类、果酱、汤类、乳酪、面包类食品、蔬菜及调味料的添加剂;在婴儿食品、健康食品中作为食品营养强化剂。由酵母自溶浸出物制得的5′-核苷酸与味精配合可作为强化食品风味的添加剂(见)。从安琪酵母中提取的浓缩转化酶用作方蛋夹心巧克力的液化剂。从以乳清为原料生产的酵母中提取的乳糖酶,可用于牛奶加工以增加甜度,防止乳清浓缩液中乳糖的结晶,适应不耐乳糖症的消费者的需要。

药用酵母 制造方法和性质与食品酵母相同。由于它含有丰富的蛋白质、维生素和酶等生理活性物质,医药上将其制成酵母片如食母生片,用于治疗因不合理的饮食引起的消化不良症。体质衰弱的人服用后能起到一定程度的调整新陈代谢机能的作用。在酵母培养过程中,如添加一些特殊的元素制成含硒、铬等微量元素的酵母,对一些疾病具有一定的疗效。如含硒酵母用于治疗克山病和大骨节病,并有一定防止细胞衰老的作用;含铬酵母可用于治疗糖尿病等。

(3)饲料酵母:通常用假丝酵母或脆壁克鲁维酵母经培养、干燥制成是不具有发酵力,细胞呈死亡状态的粉末状或颗粒状产品。它含有丰富的蛋白质(30~40%左右)、B族维生素、氨基酸等物质,广泛用作动物饲料的蛋白质补充物。它能促进动物的生长发育,缩短饲养期,增加肉量和蛋量,改良肉质和提高瘦肉率,改善皮毛的光泽度,并能增强幼禽畜的抗病能力。

[编辑本段]危害

有些酵母菌对生物或用具是有害的,例如红酵母(Rhodotorula)会生长在浴帘等潮湿的家具上;白色假丝酵母(或称白色念珠菌)(Candida albicans)会生长在阴道衬壁等湿润的人类上皮组织。

[编辑本段]酵母作用

一、酵母基因组组成

在酿酒酵母测序计划开始之前,人们通过传统的遗传学方法已确定了酵母中编码RNA或蛋白质的大约2600个基因。通过对酿酒酵母的完整基因组测序,发现在12068kb的全基因组序列中有5885个编码专一性蛋白质的开放阅读框。这意味着在酵母基因组中平均每隔2kb就存在一个编码蛋白质的基因,即整个基因组有72%的核苷酸顺序由开放阅读框组成。这说明酵母基因比其它高等真核生物基因排列紧密。如在线虫基因组中,平均每隔6kb存在一个编码蛋白质的基因;在人类基因组中,平均每隔30kb或更多的碱基才能发现一个编码蛋白质的基因。酵母基因组的紧密性是因为基因间隔区较短与基因中内含子稀少。酵母基因组的开放阅读框平均长度为1450bp即483个密码子,最长的是位于XII号染色体上的一个功能未知的开放阅读框(4910个密码子),还有极少数的开放阅读框长度超过1500个密码子。在酵母基因组中,也有编码短蛋白的基因,例如,编码由40个氨基酸组成的细胞质膜蛋白脂质的PMP1基因。此外,酵母基因组中还包含:约140个编码RNA的基因,排列在XII号染色体的长末端;40个编码SnRNA的基因,散布于16条染色体;属于43个家族的275个tRNA基因也广泛分布于基因组中。表1提供了酵母基因在各染色体上分布的大致情况。

表1 酵母染色体简况

染色体编号

长度(bp) 基因数 tRNA基因数

I 23×103 89 4

II 807188 410 13

III 315×103 182 10

IV 1531974 796 27

V 569202 271 13

VI 270×103 129 10

VII 1090936 572 33

VIII 561×103 269 11

IX 439886 221 10

X 745442 379 24

XI 666448 331 16

XII 1078171 534 22

XIII 924430 459 21

XIV 784328 419 15

XV 1092283 560 20

XVI 948061 487 17

序列测定揭示了酵母基因组中大范围的碱基组成变化。多数酵母染色体由不同程度的、大范围的GC丰富DNA序列和GC缺乏DNA序列镶嵌组成。这种GC含量的变化与染色体的结构、基因的密度以及重组频率有关。GC含量高的区域一般位于染色体臂的中部,这些区域的基因密度较高;GC含量低的区域一般靠近端粒和着丝粒,这些区域内基因数目较为贫乏。Simchen等证实,酵母的遗传重组即双链断裂的相对发生率与染色体的GC丰富区相耦合,而且不同染色体的重组频率有所差别,较小的Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅸ号染色体的重组频率比整个基因组的平均重组频率高。�

酵母基因组另一个明显的特征是含有许多DNA重复序列,其中一部分为完全相同的DNA序列,如rDNA与CUP1基因、Ty因子及其衍生的单一LTR序列等。在开放阅读框或者基因的间隔区包含大量的三核苷酸重复,引起了人们的高度重视。因为一部分人类遗传疾病是由三核苷酸重复数目的变化所引起的。还有更多的DNA序列彼此间具有较高的同源性,这些DNA序列被称为遗传丰余(genetic redundancy)。酵母多条染色体末端具有长度超过几十个kb的高度同源区,它们是遗传丰余的主要区域,这些区域至今仍然在发生着频繁的DNA重组过程。遗传丰余的另一种形式是单个基因重复,其中以分散类型最为典型,另外还有一种较为少见的类型是成簇分布的基因家族。成簇同源区(cluster homology region,简称CHR)是酵母基因组测序揭示的一些位于多条染色体的同源大片段,各片段含有相互对应的多个同源基因,它们的排列顺序与转录方向十分保守,同时还可能存在小片段的插入或缺失。这些特征表明,成簇同源区是介于染色体大片段重复与完全分化之间的中间产物,因此是研究基因组进化的良好材料,被称为基因重复的化石。染色体末端重复、单个基因重复与成簇同源区组成了酵母基因组遗传丰余的大致结构。研究表明,遗传丰余中的一组基因往往具有相同或相似的生理功能,因而它们中单个或少数几个基因的突变并不能表现出可以辨别的表型,这对酵母基因的功能研究是很不利的。所以许多酵母遗传学家认为,弄清遗传丰余的真正本质和功能意义,以及发展与此有关的实验方法,是揭示酵母基因组全部基因功能的主要困难和中心问题。

二、酵母基因组分析

在酵母基因组测序以前,人们已知道在酵母和哺乳动物中有大量基因编码类似的蛋白质。对于一些编码结构蛋白质(如核糖体和细胞骨架中的)在内的同源基因,人们并不感到意外。但某些同源基因却出乎人们意料,如在酵母中发现的两个同源基因RAS1和RAS2与哺乳动物的H-ras原癌基因高度同源。酵母细胞如同时缺乏RAS1和RAS2基因,呈现致死表型。在1985年,首次应用RAS1和RAS2基因双重缺陷的酵母菌株进行了功能保守性检测,结果表明,当哺乳动物的H-ras基因在RAS1和RAS2基因双重缺陷的酵母菌株中表达时,酵母菌株可以恢复生长。因此,酵母的RAS1和RAS2基因不仅与人类的H-ras原癌基因在核苷酸顺序上高度同源,而且在生物学功能方面保守。

随着整个酵母基因组测序计划的完成,人们可以估计有多少酵母基因与哺乳动物基因具有明显的同源性。Botstein等将所有的酵母基因同GenBank数据库中的哺乳动物基因进行比较(不包括EST顺序),发现有将近31%编码蛋白质的酵母基因或者开放阅读框与哺乳动物编码蛋白质的基因有高度的同源性。因为数据库中并未能包含所有编码哺乳动物蛋白质的序列,甚至不能包括任何一个蛋白质家族的所有成员,所以上述结果无疑会被低估。酵母与哺乳动物基因的同源性往往仅限于单个的结构域而非整个蛋白质,这反映了在蛋白质进化过程中功能结构域发生了重排。在酵母5800多个编码蛋白质的基因中,约41%(~2611个)是通过传统遗传学方法发现的,其余都是通过DNA序列测定所发现。约有20%酵母基因编码的蛋白质与其它生物中已知功能的基因产物具有不同程度的同源性(其中约6%表现出很强的同源性,约12%表现出稍弱的同源性),从而能初步推测其生物学功能。酵母基因组中有10%基因(约653个)与其它生物中功能未知的蛋白质的基因具有同源性,被称为孤儿基因对或孤儿基因家族(orphan pairs or family);约25%的基因(~1544个)则与所有已发现的蛋白质的基因没有同源性,属首次发现的新基因,是真正意义上的孤儿基因。这些孤儿基因的发现是酵母基因组计划的重要收获,对于其功能的阐明,将大大推进对酵母生命过程的认识,因而引起了众多遗传学家的重视。

为了系统地分析酵母基因组测序发现的3000多个新基因的功能,1996年1月,随着DNA测序工作的结束,欧洲建立了名为EUROFAN(European Functional Analysis Network)的研究网络。这一网络由欧洲14个国家的144个实验室组成,它包括服务共同体(service consortia,A1-A4)、研究共同体(research consortia,B0�B9)和特定功能分析部(specific functional analysis nodes,N1-N14)三部分,每个部分下设许多小的分支机构。其中研究共同体中的B0部门负责制作特定的酵母基因缺失突变株。缺失突变株的制作采用新发展起来的PCR介导的基因置换方法进行,即将来自细菌的卡那霉素抗性基因(KanMX)与线状真菌Ashbya gossypil的启动子和终止序列构建成表达单元,它可赋予酵母细胞G418以抗性。然后,根据所要置换的染色体DNA序列设计PCR引物,这些引物的外侧与染色体DNA序列同源,内侧则保证通过PCR可以扩增出KanMX基因,PCR产物直接用于基因置换 *** 作。通过这项技术,可以有目的地将新发现的基因用KanMX置换,造成基因缺失突变,随后通过系统地研究这些酵母缺失突变株表型有无改变(如生活力、生长速度、接合能力等)以确定这些基因的功能。此种方法中有两个方面的问题限制实验进程:其一是大部分的突变子(60%~80%)并不显示明显的突变表型,这往往与前面提到的遗传丰余有关;其二是许多突变子即使发生了表型改变,也不能反映其编码蛋白质的功能,如某些突变子不能在高温或高盐的环境中生长,但这些表型却不能提示任何有关缺失蛋白质在生理功能方面的信息。

三、酵母作为模式生物的作用

酵母作为高等真核生物特别是人类基因组研究的模式生物,其最直接的作用体现在生物信息学领域。当人们发现了一个功能未知的人类新基因时,可以迅速地到任何一个酵母基因组数据库中检索与之同源的功能已知的酵母基因,并获得其功能方面的相关信息,从而加快对该人类基因的功能研究。研究发现,有许多涉及遗传性疾病的基因均与酵母基因具有很高的同源性,研究这些基因编码的蛋白质的生理功能以及它们与其它蛋白质之间的相互作用将有助于加深对这些遗传性疾病的了解。此外,人类许多重要的疾病,如早期糖尿病、小肠癌和心脏疾病,均是多基因遗传性疾病,揭示涉及这些疾病的所有相关基因是一个困难而漫长的过程,酵母基因与人类多基因遗传性疾病相关基因之间的相似性将为我们提高诊断和治疗水平提供重要的帮助。

酵母作为模式生物的最好例子体现在那些通过连锁分析、定位克隆然后测序验证而获得的人类遗传性疾病相关基因的研究中,后者的核苷酸序列与酵母基因的同源性为其功能研究提供了极好的线索。例如,人类遗传性非息肉性小肠癌相关基因与酵母的MLH1、MSH2基因,运动失调性毛细血管扩张症相关基因与酵母的TEL1基因,布卢姆氏综合征相关基因与酵母的SGS1基因,都有很高的同源性(见表2)。遗传性非息肉性小肠癌基因在肿瘤细胞中表现出核苷酸短重复顺序不稳定的细胞表型,而在该人类基因被克隆以前,研究工作者在酵母中分离到具有相同表型的基因突变(msh2和mlh1突变)。受这个结果启发,人们推测小肠癌基因是MSH2和MLH1的同源基因,而它们在核苷酸序列上的同源性则进一步证实了这一推测。布卢姆氏综合征是一种临床表现为性早熟的遗传性疾病,病人的细胞在体外培养时表现出生命周期缩短的表型,而其相关基因则与酵母中编码蜗牛酶的SGS1基因具有很高的同源性。与来自布卢姆氏综合征个体的培养细胞相似,SGS1基因突变的酵母细胞表现出显著缩短的生命周期。Francoise等研究了170多个通过功能克隆得到的人类基因,发现它们中有42%与酵母基因具有明显的同源性,这些人类基因的编码产物大部分与信号转导途径、膜运输或者DNA合成与修复有关,而那些与酵母基因没有明显同源性的人类基因主要编码一些膜受体、血液或免疫系统组分,或人类特殊代谢途径中某些重要的酶和蛋白质。

表2 与定位克隆的人类疾病基因高度同源的酿酒酵母基因

人类疾病

人类基因

人类cDNA

GenBank登记号

酵母基因 酵母cDNA

GenBank登记号 酵母基因功能

遗传性非息肉性小肠癌 MSH2

U03911 MSH2 M84170 DNA修复蛋白

遗传性非息肉性小肠癌 MLH1 U07418 MLH1 U07187 DNA修复蛋白

囊性纤维变性 CFTR N28668 YCF1 L35237 金属抗性蛋白

威尔逊氏病 WND U11700 CCC2 L36317 铜转运器

甘油激酶缺乏症 GK L13943 GUT1 X69049 甘油激酶

布卢姆氏综合症 BLM U39817 SGS1 U22341 蜗牛酶

X-连锁的肾上腺脑白质营养不良 ALD Z21876 PAL1 L38491 过氧化物酶转运器

共济失调性毛细血管扩张症 ATM U26455 TEL1 U31331 P13激酶

肌萎缩性脊髓侧索硬化 SOD1 K00065 SOD1 J03279 过氧化物歧化酶

营养不良性肌萎缩 DM L19268 YPK1 M21307 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶

勒韦氏综合症 OCRL M88162 YIL002C X47047 IPP-5-磷酸酶

I-型神经纤维瘤 NF1 M89914 IRA2 M33779 抑制性的调节蛋白

随着获得高等真核生物更多的遗传信息,人们将会发现有更多的酵母基因与高等真核生物基因具有同源性,因此酵母基因组在生物信息学领域的作用会显得更加重要,这同时也会反过来促进酵母基因组的研究。与酵母相比,高等真核生物具有更丰富的表型,从而弥补了酵母中某些基因突变没有明显表型改变的不足。下面将要提到的例子正说明了酵母和人类基因组研究相互促进的关系。人类着色性干皮病是一种常染色体隐性遗传的皮肤疾病,极易发展成为皮肤癌。早在1970年Cleaver等就曾报道,着色性干皮病和紫外线敏感的酵母突变体都与缺乏核苷酸切除修复途径(nucleotide excision repair,NER)有关。1985年,第一个NER途径相关基因被测序并证实是酵母的RAD3基因。1987年,Sung首次报道酵母Rad3p能修复真核细胞中DNA解旋酶活力的缺陷。1990年,人们克隆了着色性干皮病相关基因xPD,发现它与酵母NER途径的RAD3基因有极高的同源性。随后发现所有人类NER的基因都能在酵母中找到对应的同源基因。重大突破来源于1993年,发现人类xPBp和xPDp都是转录机制中RNA聚合酶Ⅱ的TFⅡH复合物的基本组分。于是人们猜测xPBp和xPDp在酵母中的同源基因(RAD3和RAD25) 也应该具有相似的功能,依此线索很快获得了满意的结果并证实了当初的猜测。

酵母作为模式生物的作用不仅是在生物信息学方面的作用,酵母也为高等真核生物提供了一个可以检测的实验系统。例如,可利用异源基因与酵母基因的功能互补以确证基因的功能。据Bassett的不完全统计,到1996年7月15日,至少已发现了71对人类与酵母的互补基因。

这些酵母基因可分为六个类型:

1、20个基因与生物代谢包括生物大分子的合成、呼吸链能量代谢以及药物代谢等有关;

2、16个基因与基因表达调控相关,包括转录、转录后加工、翻译、翻译后加工和蛋白质运输等;

3、1个基因是编码膜运输蛋白的;

4、7个基因与DNA合成、修复有关;

5、7个基因与信号转导有关;

6、17个基因与细胞周期有关。现在,人们发现有越来越多的人类基因可以补偿酵母的突变基因,因而人类与酵母的互补基因的数量已远远超过过去的统计。

在酵母中进行功能互补实验无疑是一种研究人类基因功能的捷径。如果一个功能未知的人类基因可以补偿酵母中某个具有已知功能的突变基因,则表明两者具有相似的功能。而对于一些功能已知的人类基因,进行功能互补实验也有重要意义。例如与半乳糖血症相关的三个人类基因GALK2(半乳糖激酶)、GALT(UDP-半乳糖转移酶)和GALE(UDP-半乳糖异构酶)能分别补偿酵母中相应的GAL1、GAL7、GAL10基因突变。在进行互补实验以前,人类和酵母的乳糖代谢途径都已十分清楚,对有关几种酶的活性检测法也十分健全,并已获得其纯品,可以进行一系列生化分析。随着人类三个半乳糖血症相关基因的克隆分离成功,功能互补实验成为可能,从而在遗传学水平进一步确证了人类半乳糖血症相关基因与酵母基因的保守性。人们又将这一成果予以推广,利用酵母系统进行半乳糖血症的检测和基因治疗,如区别真正的突变型和遗传多态性,在酵母中模拟多种突变型的组合表型,或筛选基因内或基因间的抑制突变等。这些方法也同样适用于其它遗传病的研究。

利用异源基因与酵母基因的功能,还能使酵母成为其它生物新基因的筛查工具。通过使用特定的酵母基因突变株,对人类cDNA表达文库进行筛选,从而获得互补的克隆。如Tagendreich等利用酵母的细胞分裂突变型(cdc mutant)分离到多个在人类细胞有丝分裂过程中起作用的同源基因。利用此方法,人们还克隆分离到了农作物、家畜和家禽等的多个新基因。 为了充分发挥酵母作为模式生物的作用,除了发展酵母生物信息学和健全异源基因在酵母中进行功能互补的研究方法外,通过建立酵母最小的基因组也是一个可行的途径。酵母最小的基因组是指所有明显丰余的基因减少到允许酵母在实验条件下的合成培养基中生长的最小数目。人类cDNA克隆与酵母中功能已知基因缺陷型进行遗传互补可以确定人类新基因的功能,但是这种互补实验会受到酵母基因组中其它丰余基因的影响。如果构建的酵母最小基因组中所保留的基因可以被人类或者病毒的DNA序列完全替换,那么替换后的表型将完全取决于外源基因,这将成为一种筛选抗癌和抗病毒药物的分析系统。�

四、酵母在发酵工程中的应用

单细胞真核生物的酵母菌具有比较完备的基因表达调控机制和对表达产物的加工修饰能力。酿酒酵母(SaccharomycesCerevisiae)在分子遗传学方面被人们的认识最早,也是最先作为外源基因表达的酵母宿主。1981年酿酒酵母表达了第一个外源基因----干扰素基因,随后又有一系列外源基因在该系统得到表达干扰素和胰岛素虽然已经利用酿酒酵母大量生产并被广泛应用,当利用酿酒酵母制备时,实验室的结果很令人鼓舞,但由实验室扩展到工业规模时,其产量迅速下降。原因是培养基中维特质粒高拷贝数的选择压力消失质粒变得不稳定,拷贝数下降。拷贝数是高效表达的必备因素,因此拷贝数下降,也直接导致外源基因表达量的下降。同时,实验室用培养基成分复杂且昂贵,当采用工业规模能够接受的培养基时,导致了产量的下降。为克服酿酒酵母的局限,1983年美国Wegner等人最先发展了以甲基营养型酵母(methylotrophic yeast)为代表的第二代酵母表达系统。甲基营养型酵母包括:Pichia、Candida等.以Pichiapastoris(毕赤巴斯德酵母)为宿主的外源基因表达系统近年来发展最为迅速,应用也最为广泛。毕赤酵母系统的广泛应用,原因在于该系统除了具有一般酵母所具有的特点外。

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