分析miRNA的数据库都有哪些

分析miRNA的数据库都有哪些,第1张

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target

gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,rna22,mirbase,pita,microcosom等等

截止目前外泌体数据库Exocarta显示,已有9769种蛋白质,3408种RNA,2838种miRNA及1116种脂质在外泌体中被发现(http://www.exocarta.org/)。相比较蛋白质,RNA,miRNA的研究,外泌体脂质的研究相对较少。

这里有一个软件:miRTarBae,不错!它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA,即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能!

目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3(Suppressor of cytokine signaling 3)


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