怎么找两个蛋白质之间的通路

寻找两个蛋白质之间的通路可以通过使用蛋白质互作数据库（如BioGRID）来实现。BioGRID提供了一个可以搜索和查看蛋白质之间的相互作用的数据库，可以帮助用户发现两个蛋白质之间的通路。

大分子物质由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔，而只能分布颗粒之间，所以在洗脱时向下移动的速度较快。

小分子物质除了可在凝胶颗粒间隙中扩散外，还可以进入凝胶颗粒的微孔中，即进入凝胶相内，在向下移动的过程中，从一个凝胶内扩散到颗粒间隙后再进入另一凝胶颗粒，如此不断地进入和扩散，小分子物质的下移速度落后于大分子物质，从而使样品中分子大的先流出色谱柱，中等分子的后流出，分子最小的最后流出。

打开PDB数据库输入你知道的PDB编号 如果不知道编号就输入英文名称或者简称,搜索后出现蛋白质列表 一个个看 看哪个是你想要的。点一下，右上方有下载链接。下载xxxpdb到本地磁盘后 用pymol或者rasmol软件打开看。或者用文本编辑器打开看详细的附加信息。

举个例子吧。搜索GI号为386311839的蛋白质

进入NCBI主页，选择Protein数据库，输入GI号，点击search

然后就OK了。。

人胰岛素的一级结构序列如下;

MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG

GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

鼠胰岛素的一级结构序列如下;

MALWMRFLPLLALLFLWESHPTQAFVKQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPMSRREVEDPQVAQLELGG

GPGAGDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

比较如下;

放大以及加下划线的是人与小鼠相同的一级结构序列。不同的一级结构序列是字体比较小的那部分。

从两者的比较中，我们可以知道，人与小鼠的胰岛素一级结构序列基本相同，只有一些个别部分不同。

说明了：一级结构不同，生物学功能各异

一级结构中关键部位相同，其功能相同;关键部位改变，生物活性也改变

总的而言有下列12种

0 = pairwise,显示具体匹配信息（缺省）

1 = query-anchored showing identities,查询-比上区域，显示一致性

2 = query-anchored no identities,查询-比上区域，不显示一致性

3 = flat query-anchored, show identities,查询-比上区域的屏文形式，显示一致性

4 = flat query-anchored, no identities,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

5 = query-anchored no identities and blunt ends,查询-比上区域，不显示一致性，无突然的结束

6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

7 = XML Blast output,XML格式的输出

8 = tabular,TAB格式的输出

9 =tabular with comment lines,带注释行的TAB格式的输出

10 =ASN, text,文本方式的ASN格式输出

11 =ASN, binary [Integer] default = 0,二进制方式的ASN格式输出

但是如果你在网站上进行，一般就为2-5种，如0 = pairwise, 8 = tabular,7 = XML Blast output，看你在哪个站点进行了

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