ncbi是什么数据库

ncbi是什么数据库,第1张

NCBI是美国国家生物技术信息中心。

美国国家生物技术信息中心(英文全称:National Center of Biotechnology Information),简称:NCBI,位于马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年, 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分。

NCBI有一个多学科的研究小组,包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生物化学家、实验物理学家和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。

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NCBI (National Center for Biotechnology Information[1]  )是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。

后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。

NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家,和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献,而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织,序列的分析,和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,数据库搜索中的序列错误影响的分析,开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法,建立非冗余序列数据库,序列相似性的统计显著性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。另外,NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。

在生物医学信息学领域,数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同,如果要问NCBI过去,现在或将来会有多少数据库,恐怕连NCBI自己都说不清楚。要是一个一个数据库讲下来,9999个字肯定不够用。这里有一个列表供您参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/。

NCBI的产生和发展是在美国和全球生物学高速发展,高通量数据急速产生,而缺乏有效的数据分析方法的背景下产生,起初它主要任务是数据的存储和查询。只不过其存储的数据大多以高通量数据为主,例如基因测序,基因组,SNP, 基因芯片,小分子化合物和GWAS数据等。这些数据的共享,极大地促进了生物信息学发展。

按照数据->样式->知识->智慧的发展模式,NCBI主要起到了一个为生物学家提供数据的角色。不过,NCBI目前也不断地在调整自己的角色。例如,生物医学文献。NCBI在从NLM继承过来的pubmed的基础,提供以PMC数据库为核心的全文文献服务。PubMed数据库应该是全球生物学家使用频率最高的数据库。NCBI最近对pubmed的改版,虽然没有实质性的改变,但其按照用户体验进行的修改,足见其对该数据库的重视。

另外,NCBI目前不断地在引入高学历生物学人才对其数据库的质量进行控制。以dbSNP为例,其正在通过与领域专家的合作将突变数据与人类表型数据进行关联。

总得来讲,NCBI的发展是与生物学高通量数据产生密切相关,它以经不在局限于提供数据存储与查询,其未来的发展必将发展为一个大型的、综合的知识库。到那时NCBI会不会免费,就要另当别论了。很显然没有人会将自己的手稿拱手让人。如果真有那么一天,不知道从中会产生多少专利和知识产权。


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