geo数据库显示连接被服务器关闭

geo数据库显示连接被服务器关闭解决办法：

1、点击电脑左下角菜单图标。

2、打开菜单找到右侧的控制面板并点击。

3、在控制面板界面中，点击管理工具，打开后点击服务。

4、右键点击WindowsFirewall，停止。

你好，是准确的。这个就涉及到GEO2R的使用目标了。GEO2R只适用于 表达谱芯片分析。但是GEO数据里面，并不止是包括表达谱芯片数据。还包括一些二代测序的数据。而二代的数据是不能这么简单的分析的，这也是为什么我们在第一次介绍GEO的时候，就说，现在常规的容易入门的数据分析类型还是 表达谱数据。

一般我们在GEO检索结果的时候，如果可以用GEO2R分析的，都会显示。

geo数据库筛选数据方法是：

1、首先，打开NCBI，选择GEODatasets，输入GDS5656，点击Search。

2、点击样品分类号，我们可以看到该研究的详情，包括文章研究内容、实验方案设计、样本详情等。

3、点击AnalyzewithGEO2R，利用在线工具进行数据分析。将4个样本分成了两组，分组完毕后，点击saveallresults，获取两组之间的差异表达基因。

4、得到如下所示的文本内容，将其粘贴到记事本(例如，保存为resulttxt)，然后导入到excel中(数据→自文本，选择resulttxt文件导入)，准备进行筛选。

5、下一步，我们需要对差异表达基因的数据进行进一步的筛选。

6、最后我们可以在EXCEL左下角的状态栏看到，一共筛选出来738个条目。

AUTHOR：余顺太

DATE：2021年10月1日

注：Filezilla软件的设置一定要根据下图重新设置，不然可能会一直中断

具体数据传输方法如下图所示：

FileZilla软件，将左侧相对应信息填入到FileZilla中，然后将需要上传的文件直接拉入到红星号的文件夹中。

全部传输结束之后对比文件大小，提交

等待邮件通知是否上传成功。

20210106 14:24

参考的教程：

Submitting high-throughput sequence data to GEO

How to upload files to GEO

以及我师兄给我写的教程

大致的流程从网站上截取下来的

准备的数据有三个

There are three required components for the spreadsheet-based submission method:

数据准备完之后就是需要上传这些数据到GEO ftp 上，这个过程比较麻烦，GEO 的服务器真的是不太好用，速度很慢。

有几个方案可以选择：

这个方法缺点在于文件会中断，你每次中断之后需要续传真的很麻烦，而且有时候会出现

读取目录失败 连接被服务器关闭等问题 第一次登陆时也出现这个问题真的是百度了很久没有解决 后来到官网一看 原来人家早已经想到这个问题了真的是血的教训要好好看官网教程

但是后来还是会时常连接中断 感觉是geo ftp 不太稳定

大致是会出现这个问题 之后按他们说的方法就可以解决问题了

我用FileZilla传完数据，但是不知道是不是因为续传的原因只有一个数据是完整的 其他数据geo 工作者说是corrupted 然后我看了geo 服务器上的数据和本地服务器上的数据是一样的 并不知道为什么他们说不一样 难过

1Using 'lftp'

2Using 'sftp' (expect slower transfer speeds since this method encrypts on-the-fly)

3Using 'ncftpput' (transfers from the command-line without entering an interactive shell)

这个方法是可以挂在后台跑的就是挂在自己服务器上跑 让它自己慢慢传就是速度真的很慢啊 最后一个还是比较方便一点

差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。

差异表达基因筛选步骤：选择GEO数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：SAM法，R包处理，T-test检验等）——选择想要的阈值（Fold change >4)

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