一 美国国家生物技术信息中心NCBI(National Center for
Biotechnology Information)
NCBI是一个极具人性化的网站,网站的主页清晰的阐明了NCBI所做的工作及相关领域最新的热点内容,新闻等。为了方便使用者更加熟练使用网站资源,NCBI在主页清晰的标注了站点导航,非常便于初学者熟悉和掌握NCBI的站内资源。
另外,NCBI将其网站资源列于主页左侧,其中包括:SITE MAP, About NCBI, GenBank, Literature
databases, Molecular databases, Genomic biology, Tools, Research at
NCBI, Software engineering, Education, FTP site, Contact
information等等。
二EBI(European
Bioinformatics Institute)欧洲生物信息研究所The European
Bioinformatics Institute(EBI)是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一,位置座落于英国The Wellcome Trust
Genome Campus。EBI的任务就是确保分子生物与基因体的研究信息可以公开并且免费提供给科学社群,以促进科学进步。
EBI所提供的服务包括建立/维护数据库、提供分子生物相关信息服务、执行分子生物与计算分子生物研究;所服务的对象与研究人员扩及各产业,包括分子生物、基因体、医学与农业学术研究、农业、生物技术、化学与制药工业。
三DDBJ(DNA Data Bank of
Japan)日本核酸数据库
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)
设立在日本国家遗传研究所(NIG),于1986年开始DNA数据库的构建工作。从一开始,DDBJ就作为国际性DNA数据库之一,发挥着重要的作用。它
首先反映的是日本国内数据库的资源,并与NCBI,EBI进行频繁的国际性合作。DNA序列中蕴含了大量的数据资源,比起其它生物学数据,它在阐述进化方面的作用更为直接。因此,探求DNA数据库,不仅是在生命科学方面的研究,更是为人类的发展谋福利。
DDBJ是日本唯一的DNA数据库,它从研究者那里收集DNA 序列并且给数据提交者一个国际公认的编码。DDBJ
主要从日本研究者那里收集数据,当然,它也接受外国研究者的数据并给以编码。
近年来大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、数据处理的服务。随着因特网的普及,这些数据库大多可以通过网络来访问,或者通过网络下载。
一般而言,这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释;二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等;蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等;蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多,它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色,如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。
下面将顺序简要介绍一些著名和有特色的生物信息数据库。
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