转录组测序质量评估中碱基含量和质量分布图怎么分析

采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对鸟巢蕨转录组（Asplenium nidus）进行测

序，共获得29 254 595个序列读取片段（reads），包含了5 908 586 517个碱基序列（bp）信息。对reads

进行序列组装，共获得42 907个单基因簇（Unigene），平均长度936 bp，序列信息达到了4016 Mb。数

据库中的序列同源性比较表明，24 993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨

转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支，其中

有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比

对，根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考，依据代谢途径可将Unigene定位到116个代

谢途径分支。SSR位点查找发现，从42 907个Unigene中共找到6 067个SSR位点。SSR不同重复基序

类型中，出现频率最高的为AG/CT，其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列，设计了20对引

物进行了扩增效率和多态性检测，其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。

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浙江大学 ，学位授予日期：2016-01-01

二化螟盘绒茧蜂触角的超微结构及其转录组分析

摘要

水稻是世界主要的粮食作物之一。中国是世界最大的水稻生产地、消费国和第七大水稻出口国家。水稻受多种害虫和病原物的侵害，其中二化螟Chilosuppressalis(Walker)则是发生最为严重的害虫之一。二化螟能够造成水稻减产，并且给包括中国在内的水稻生产国造成巨大的经济损失。通常，二化螟田间防治以化学防治为主，但是随着二化螟抗药性的产生，其防治效率呈下降趋势。化学农药的不合理使用所造成的残留也严重威胁着人类的健康，特别是农民的安全。 生物防治是安全高效的农业害虫防治手段之一。二化螟盘绒茧蜂Cotesiachilonis是寄生二化螟的优势内寄生蜂。鉴于寄生蜂触角在成虫交配和寄主搜寻中的重要作用，本文采用扫描电镜和投射电镜观察、比较了二化螟盘绒茧蜂雌雄成蜂触角的超微结构。二化螟盘绒茧蜂的触角分为柄节、梗节和由16小节组成的鞭节。雄蜂的触角全长257mm，直径6777μm，其中鞭小节每节平均长度15321μm。雌蜂的触角全长129mm，直径5991μm，其中鞭小节每节平均长度8443μm;均显著低于雄蜂。雌雄蜂触角中都发现了9种类型感器，分别是刺形感器、Ⅰ类毛形感器、Ⅱ类毛形感器、弯曲毛形感器、柱形感器、板状感器、锥形感器、钟形感器和Bohm氏鬃毛等。本文描述了这些感器的分布、形态和空间结构，并且分析了雌雄之间的不同。这表明二化螟盘绒茧蜂触角存在明显的性二型现象。本文结果为寄生蜂的嗅觉行为的研究提供了理论基础。 本文对二化螟盘绒茧蜂雌雄蜂触角进行了转录组分析。测序共获得了332亿raw reads和316亿clean reads，最终拼装得到53，100条unigenes。其中32，212条unigenes在NCBI的nr数据库已有注释。在所有注释的unigenes中，分别有13，854和13，023条unigenes能与GO和COG数据库中的序列所匹配。此外，26，865条unigenes在Swiss-port数据库和25，312条unigenes在KEGG pathway数据库中都已有注释。对基因的蛋白编码区进行预测，发现有32，074个CDS能与相关蛋白数据库中的序列所匹配。通过相关软件预测获得1，142个CDS。CDS和SSR总数分别是33，216和34，649。在所有unigenes中，化学感知相关基因的有:OBP基因6条、OR基因734条和SNMP基因30条;气味分子分解相关的有:P450基因59条、酯酶基因48条、谷胱甘肽S转移酶基因12条、ALOXs/ALDH基因39条和AOXs/ADH基因51条。雌雄二化螟盘绒茧蜂中差异表达显著的基因有:OBP基因2条、OR基因21条、SNMP基因1条、P450基因6条、ALOXs/ALDH基因1条和AOXs/ADH基因5条。 本文研究首次对二化螟盘绒茧蜂的雌雄成蜂触角的超微结构和转录组进行了比较分析，相关探索为今后寄生蜂的嗅觉研究提供了基础。

这四个网站功能各异，每一个的用法都可以讲上一天。具体的用法要你自己去网站上去摸索，到文献中去寻找，另外要根据你自己的目的去探索。

这四个网站分别对应的功能是：直系同源基因数据库、基因组数据库、Tigre的直系同源基因数据库（真核生物）和基因本体数据库。

从总体上讲，这些网站的用法有：数据浏览、FTP数据下载和自己编写程序分析数据。

如果你的研究和直系同源基因相关，应该使用1，3

如果和基因的功能注释相关应该使用4，

如果关系测序基因组情况应该去Ensembl，比较全。

我的感觉1、2、4这三个数据库用的比较多，对3不甚了解。

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