miRNA一般指micro RNA。
miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约20~23个核苷酸的非编码RNA,是一类存在于真核生物中的,长度为~22nt的单链小分子RNA。miRNA通过与靶mRNA的结合,促使mRNA降解或是阻碍其翻译,从而抑 制靶基因的表达。
miRNA的作用机制
miRNA 在发挥作用之前,需要同细胞内Germin3、Germin4和Argonaute蛋白家族成员eIF2C2因子等协同因子结合形成蛋白质-RNA复合物(miRNA-containing ribonucleic protein,miRNP),在miRNP的作用下指导其识别同源mRNA,研究认为miRNP即为RISC,并引起靶mRNA的降解或翻译的抑制。
百度百科-micro RNA
有三种形式的载体构建方式:以pri-miRNA形式构建,以pre-miRNA形式构建,以mature-miRNA形式构建。其中以pre-miRNA形式构建的方法应用最早也最广泛。pre-miRNA大约70bp,因为要形成茎环结构,必须构建在含有H1或者U6启动子的载体上(麒盟)。望采纳。
MicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,其大小长约20~25个核苷酸。
成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的,随后组装进RNA诱导的沉默复合体,通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA,并根据互补程度的不同指导沉默复合体降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻译。
作用:miRNA参与各种各样的调节途径,包括发育、病毒防御、造血过程、器官形成、细胞增殖和凋亡、脂肪代谢等等。
MicroRNA存在多种形式,最原始的是pri-miRNA,长度大约为300~1000个碱基;pri-miRNA经过一次加工后,成为pre-miRNA即microRNA前体,长度大约为70~90个碱基;pre-miRNA再经过Dicer酶酶切后,成为长约20~24nt的成熟miRNA。
扩展资料:
MicroRNA存在多种形式,最原始的是pri-miRNA ,长度大约为300-1000个碱基pri-miRNA经过一次加工后,成为pre-miRNA 即microRNA前体,长度大约为70-90个碱基;pre-miRNA再经过Dicer酶酶切后,成为长约20-24nt的成熟miRNA。
miRNAs的表达方式各不相同。部分线虫和果蝇的miRNA在各个发育阶段的全部细胞中都有表达,而其他的miRNA则依据某种更为严谨的位相和时相的表达模式——在不同组织、不同发育阶段中miRNA的水平有显著差异。
参考资料来源:百度百科——micro RNA
miRNA可以设计茎环引物反转录,用探针法或者染料法检测。这个引物设计都是固定格式的
miRNA引物设计(茎环法+染料法检测)
设计方法:通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物,正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列,反向引物在茎环上。
反转录茎环通用序列:
GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC
miRNA序列:
>mmu-miR-99b-5p MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p
CACCCGUAGAACCGACCUUGCG
mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为:
GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG
定量PCR反向引物为:TGTCGTGGAGTCGGC
正向引物为:CACCCGTAGAACCGAC
备注:
1 定量PCR反向引物和正向引物的TM值不要相差太大,反向引物TM已经确定,如果正向引物TM较低,则在5`端添加几个碱基(如:G)。
2 染料法的检测可能会出现引物二聚体和非特异性扩增,可以使用探针法检测,探针法和染料法相似,只是茎环上不仅有一个反向引物结合位点,还有一个探针结合位点。
microRNAs(miRNA)是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链),但是和siRNA密切相关。据推测,这些非编码小分子RNA(miRNA)参与调控基因表达,但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin-4和let-7,随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。
miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守,在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达,miRNA组织特异性和时序性,决定组织和细胞的功能特异性,表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。
microRNAs的作用机制
miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子,miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA,他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构,称为初级miRNA(primary miRNA ,pri- miRNA)。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA,成为前体miRNA(precursor miRNA,pre-miRNA)。随后,pre- miRNA在Exprotin-5复合物[2]的作用下被转运出胞核,在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体, miRNA复合物(RNA-induced silencing comlex,RISC)[1]与该miRNA的3’翻译区(3’UTR)结合到位于胞浆的P-body(processing bady)中[3]:如果miRNA与靶mRNA匹配完全,则该复合体降解mRNA;若两者序列部分匹配,尤其是miRNA的5’端2-8个被称为种子序列(seed sequence)的核苷酸与靶mRNA匹配完好,则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外,某些miRNA,如miRNA-16能够特异结合于某些基因3’UTA的富含AU元件(AU rich element,ARE),指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合,从而改变相应mRNA的半衰期,加速靶mRNA的降解。
此外,miRNA也可能抑制5’UTR含有内部核糖体进入位点(intrnal ribosome entry sites,IRESs)的靶标分子[4]。
miRNA的表达调控机制
①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒,并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。
②表观遗传学 最近一些研究提示,表观遗传学变化会影响miRNA 基因,从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse(release 80)数据库的332个人miRNA基因序列时,发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR-370[8]基因中,均含有CpG岛,并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化,这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因-原癌基因(BCL6,CDK6和MAP3K8等)的表达,从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中,PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has-mir-135b基因的启动子区域,行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞,这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。
③单核苷酸多态性 存在于pri-mRNAs,pri-mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时,于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。
④RNA编辑 (RNA editing)是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程,从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用,不仅影响miRNA表达,而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外,At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。
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