集合所有已知核酸的核苷酸序列,单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述,包括它们的科学命名、来源物种分类名称、参考文献等信息的资料库。
基因和基因组的资料也包含在DNA数据库中。目前国际上比较重要的核酸(含蛋白质)一级数据库有美国的GenBank、欧洲的EMBL和日本的DDBJ。三个数据库信息共享,每日交换,故资料是一样的,唯格式有所不同。
uropean Molecular Biology Laboratory (EMBL) ,欧洲分子生物学实验室.Cambridge,UK.
· GenBank ,美国国家生物技术信息中心 (NCBI)所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库.
· DNA Databank of Japan (DDBJ) ,日本核酸数据库.
主要就这三个,当然还有一些其他的专门的基因数据库.
由美国Johns Hopkins大学于1990年建立的GDB是重要的人类基因组数据库,由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理。
GDB数据库用表格方式给出基因组结构数据,包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、EST、叠连群(Contig)、重复片段等;并可显示基因组图谱,其中包括细胞遗传图、连锁图、放射杂交图、叠连群图、转录图等;并给出等位基因等基因多态性数据库。此外,GDB数据库还包括了与核酸序列数据库GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、文献摘要数据库MedLine等其它网络信息资源的超文本链接。
GDB数据库是用大型商业软件Sybase数据库管理系统开发的,并用Java语言编写基因图谱显示程序,为用户提供了很好的界面,缺点是传输速度受到一定限制。
GDB数据库是国际合作的成果,其宗旨是为从事基因组研究的生物学家和医护人员提供人类基因组信息资源。其数据来自于世界各国基因组研究的成果,经过注册的用户可以直接向GDB数据库中添加和编辑数据。
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