美国国家标准与技术研究院的数据库

根据标准参考数据计划，NIST的各实验室正在将他们的数据库产品不断加入到在线访问的数据库行列，建立了一系列的科学数值数据库。通过更新现有的数据库及开发新数据库，NIST不断地丰富它的评价数值数据集，为社会提供可靠的、经过评价的数值数据。社会各界的工程师和科学家依靠 NIST的标准参考数据对许多关键技术进行决策。

NIST的标准参考数据库系列包括50多个数据库，其中大部分是建在微机上的多用途数据包，根据学科可分为以下几类：分析化学（包括谱学），原子和分子物理，生物技术，化学与晶体结构，化学动力学，工业流体与化工，材料性能，热力学与热化学，以及NIST的其它数据库。

分析化学类包括质谱库、红外谱、光电子能谱等数据库；原子与分子物理类包括光谱性能、c-射线衰减系数及交叉截面、原子光谱等数据库；生物技术类包括生物大分子结晶库等数据库；化学与晶体结构类有电子衍射等数据库；化学动力学类包括化学动力学、溶液动力学等数据库；工业流体与化工类有物质的热力学性能数据库；材料性能类包括结构陶瓷、腐蚀性能、摩擦材料、高温超导等数据库；表面数据类包括表面结构、d性电子散射交叉截面等数据库；热化学类包括化学热力学、有机化合物热力学性能估算、JANAF热化学表等数据库。

NIST提供科学数值数据服务的方式主要有：①将数据与分析仪器连在一起出售，如质谱库中有近10万个化合物数据，附在质谱仪中出售的有常用的几万个化合物；②以PC数据包方式出售；③联机数据服务；④作为其它大的软件包的一部分；⑤直接装入用户的计算机。

具体的在线科学数据库名单如下：

儿童人体测量数据库（AnthroKids - Anthropometric Data of Children），

铂/氖阴极管灯泡的光谱图（Atlas of the Spectrum of a Platinum/Neon Hollow-Cathode Lamp in the Region 1130-4330 &Aring），

用于电子结构计算的原子参考数据库（Atomic Reference Data for Electronic Structure Calculations），

原子光谱数据库（Atomic Spectra Database，ASD），

原子谱线加宽目录数据库（Atomic Spectral Line Broadening Bibliographic Database），

原子跃迁概率数据库（Atomic Transition Probability Bibliographic Database），

原子重量及同位素成分数据库（Atomic Weights and Isotopic Compositions），

光子总交叉截面（衰减系数）测量目录（Bibliography of Photon Total Cross Section (Attenuation Coefficient) Measurements），

生物高分子结晶数据库（Biological Macromolecule Crystallization Database），

陶瓷互联网手册（Ceramics WebBook），

化学动力学数据库（CKMech，Chemical Kinetic Mechanisms），

化学互联网手册（Chemistry WebBook），

单分子反应计算数据库（ChemRate: A Calculational Database for Unimolecular Reaction），

视觉协同测试床（CIS2 Visual Interoperability Testbed），

化学动力学机理（CKMech，Chemical Kinetic Mechanisms），

计算化学比较和基准数据库（Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database），

计算机辨认工具测试项目网站（Computer Forensics Tool Testing (CFTT) Project Web Site），

二阶光谱数据库（Diatomic Spectral Database），

运算法则和数据结构字典（Dictionary of Algorithms and Data Structures），

电子与等离子体加工用气体相互作用数据 (Electron Interactions with Plasma Processing Gases），

元素数据索引（Elemental Data Index），

工程统计学手册（Engineering Statistics Handbook），

火灾研究信息服务（Fire Research Information Services ，FRIS），

基本物理常数（Fundamental Physical Constants），

中性原子的基本水平和电离能量（Ground Levels and Ionization Energies for the Neutral Atoms），

数学软件指南（Guide to Available Mathematical Software），

NIST计量结果不确定性的评估与表达指南（Guidelines for Evaluating and Expressing the Uncertainty of NIST Measurement Results），

基础原子光谱数据手册（Handbook of Basic Atomic Spectroscopic Data），

绝缘体和建筑材料的热传递性质（Heat Transmission Properties of Insulating and Building Materials），

高温超导材料数据库（High Temperature Superconducting Materials Database），

HIV蛋白酶数据库（HIV Protease Database），

人线粒体蛋白数据库（Human Mitochondrial Protein Database），

烃类光谱数据库（Hydrocarbon Spectral Database），

二氧化碳同位素测定的交互规则（Interactive Algorithm for Isotopic CO2 Measurements），

国际比较数据库（International Comparisions Database），

ITS-90热电偶数据库（ITS-90 Thermocouple Database），

自动数据分析工具（MassSpectator Automated Data Analysis Tool），

矩阵市场数据库（Matrix Market Database），

相位图和计算热动力学―焊接系统（Phase Diagrams and Computational Thermodynamics - Solder Systems），

多轮烃结构索引（Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Structure Index），

聚合物方法数据库（Polymer MALDI MS Methods Database），

高级材料的性质数据总结（Property Data Summaries for Advanced Materials），

断裂韧度性质数据总结（Property Data Summaries for Fracture Toughness），

氧化玻璃的性质数据总结（Property Data Summaries for Oxide Glasses），

蛋白质数据银行（Protein Data Bank (PDB) ( in collaboration with RCSB )

放射性核半衰期计量（Radionuclide Half-Life Measurements），

用于观测星际分子微波跃迁的雷达技术扫描频率（Recommended Rest Frequencies for Observed Interstellar Molecular Microwave Transitions - 1991 Revision），

加强渗透性数值数据库（Database on Reinforcement Permeability Values），

短暂前后重复的DNA数据库（Short Tandem Repeat DNA Internet Database），

无铅焊料的焊接特性数据库（Database for Solder Properties with Emphasis on New Lead-free Solders），

可溶性数据库（IUPAC-NIST Solubility Database），

溶解动力学数据库（NDRL/NIST Solution Kinetics Database on the Web），

坎德拉X-射线天文台光谱数据库（Spectral Data for the Chandra X-ray Observatory），

统计参考数据库（Statistical Reference Datasets），

电子、质子和氦离子的静止能与行程表（Stopping-Power and Range Tables for Electrons,Protons,and Helium Ions），

NIST结构陶瓷学数据库（NIST Structural Ceramics Database），

合成聚合物质谱项目（Synthetic Polymer Mass Spectrometry Project），

X-射线质量衰减系数和能量吸收系数表（Tables of X-Ray Mass Attenuation Coefficients and Mass Energy - Absorption Coefficients），

酶催化反应的热力学数据库（Thermodynamics of Enzyme-Catalyzed Reactions Database），

半导体器件加工用的气体的热物理特性数据库（Database of the Thermophysical Properties of Gases Used in the Semiconductor Industry），

三原子光谱数据库（Triatomic Spectral Database），

Vibrational branching ratios and asymmetry parameters in the photoionization of CO2 in the region between 650 &Aringand 840 &Aring

可见物粘合剂数据集（NIST Visible Cement Dataset），

Wavenumber Calibration Tables from Heterodyne Frequency Measurements

用于剂量测定的X-射线衰减与吸收表（X-Ray Attenuation and Absorption for Materials of Dosimetric Interest），

X-射线波型系数、衰减与散射表（X-Ray Form Factor,Attenuation and Scattering Tables），

X-射线电光子分光光谱数据库（NIST X-ray Photoelectron Spectroscopy Database），

X-射线跃迁能量数据库（X-Ray Transition Energies Database），

光子交叉截面数据库（XCOM: Photon Cross Sections Database）。

手动通过输入提问谱图中一定数目的质谱峰数据（质荷比、丰度），在数据库中进行匹配，获得与提问谱相似的谱图。

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植物代谢组 | 一文了解用于质谱定性的代谢物数据库

4 个月前 · 来自专栏 代谢组及多组学技术

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上期我们整体看了一下公共/自建数据库的类型，我们也能很清楚的发现，对于不同的数据库有着不同的用途，本期我们就具体来讲讲用于质谱数据匹配的数据库。(点此阅读原文）

1.NIST（National Institute of Standards and Technology）：包含气质平台30万+代谢物

NIST数据库是由美国国家标准技术研究院出版，一般与GC-MS平台配套使用。对于该数据库目前没有开放使用，但是网页版本的数据库开放使用，网页版本的可以看作是NIST的标准参考数据库Standard ReferenceData中一部分与化学有关的数据库的Web版本，可通过分子式检索、化学名检索、CAS登录号检索、离子能检索、电子亲和力检索、质子亲和力检索、酸度检索、表面活化能检索、振动能检索、电子能级别检索、结构检索、分子量检索和作者检索等方法，得到气相热化学数据、浓缩相热化学数据、相变数据、反应热化学数据、气相离子能数据、离子聚合数据、气相IR色谱、质谱、UV/Vi色谱、振动及电子色谱等。

网页链接：https://webbook.nist.gov/chemistry/

2. MassBank：包含来自气质液质不同平台不同模式共15055种物质

MassBank是一个高质量的质谱数据库，旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定，包含了代谢物的质谱信息以及采集情况，这些信息来自于不同的质谱仪设置，包括不同的电离技术，例如ESI、EI、 CI、APCI以及MALDI。

MassBank有三个不同的数据库：MassBank of North America (MoNa) 、the European MassBank 、the Japanese MSSJ MassBank，其中MoNa整合了更多来源的数据，因此相比其他两个更加受到科研工作者群体的偏好。

但是对于鉴定植物中的代谢物而言，MassBank中所包含的数据库是有限的，尤其是以质谱平台进行了限制，用于检测植物的主要是液相质谱平台，其中使用较多的是以ESI离子源为主要类型，所有包含ESI离子源这种类型的数目加起来是11592个物质。

METLIN数据库中的质谱图可以与一些不同的质谱仪产生的谱图进行很好的匹配，包括了其中包括AB公司的 Triple TOF 5600，安捷伦的 6460 Triple Quad，Thermo的 Q-Exactive和 LTQ Orbitrap Velos（使用任何一种CID 或HCD碰撞形式）。该数据库的不足在于所有的数据不支持下载，必须在线查看，这也使得研究者不能使用这些二级碎片信息来开发新的检索工具或者应用工具。虽然如果实验室拥有安捷伦公司生产的质谱仪器，用户可以向生产商购买METLIN的数据库，但是购买的数据库的并不能跟网络数据库同步更新。安捷伦的METLIN个人数据库中（personalmetabolite database，PMD）中包含有9083个化合物，其中4165个为代谢物，其他的为二肽或者三肽。

1、首先我们打开数据库并连接，这里我们选择默认连接。

2、然后我们点击新建查询。

3、只之后我们输入以下代码：drop database xj后选中点击执行命令。

4、此时我们可以看到无法删除，因为当前在使用这个数据库。

5、需要切换到其他数据库。

6、然后我们再重复刚才的删除 *** 作。

7、完成图如下。

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