T 细胞组库分析及多样性和克隆性度量

T-cell repertoire analysis and metrics of diversity and clonality - ScienceDirect

注:但是实际上不只这些技术

Quantifiable predictive features define epitope-specific T cell receptor repertoires | Nature

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(3) - (jianshu.com)

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(2) - (jianshu.com)

本质就是生成一个指令表

Biophysicochemical Motifs in T-cell Receptor Sequences Distinguish Repertoires from Tumor-Infiltrating Lymphocyte and Adjacent Healthy Tissue | Cancer Research (aacrjournals.org)

注:怎么说呢，其实多样性测量这东西都是各个领域互相抄，拿过来用的，最初都是发源于信息论老祖宗香农这里（因为他开创了给信息做度量的方法），然后生态学发现信息论可以描述物种丰富变化的信息，进而进一步发扬，然后人们发现生态的话，微环境的生态不也是生态吗？也就拿到了微生物组学上，同样，细胞的生态和TCR不也是生态吗？只要是一群东西混在一起都算生态，所以也就用到了单细胞和TCR上（也就是想要深入了解单细胞技术的算法，除了看论文之外，其实离不开要翻翻数量生态学这些以前的课本）

注：涉及到信息不确定性的东西一般都会把信息论巨佬香农拉出来

其中 pi 是序列指令表中序列 i 的频率，n 是唯一序列的总数。通过对多样性指数进行参数化，可以计算免疫指标多样性的不同特征。

1阶多样性：香农熵

α1阶多样性：Gini-Simpson

Peripheral T cell receptor diversity is associated with clinical outcomes following ipilimumab treatment in metastatic melanoma | Journal for ImmunoTherapy of Cancer | Full Text (biomedcentral.com)

2.Sorensen 指数(索伦森指数)

由美国Johns Hopkins大学于1990年建立的GDB是重要的人类基因组数据库，由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理。

GDB数据库用表格方式给出基因组结构数据，包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、EST、叠连群(Contig)、重复片段等；并可显示基因组图谱，其中包括细胞遗传图、连锁图、放射杂交图、叠连群图、转录图等；并给出等位基因等基因多态性数据库。此外，GDB数据库还包括了与核酸序列数据库GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、文献摘要数据库MedLine等其它网络信息资源的超文本链接。

GDB数据库是用大型商业软件Sybase数据库管理系统开发的，并用Java语言编写基因图谱显示程序，为用户提供了很好的界面，缺点是传输速度受到一定限制。

GDB数据库是国际合作的成果，其宗旨是为从事基因组研究的生物学家和医护人员提供人类基因组信息资源。其数据来自于世界各国基因组研究的成果，经过注册的用户可以直接向GDB数据库中添加和编辑数据。

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。

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