IGV基因组浏览器打开BAM文件查看reads比对情况

输入文件有：物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件；

以斑胸草雀为例：

-基因组注释文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf

-基因组序列文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna

-转录本比对文件: myBAMfile.bam

文件内容一览：

samtools view myBAMfile.bam | less -S 查看BAM文件内容

如果要查看所有转录本的比对情况基本是不现实的（一般上百G），受限于电脑性能无法加载这么大的bam文件，所以查看reads的比对情况一般通过提取出map到基因组的其中一个Scaffold的所有reads的bam文件。

示例从BAM文件提取斑胸草雀转录本比对到Scaffold NC_007897.1 的所有reads

打开IGV浏览器，首先载入基因组文件，点击Genomes选择加载本地基因组，导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna文件

然后选择File点击Load from file选择加载本地gtf文件，导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf

加载BAM文件

samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐Group] <in.bam>|<in.sam>

    -b 以BAM格式输出，可以用于samtools的后续分析

    -u 以未压缩的BAM格式输出，可以节约时间，一般在管道执行时使用

    -h 在结果中包含头header

    -H 只输出开头

samtools view -h 文件名 | less -S

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