R语言批量读文件

杀杀

前两天一个同学问了一个批量读数据（文件）的问题

感觉现在分析测序数据的话，在R中一次性读取多个文件的功能还是挺需要用到的

决定总结一下下

总不能写n行read.csv…balabala…去读取，那太麻烦了

于是决定使用批量读数据

首先我们要获取这个文件夹里所有的文件名字以便读取

接下来我们需要构建读文件的路径

ps: 在做这种批量 *** 作时还是有必要先花时间测试一个样本是否能够成功，然后再去做批量的循环，这样也能方便自己找bug

因此我们先试着读取一个文件

这里因为例子中的文件格式比较特殊，所以使用的读取函数是read.delim，如果是.csv或.txt等格式，也可以替换成read.csv, read.table等函数。

好了测试通过，接下来开始批量读文件

需要注意的是，合并文件的时候，需要注意你是要取所有文件中行名的交集还是并集，或者最后你是否有一个统一的行名来规整所有文件。（当然如果你确定每个文件的行名都是相同的，就可以直接cbind），我遇到过需要取交集的情况，可以写一个循环对每个文件的行名做交集，用最终的交集文件去match出所有你要的行然后合并。

但是这个例子中，有的文件的行名是1-4000，有的是5000-8000，存在非常大的差异，而需求是最后整合成一个行名为0-8000的矩阵，因此我先建立一个0-8000的列作为行名，把每个文件和这列进行一个match *** 作，然后未match到的填充为0。

其实没有很难的部分，主要是需要读取文件夹中的所有文件名，然后循环读取就行了。

在对同一路径下多个文件做相同处理时，可以循环读取文件夹中的文件，批量读取，处理和写入文件，会大大提高工作效率，在R语言中，处理方法如下所示。

上面多个文件被读入到一个叫data的list的文件中，下面可以通过data[[]]来取出每一个文件来进行相同的处理。

下面是对ensembl id注释成gene symbol的例子

每个需要处理的文件为：

注释文件：

欢迎关注~

参考：

https://blog.csdn.net/u011596455/article/details/79601113

注意：进行行合并时文件必须具有相同的列名，进行列合并时必须具有完全相同的行名

使用同样的方法，也可以将分布在不同文件夹下面的具有相同列的文件合并，或者仅仅是读取到工作空间，如下：

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