gtf文件转化为bed12

bed文件的定义：

【生信】数据格式：bed12格式详解 - (jianshu.com)

bed文件定义中有12列，其中前三列是必须的。

bed12表示包含12列的bed文件，包含的信息最完整。

bed文件官方网页: https://m.ensembl.org/info/website/upload/bed.html

前三列：

这个例子也只给了前9列的信息

先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。

或者使用gtf2bed

链接：

https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html

参考：

https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92

这篇文章作者写了一个python脚本可以把bed6转化为bed12。

本来我是想使用bedtools 把bed12文件提取出fasta文件，得到read的序列信息

所以才这么折腾

后面查了一下，可以直接使用cufflink中的gffread把gtf文件提取出对应的fasta文件

参考链接：

https://www.jianshu.com/p/566954bd5711

或者使用Tophat中的gtf_to_fasta

参考： https://www.tqwba.com/x_d/jishu/204915.html

BEDOPS是转化文件为bed文件的神器，安装方法见 官网

我这边的HPC有点问题，得自己设置环境变量如下

1、 gtf2bed

Genecod 的GTF文件得改造一下

参考这个

2、 vcf2bed

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