bamtofastq 将bam文件转成fastq文件

通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq

bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13

这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序，其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。

此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令

Converting BAM to fastq

bam文件转为fastq - 生物信息文件夹

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