Jenkins插件开发

安装 JDK Maven 并配置 Maven 仓库 settings.xml

使用脚手架创建项目

运行， 注意需要在 pipeline 下测试插件，jenkins 需要先安装 pipeline 插件

打包插件并安装

mvn package 生成一个 hpi 文件，直接在 jenkins 后台上传即可。

Jenkins 插件开发就是对于一系列的「扩展点」进行扩展实现自定义的功能。

扩展点是 Jenkins 系统某个方面的接口或抽象类。这些接口定义了需要实现的方法，而 Jenkins 插件就需要实现这些方法，比如我写的插件需要实现 Builder 这个扩展点:

Descriptor 静态内部类是一个类的描述者，用于指明这是一个扩展点的实现，Jenkins 通过这个描述者才能知道我们写的插件。每一个描述者静态类都需要呗 @Extension 注解，Jenkins 内部会扫描 @Extension 注解来获取注册了哪些插件:

@DataBoundConstructor 注解作用于构造器上，用于在页面上配置的插件参数

Jenkins 插件的页面使用 jelly , 一个正常的插件可以分成 3 个 jelly 文件:

请注意 config.jelly 文件的位置，它的文件名需要与插件的类名一致

config.jelly 文件示例:

QQ_155288739 兄的回答完全没在点上，像个外行，ASP.NET的可不是打包成自解压程序就能运行的

ASP.NET的可以使用Jelly.Packer.exe工具打包网站

原文： http://www.chenlianfu.com/?p=806

JELLYFISH 是 CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology) 的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Hash 表来存储数据，同时能多线程运行，速度快，内存消耗小。该软件只能运行在64位的Linux系统下。其 文章 于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上。

jellyfish的功能有：kmer计数；融合二进制的Hash结果；统计Hash结果；通过Hash结果来画直方图；将Hash结果输出成文本格式；查询指定k-mer的数目。

使用 count 的命令来执行计数功能，使用例子：

常用参数：

上一步的输出结果为二进制文件，可能输出了多个hash文件，因此需要将这些hash文件合并成一个文件，此时用到 merge 命令。使用方法：

常用参数：

k-mer的结果以hash的二进制文件结果给出，需要统计出k-mer总数，特异的k-mer数目，只出现过一次的kmer数，出现了最多的k-mer的数目等信息。以stats命令来运行。使用方法：

常用参数：

对k-mer的计数结果有个直观的认识，则需要统计出现了x(x=1,2,3…)次的kmer的数目y,以x，y为横纵坐标画出直方图。使用 histo 命令能给出 x 和 y 对应的值，将结果默认输出到标准输出。其使用方法为

常用参数：

由于count命令生成的结果为二进制的，如有需要，则可以转换成可读文本文件。使用 dump 命令，使用方法：

常用参数：

如果需要从Hash结果中查询指定的k-mer出现的次数，则要是用 query 命令。从标准输入读取k-mer的序列，从标准输出得到k-mer对应的数目。使用方法

常用参数：

由于paired-end序列有一定的顺序，需要将第2个文件的序列进行反向重复后，在和第一个文件的序列合到一起进行分析。可以使用Trinity中附带的软件fastool来将fastq文件转换成fasta文件，以及反向重复的转换。

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