索引文件是什么意思？

由

索引表

和

主文件

两部分构成。

索引表

是一张指厅灶示逻辑记录和物理记录之间扮顷扮对应关糸的表。索引表中的每项称作索引项。索引项是按键（或逻辑记录号）顺序排列。若文件本身也是按关键字顺乎扒序排列，则称为索引顺序文件。否则，称为索引非顺序文件。

再不行，你就去百度搜搜。好多你要找的知识。

（1）索引顺序文件(Indexed Sequential File)主文件按主关键字有序的文件拆雀称索引顺序文件。在索引顺序文件中，可对一组记录建立一个索引项。这种索引表称为稀疏索引。（2）索引慎灶非顺序文件(Indexed NonSequentail File)主文件按主关键字无序得文件称索引非顺序文件。在索引非顺序文件中，必须为每个记录建立一个索引项，这样建立的索引表称为稠密索引。注意：① 通常将索引非顺序文件简称为索引文件。② 索引非顺序文件主文件无序，顺序存取将会频繁地引起磁头移动，适合于随机存取，不旅孝早适合于顺序存取。③ 索引顺序文件的主文件是有序的，适合于随机存取、顺序存取。④ 索引顺序文件的索引是稀疏索引。索引占用空间较少，是最常用的一种文件组织。⑤ 最常用的索引顺序文件：ISAM文件和VSAM文件。

其中1和3二选一就可以，因为最后需要的是基因组索引文件，索引文件是由比对软件利用基因组序列构建而来。所以

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=

输入物种的英文名：human，就可以检索到相应物种的基因组信息还有基因组注释文件。

选择需要的物种名称，就会转到相应网页

http://asia.ensembl.org/index.html

右携歼散侧Download FASTA

与上述基辩氏因组在同一页面

点击Download genome annotation in GFF，或右侧FTP Human annotation (GFF)。

与上述基因组在同一页面

abinitio flag为预测的基因改茄，96为注释文件版本号，因为注释文件会不定期更新。patch为ncRNA？

Hisat2：

http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/faq.shtml

Bowtie2：

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

Bowtie

http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

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