无参转录组分析：使用 Trinity 进行转录本拼接（参考脚本）

1，参考脚本：

nohup /home/zxd/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 4G --CPU 1 --samples_file ../sample.txt --SS_lib_type RF >trinity.log 2>trinity.err &

2，链特异性参数设不对 结果全是错的

一.文库类型

转录组文库构建的时候，可以选择链特异性文库或非链特异性文库。

链特异性文库，我们清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。

链特异性文库构建，有多种方法，最常用的就是基于 dUTP 的方法。

文库类型有两种表示方法。

第一种表示方法：

第二种表示方法：

二.参数设置

在数据分析中，最复杂、最容易出错、出错了影响最为严重的除了用错书记，就是搞错文库类型参数了。设置错了可能导致转唯乱指录本很短、表达量极低、比对率极低等 。在数据分析的时候，一定要问清楚构建文库的实验人员。

常用软件的参数设置如下。

1. 转录本拼接软件

在进行转录本拼接的时候，需要考虑链特异性的问题。

1.1 Trinity

非链特异性 默认，不需要设置

链特异性 参数为：—SS_lib_type ，如果使用dUTP，值为 RF

1.2 cufflinks

非链特异性 —library-type fr-unstranded, 默认

链特指配异性 如果使用dUTP：—library-type fr-firststrand

2. 将 reads 比对到基因组的软件

2.1 tophat

非链特异性 —library-type fr-unstranded, 默认

链特异性 如果使用dUTP：—library-type fr-firststrand

2.2 hisat2

非链特异性 默认，不需要设置

链特异性 如果使用dUTP: —rna-strandness RF， 添加了该参数后，每条 reads 将在 sam 文件中出现 XS 的tag，‘+’ ‘-’ 代表该 reads 所在的转录本与基因组序列的关系。

2.3 STAR

STAR 的比对中，不需要手动设置文库类型的参数。

3.表达定量

表达定量软件根据比对的 sam 文件，计算 read counts，需要提供链特异性信息。

3.1 eXpress

非连特异性 默认，不需要设置

链特异性 如果使用dUTP：—rf-stranded

3.2 RSEM

RSEM 使陪启用 --strandedness 参数设置 。

非链特异性 --strandedness none

链特异性 如果使用dUTP: --strandedness reverse

参考：本文来自 基因课，生物信息视频课程

利用Trinity软件计算资源量，主要可以计算一个凹陷区或某个区域的油气生烃和排烃总量。

（一）生排聚烃量计算方法

模拟生排烃量，首先必须选择一个运聚单元（成藏体系）作为汇聚区。然后依据动力学模型、吸附模型原理，利用烃源岩埋藏史、烃源岩厚度、供烃史扒链、热史等资料计算汇集区的油气累计生排烃量。需考虑许多影响因素，例如：①吸附作用会随成熟度增加而降低（介质减少）；②残留在烃源岩里的油会裂解生气；③生气部分和生油部分的动力学属性不同。

（二）基本公式

Trinity软件模拟主要采用以下公式进行生排烃量计算：

排烃量（每个单位区域）＝H×HI×Tr×｛（1 GO）S×Ci｝×TOC×Rr/ro

其中：H为烃源岩厚度；Rr为岩石密度；ro为石油密度；HI为烃源岩氢指数；Tr为转化率；GO 为生气率（生气量占生烃总量的比例）；TO C 为总有机碳含量；S为最初干酪根对油气吸附能力；Ci为惰性碳的含量（不生烃的部分）。

Ci可以表示为Ci=1-HI×Tr×0.85/1000。假设只有固体有机物对烃类有吸附作用，吸附能力这项指标将随着成熟作用降低，在低含氢烃源岩的情况下Ci降低的速度较慢。当这项指标在公式中小于零时，排烃量为零，即全被吸附。对每套烃源岩，上述参数都要定义，其中烃源岩厚度、氢指数和有机碳也液此肢可以是网格图。

生烃量：当将吸附的相关参数S（最初干酪根对油气吸附能力）设置为零时，这时计算闹世的排烃量完全没有被吸附，即为源岩不同时间累计生烃量。

在mangoscn.conf或TrinityCore.conf这其渗消中的一个文件打开李扰 （更具你端的型号来判断，反正肯定有）其中有注册设置 只要把丛扰知注册账号改为普通权限就行了很简单，里面有中文解释 一看就能看懂

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