之前在ubuntu下用新立得安装lapack,之后再安装phg时可以自动识别出BLAS/LAPACK库,而在centos下通过yum install 安装lapack后,phg在配置时不能识别出BLAS/LAPACK库,只能从LAPACK官网下载源码自己进行编译。
1>.将源码解压至 /usr/local/src/ 中旅兆
2>.cd /usr/local/src/lapack-3.5.0
3>.将make.inc.example 改名为 make.inc:cp make.inc.example make.inc
4>.用gedit编辑make.inc: gedit make.inc
做如下修改:
. . . . . . . . .
FORTRAN = g77
OPTS = -funroll-all-loops -O3
DRVOPTS = $(OPTS)
NOOPT=
LOADER = g77
LOADOPTS =
. . . . . . . . .
修改为:(不过话说lapack-3.5.0版本的make.inc中内容就是 FORTRAN = gfortran 所以不用修改。。。)
. . . . . . . . .
FORTRAN = gfortran
OPTS = -funroll-all-loops -O3
DRVOPTS = $(OPTS)
NOOPT=
LOADER = gfortran
LOADOPTS =
. . . . . . . . .
保存。
5>.gedit Makefile
如果乎镇之前没安装blas,做如下修改:
include make.inc
all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing
lib: lapacklib tmglib
#lib: blaslib lapacklib tmglib
clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .
修改为:
include make.inc
all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing
#lib: lapacklib tmglib
lib: blaslib lapacklib tmglib
clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .
保存。
6>.make
此时可能会提示如下错误:
/bin/sh: ./testsecond: not found
/bin/sh: ./testdsecnd: not found
/bin/sh: ./岁镇粗testversion: not found
make: *** [lapack_install] 错误 127
解决方法如下
make.inc中的timer没有正确指定。
要看你的编译器把etime这个函数处理成intrinsic,还是external。
实在不行选none
7>.make之后会产生 liblapack.a, librefblas.a, libtmglib.a 3个静态链接库,复制这3个文件到 /usr/lib 和 /usr/local/lib并改名为 liblapack.a, libblas.a, libtmglib.a ,注意,这里一定要改名,当初我就是直接复制过去没改名,所以phg配置时一直不能识别 BLAS/LAPACK,当改完名后再配置就可以识别了。
tar -zxvf blas.tgztar -zxvf cblas.tgz
.tgz是tar.gz的简写 与tar.gz的察升解压方式一样
呵呵 解压完毕后 如果里面是二进制的 还需要一下步骤
进入解压后的文败哪老件缓做夹 然后
./configure
make
make install
看一下基本说明。 使用wego的前提是你已经对基因或元件做了GO的注释,也就是锋闭说,你已经有了每个gene的GO号,然后才是则饥用wego去做分类孙基返图,或差异分布图。 blast2go则是用来做GO注释的,也就是说,你还不知道基因与GO之间的关系,这时可以用blast2g欢迎分享,转载请注明来源:内存溢出
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