Conda的安装和常用命令

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

安装时记裤李得选择加入 path，如果没有需要手动添加path，胡悄迟值是conda的安装路径

小黑板输入 conda info

如果不能通过 conda install 来安装，也可以使用 pip 直接安装，

但我觉得会更习惯用pip直接安装。pip在Anaconda中已安装好，不需要单独为每个环境安装pip。如需要用pip管理包，activate环境后直接使用即可。另外，官方运稿文档提示也可以从Anaconda.org安装，

一、安装miniconda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A ，在这个网站里找链接。

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda-3.0.4-Linux-x86_64.sh

这个版本比较早14年的。

但是发现之前用所里的conda建立的环境打不开了。而且create都不行。。。完全不能用啊。

二、还是安装升级版的anaconda吧。

在 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 查找版衡正升本

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

安装到了/data/zds209/anaconda3这个文件夹下。

三、用自己的conda建立自己的虚拟环境

conda create -n R_4.0 python=3.8.3

注意的是一开始报了个错：

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

在.condarc 文件里如下调整：添加了一些源，把之前的缘给#注释掉。

四、升级conda

conda upgrade -n base -c defaults --override-channels conda

升级后为 conda4.13.0

五、用conda安装R

输入 conda install r-base=4.0 ，跑了十来分钟，突然跳出一个可怕提示，然后就没了。这是系统发现有个占内存太多的运行清敏，给我灭了。。

折腾折腾这么多天conda，学习虚拟环境，都是为了在linux里面安装R。。。。。快崩溃了。我去求助信息中心大神同事去吧。。真挫咐老败。

conda 安装R环境首闹丛，主要命令如下：

2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行者樱

3.安装所需要的包

4.关闭此环境

安装完R环境后，export 相应的path，如下

安装相关的包，例如ballgown：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ballgown")

注意，如果不export 相应的path，R安装包时很容弯岩易找不到相应的程序，如：

/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found

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