如何在网上查某个基因的转录因子及启动子

查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析，应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在，然后将启动子区域克隆，构建一系列区域突变克隆，与基因编码转录因子的基因共表达，检测报告基因的表达，来判断转录因子的结合位点。

转录因子，真核生物转录起始十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类；第一类为普遍转录因子,它们与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除TFⅡD以外，还发现TFⅡA，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它们在转录起始复合体组装的不同阶段起作用。第二类转录因子为组织细胞特异性转录因子，这些TF是在特异的组织细胞或是受到一些类固醇激素\生长因子或其它刺激后，开始表达某些特异蛋白质分子时，才需要的一类转录因子

methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。

DNA甲基化文件格式如下:

每一行是一个甲基化位点，其中，coverage代表覆盖这个位点的reads数，freqC和freqT分别代表发生甲基化和未发生甲基化胞嘧啶的比例。这种纯文本格式内容直观，文件小，读取速度快。

此文件可以通过perl脚本转化bismark输出文件CX_reporttxt得到。

文件加载过程如下

在合并的过程中，默认情况下，只有所有的样本都包含该位点时，才会保留，本质就是取的所有样本的交集，如果你想要取并集，可以修改minpergroup参数的值，该参数的值代表每组中至少有多少个样本覆盖该位点时才保留，如果设置为1，就是取并集。

在methylKit的差异分析针对的是合并后的甲基化表达谱，上面的合并文件中每一行是一个甲基化位点，那么差异分析的结果就是差异甲基化位点，使用函数calculateDiffMeth执行差异分析。

执行区域分析之前，首先要合并甲基化区域文件，区域比较时，对单个碱基的覆盖度要求较低。

设定窗口和步长，比较区域内甲基化差异

合并完成以后，可以执行区域差异分析。

注释首先要使用R包genomation获取基因/区域信息

参数upflank和downflank用于定义启动子区域，默认TSS上下游各1000bp为启动子，这里定义TSS上游2000bp为启动子区。

用于汇总启动子等区域的DNA甲基化信息

当得到差异甲基化区域的注册信息后，可以通过 getAssociationWithTSS 函数获得其和TSS之间的距离，以及最近的基因。

还可以得到与内含子/外显子/启动子重叠的差异甲基化区域的百分比/数量

基因启动子位于基因转录起始位点的上游几kb的区域内，一般来说启动子区域具有一定的保守序列特征，另外，启动子区域一般还具有比较高比例的GC含量，这些高GC含量的区域组成一些GC岛；如果一个新的基因在不能确定其启动子的情况下，最好在设计PCR引物时，多设计几对，最大限度地将新基因的启动子区域囊括在这些PCR里面。。如：你可以分析一下，得到高GC含量的区域，然后在涵盖这个区域设计一系列的引物，然后PCR。

自动使用启动子区

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