mega7进化树上的数字怎么添加

在Mega7中，进化树上的数字可以通过多种方式添加。其中最常用的方法是使用序列文件（例如FASTA格式），其中包含每个序列的名称和序列数据。Mega7可以解析这些信息，并根据它们构建进化树。一旦进化树被创建，可以通过添加分支长度或其他注释来表示数字。例如，可以添加分支长度，其中数字表示该分支的长度（例如，005表示分支长度为005单位）。此外，还可以添加其他注释，例如分支支持（例如，Bootstrap值）。这些数字可以使用Mega7的编辑工具手动添加或使用其他软件添加，例如RAxML或PhyML。在任何情况下，正确地添加数字是构建准确、有信息量的进化树的重要步骤。纯手打，望采纳！

这树有什么好分析的，只是做出来给别人看的，看一下跟那个模式菌株最接近。其实真正的同源性分析的话，就是你在数据库里做比对的时候，同源性最高的那个菌株有分析价值。其他的菌株都只是一个比较。 这幅图里，同源性最高的就是100的那个菌株了，而且初步判断，和那个菌株是一个种的。
最后提醒一下：如果是模式菌株，后面要加一个“T”的上标。

Fasta格式。
进化树先将序列Fasta格式放在txt文本里保存，美吉31打开，AlignmentExplorer/clustalcreateanewalignmentOKNoforProtein右侧上角后一个文件夹框插入序列，关闭NoYessavethedatatoMEGAyesopenthedatainMEGA，关闭Phylogeny第二个或第三个InteriorBranchTestofPhylogenyNeighborjoiningTreecomputeImagesaveasEMF格式。

用TreeView看：taxonomyzoologyglaacuk/rod/treeviewhtml 或者用MEGA，给你两个链接吧，上面很详细1、图文讲解MEGA41建进化树步骤：liuchengname/603/2、MEGA4的中文使用说明：liuchengname/612/

所以大致摸索了一下mega里面的选项的作用

美化好进化树之后我们可能需要将得到的树导出放到文章中，可以使用 image 来选择我们需要的格式

当然除了导出不同的文件格式之外还可以导出不一样的性状，比如说圈图或者直接的图，但是直接的进化树的话会有长度的限制，太大的话会显示报错

这时候可以用view 中的options 来调节，调节好之后就可以正常导出使用啦

序列比对建议用ClustalX
建NJ或MP树，用MEGA就可以了，非常方便
若要建ML树推荐用phyML
建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC
如果不是专业建树的话，MEGA足够用了，建议参考下面这篇文章：
一、引言
开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有 3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：
1．涉及基本概念
例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。
2．关于构建进化树的方法的选择
例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。
3．关于软件的选择
例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用ClustalX做出来的进化树与 phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。
4．蛋白家族的分类问题
例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。
5．新基因功能的推断
例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。
6．计算基因分化的年代
例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化中变异所需时间”，等等。
7．进化树的编辑
例如生成的进化树，如何进行后续的编辑，比如希望在上标注某些特定的内容，等等。
由于相关的帖子太多，作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时，作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念，作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一书，以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7，作者之一lylover一般使用Powerpoint进行编辑，而 Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。
这里，作者在这里对问题2-6进行简要地解释和讨论，并希望能够初步地解答初学者的一些疑问。

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