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PHREEQC最简单的应用就是计算溶液中各种化学物质的分布，以及溶液中矿物质与气体的饱和状态。反演模拟功能可推导和量化在流动过程中能够反映化学物质变化的化学反应方程。PHREEQC能够处理的反应方程包括建立矿物、表面络合物、阳离子交换剂、土壤溶液、气体组分单位分压、固定压强或固定体积气相间平衡的物质运移反应。在模拟这些均衡反应的同时，PHREEQC还可以模拟动力化学与生物反应，以及模拟从简单的线性衰变（代谢物降解或放射性衰变）到复杂的依赖于溶液化学组成和微生物数量确定的反应速率。这些反应处理功能可在批反应模拟或一维对流、弥散、反应型运移模拟中使用。