excel表格去除重复项行

按键删除，筛选删除，重复项删除

进入到excel的程序界面，在这个界面里面单击鼠标左键选中要删除重复项的数据区域。找到并按下你的电脑键盘上面搏穗的alt+d的组合按键，再按下字母r按键。再按下字母d按键，d出重复项的设置框后点击下面的删除重复项，再点击确定按钮就可以了。

进入到excel的程序界面，单击鼠标左键选中要进行删除的数据区域。点击上方的开始选项卡，再找到并点击开始选知察项卡下面的筛选功能。在d出的菜单里面点击高级筛选，勾选下面的选择不重复的记录，点击确搭银茄定按钮就可以删除重复项了。

进入到excel的程序界面，单击你的鼠标左键选中要进行删除的数据区域。点击上方的数据选项卡，再点击数据选项卡下面的重复项。在d出的菜单里面点击删除重复项 *** 作，d出设置框后直接点击删除重复项，再点击d出的确定按钮就可以删掉这些重复项了。

http://lomereiter.github.io/sambamba/

1.排序

sambamba sort OPTIONS <input.bam>

主要参数兆乎：

-o, --out 设置输出文件的名字（默认 .sorted.bam）

-n, --sort-by-name 按reads id排序（默认按照在参考基因组上的位置排序）

2.建立索引

sambamba index [-p|--show-progress] [-n|--threads=NTHREADS] <input.bam>[<output.bai>]

示例：

3.提取文件的信息

sambamba view OPTIONS <input.bam | input.sam>[region1 [...]]

主要参数：

-S 输入文件为sam（默认为bam）

-F, --filter=FILTER 过滤提取bam

-f, --format=FORMAT 指定输出文件格式（默认是sam, 还支持bam, json, or msgpack ）

-h, --with-header 保留header

示例：

4.合并多个bam文件

sambamba merge OPTIONS <output.bam><input1.sorted.bam><input2.sorted.bam>[...] #automatically like in Picard merging tool

主要参数：

-t, --nthreads=NTHREADS 设置线程数

-H, --header 合并sam中的header

-l, --compression-level 按0 to 9设置文件压缩的程度

5.查看reads flag的比对结果

sambamba flagstat OPTIONS <input.bam>

显示以下信息：

First line contains numbers of QC-passed and QC-failed reads. Then come pairs of numbers, the former for QC-passed reads, the latter for QC-failed ones:

6.查重复序列

sambamba markdup OPTIONS <input.bam><output.bam>

主要参数：

-r, --remove-duplicates 去掉重复序列，否则仅mark重复序列

-t, --nthreads=NTHREADS

-l, --compression-level=N

--tmpdir=TMPDIR 设置中间文件生成目录(默认为/tmp)

此外，还可以提取sam文件的某一段滑余， sambamba slice OPTIONS <input.bam>region

https://github.com/GregoryFaust/samblaster

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu314

主要参数：

-i --input 输入sam文件（必须包含header且按reads id排序）

-o --output输出sam文件

-d --discordantFile 输出discordant read pairs

-s --splitterFile 输出split reads

-u --unmappedFile输出unmapped/clipped reads

其他参数:

-a --acceptDupMarks不去重

-e --excludeDups 去掉discordant, splitter, and/or unmapped等重复（具体定义详见samblaster主信猜滚页）

-r --removeDups 去掉重复(-e --excludeDups类似)

--addMateTags 添加MC and MQ tags

-M 与bwa mem -M 类似

示例：

需要注意的是picard Markduplicates 和sambamba markdup的输入文件是bam格式，samblaster是sam格式

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