如何用pymol表示金属离子与氨基酸的作用力

Pymol 是一个结构显示和分析程序 它是用python编写的所以叫pymol，相应的还有Jmol 等。 Pymol 的好处是做出来的图很炫。很多牛人用它做图发文章，蛋白质结构预测里面现在最牛的Baker，他们2005年Science的文章中那些漂亮的图可都是Pymol做出来的。 再者Pymol是开源的（10之前的版本现在还是开源的，10版以后可以申请教师用的免费版,现在版本是10），Python也是开源的。以后大家可以对Pymol进行扩展，打造自己的三维结构显示软件。 Pymol可以精确定量你的 *** 作，并放在一个文件中(或者是记录这时的状态）。 下次你用Pymol再打开这个文件时，你做的图就会重新出现，你所做的一切都保留下来了，不用重新在做一遍。 不会出现这次做出的图比上次少转了3-5度这样的事。Pymol还可以对pdb文件进行编辑，修改，它选择原子、分子、残基等也非常方便！ 还有很多好处比如从虚拟氨基酸突变，到ray方法产生真正的三维立体阴影图。

原因如下：
1、丰富的功能：Pymol支持多种分子可视化和分析，包括快速和高保真度的三维渲染、表面和轮廓绘制、距离、角度和蛋白质配体相互作用表达式的测量等。
2、明确简单的界面：Pymol易于安装和使用，同时提供了直观的菜单、工具栏和命令行交互接口，方便用户进行三维结构可视化和分析。
3、应用广泛：Pymol在生物医学、生物信息学、药物发现、化学以及计算机辅助设计（CAD）等领域广泛应用，在教学中可用于很多不同的课程，如生物化学、生物物理、药物化学等。
4、开放源代码：Pymol是一个开放源代码软件，用户可以对其进行免费的下载和使用，可以进行二次开发和自定义功能，方便教师和学生们根据课程需求进行优化和改进。

将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示：

此时的蛋白质结构：

使用脚本调整一下颜色的范围（这些颜色名称在Color栏中都可以找到）

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