如何安装 linux libaio library

检查硬件是否满足要求1）确保系统有足够的 RAM 和交换空间大小，运行以下命令：#grep MemTotal /proc/meminfo #grepSwapTotal /proc/meminfo 注：所需最小 RAM 为 512MB，而所需最小交换空间为 1GB。对于 RAM 小于或等于 2GB 的系统，交换空间应为 RAM 数量的两倍；对于 RAM 大于 2GB 的系统，交换空间应为 RAM 数量的一到两倍。2）确保有足够的磁盘空间。Oracle 10g软件大约需要 2.5GB 的可用磁盘空间，数据库则另需至少1.2G的磁盘空间3）/tmp 目录至少需要 400MB 的可用空间。 要检查系统上的可用磁盘空间，运行以下命令： #df-h2检查系统是否已安装所需的开发包使用rpm -qa命令，确保以下包已成功安装。对于包的版本,只有版本高于下面的都可以,如果低于此版本,则要升级处理,如下:binutils-2.15.92.0.2-13.EL4compat-db-4.1.25-9compat-libstdc++-296-2.96-132.7.2control-center-2.8.0-12gcc-3.4.3-22.1.EL4gcc-c++-3.4.3-22.1.EL44glibc-2.3.4-2.9glibc-common-2.3.4-2.9gnome-libs-1.4.1.2.90-44.1libstdc++-3.4.3-22.1libstdc++-devel-3.4.3-22.1make-3.80-5pdksh-5.2.14-30sysstat-5.0.5-1xscreensaver-4.18-5.rhel4.2setarch-1.6-1libaio-0.3.103-33创建oracle组和oracle用户创建用于安装和维护 Oracle 10g软件的 Linux 组和用户帐户。用户帐户将称为 oracle，而组将称为 oinstall（用于软件安装） 和 dba（用于数据库管理）。#groupadd oinstall#groupadd dba#useradd -m -g oinstall -G dba oracle –poracle (p表示添加帐号密码)创建oracle目录并改变目录权限现在，创建存储 Oracle 10g 软件和数据库文件的目录。本指南在创建目录结构时所用的命名惯例符合最佳灵活结构 (OFA) 规范。以 root 用户身份执行以下命令：#mkdir -p /u01/app/oracle # oracle根目录，-p 表示递归建立目录#mkdir -p /u02/oradata # oracle数据文件存放目录#chown -R oracle:oinstall /u01#chown -R oracle:oinstall /u02#chmod -R 775 /u01#chmod -R 775 /u024配置linux内核参数#vi/etc/sysctl.conf，添加如下内容：kernel.shmall = 2097152 kernel.shmmax = 2147483648 #此处默认设置为2G，数值一般设为物理内存的40~50%kernel.shmmni = 4096kernel.sem = 250 32000 100 128fs.file-max = 65536net.ipv4.ip_local_port_range = 1024 65000net.core.rmem_default = 262144net.core.rmem_max = 262144net.core.wmem_default = 262144net.core.wmem_max = 262144 完成后，运行以下命令激活更改：#sysctl–p 注：Linux 内核非常出色。与大多数其他 *NIX 系统不同，Linux 允许在系统启动和运行时修改大多数内核参数。完成内核参数更改后不必重新启动系统。Oracle 数据库 10g 需要以下所示的内核参数设置。其中给出的是最小值，因此如果您的系统使用的值较大，则不要更改它。配置oracle用户的shell限制#vi /etc/security/limits.conf 添加如下内容：oracle softnproc 2047oracle hardnproc 16384oracle softnofile 1024oracle hardnofile 65536 #vi /etc/pam.d/login添加如下内容：session required pam_limits.so导出x图形界面给oracle用户由于安装时采用的是oracle的OUI图形化界面，需要X支持，而默认oracle用户是不支持图形化 *** 作的，必须以root的身份导出X给oracle用户使用。运行如下命令：#xhost +access control disabled,clients can connect from any host出现以上文字表示导出成功。5oracle用户下执行 1.2.1设置环境变量#su –oracle$vi .bash_profile 加入以下内容：TMP=/tmpTMPDIR=$TMPORACLE_BASE=/u01/app/oracle#oracle 根目录ORACLE_HOME=$ORACLE_BASE/product/10.2.0/db_1 #oracle 家目录ORACLE_SID=orcl #根据实际需要命名LD_LIBRARY_PATH=$ORACLE_HOME/lib:/lib:/usr/libPATH=$ORACLE_HOME/bin:$PATHexportTMP TMPDIR ORACLE_BASE ORACLE_HOME ORACLE_SID LD_LIBRARY_PATH PATH $source .bash_profile #使环境变量生效2、安装 Oracle2.1、下载并解压oracle软件从Oracle网站下载10201_database_linux_x86_32.cpio.gz到oracle用户家目录下/home/oracle/（也可为其他目录），使用oracle用户登录后，解压此文件：$startx$cd /home/oracle$gunzip 10201_database_linux_x86_64.cpio.gz$cpio -idmv <10201_database_linux_x86_64.cpio 以上 *** 作将Oracle安装文件解压到database/目录。（根据下载的包的格式不同，解压出来后的目录格式可能不同。）2.2、Oracle OUI进行图形化安装（推荐使用高级安装方式）切换到database/目录下，运行以下命令： $cd database $./runInstaller6检验是否安装成功数据库正常安装结束后，默认是启动的。以oracle用户身份运行以下命令测试：$sqlplus/ as sysdbaSQL>selectopen_mode from v$database OPEN_MODE------------------READ WRITE若出现以上文字说明数据库正在正常运行。自此，数据库安装成功。

问题：

非root权限下安装的R包都是默认安装在

/home/[yourname]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/[version]

这就导致一个问题，别的用户无法使用到你安装的包，需要自己再安装一遍，这样就很麻烦

解决办法：将别人的R library path 加载到自己的R环境变量中就可以了：

先查看一下包的安装路径：

.libPath()

[1] "/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"

[2] "/usr/local/lib/R/site-library"

[3] "/usr/lib/R/site-library"

[4] "/usr/lib/R/library"

安装时会按照顺序安装，

[1] "/home/balter/conda/envs/dada2/lib/R/library" "/usr/local/lib/R/site-library"

[3] "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library"

export R_LIBS="/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"

即可凑合用。

更专业点就是修改R启动时候加载的Rprofile文件，参考：

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html

          最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行 *** 作（https://github.com/MRCIEU/epigraphdb-pqtl/），在 *** 作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：

运行后出现报错信息如下：

解决步骤1：

        重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp， *** 作命令如下

解决步骤2：

      接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3：

     接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装， *** 作命令如下

解决步骤4：

      最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。

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