Rscript——Linux下运行R脚本

之前R都是在Windows运行比较多，Rstudio基本满足数据分析和绘图需求。但是这次通过R进行WGCNA，基因数目比较多Windows带不动，所以转战Linux。学校的大型机是不允许login直接跑计算的，而bsub如何提交R作业？

格式：R CMD BATCH [options] [infile] [outfile]

在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用方法三Rscript file代替即可。

格式：R [options] [<infile] [>outfile]

运行：

查看输出结果：

格式：Rscript [--options] [-e expr] file [args] [>outfile]

参考资料：

https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/01/08/2851480.html

http://www.360doc.com/content/11/1201/22/5013584_169013651.shtml

1、下载wgethttp://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz2、解压：tar-zxvfR-3.0.1.tar.gzcdR-3.0.13、安装(当然也可以跳过)yuminstallreadline-develyuminstalllibXt-devel./configure4、配置环境并编译安装#如果使用rJava需要加上--enable-R-shlib(这个我不需要，所以加入到后面)#如果3没安装,那么后面加上：--with-readline=no--with-x=no./configure--prefix=/usr/R-3.0.1make$$makeinstall5、配置环境变量并生效vi.bash_profileexportR_HOME=/usr/R-3.0.1exportPATH=.:$R_HOME/bin:$PATH#试环境变量生效source.bash_profile6、命令行测试[admin@JDsoftware]$RWARNING:ignoringenvironmentvalueofR_HOMERversion3.0.1(2013-05-16)--"GoodSport"Copyright(C)2013TheRFoundationforStatisticalComputingPlatform:x86_64-unknown-linux-gnu(64-bit)R是自由软件，不带任何担保。在某些条件下你可以将其自由散布。用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.用'contributors()'来看合作者的详细情况用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。用'q()'退出R.>q()7、创建脚本测试(t.R)cd/opt/script/Rvimt.R#!/path/to/Rscript#第一行x<-c(1,2,3)#R语言代码y<-c(102,299,301)model<-lm(y~x)summary(model)8、测试：执行脚本RCMDBATCH--args/opt/script/R/t.Rmore/opt/script/R/t.Rout#查看执行的结果或者第二种方式Rscript/opt/script/R/test.R#结果直接输出到终端

第一种：参数用一横的说明后面的参数是字符形式。 第二种：参数用两横的说明后面的参数是单词形式。 第三种：参数前有横的是 System V风格。 第四种：参数前没有横的是 BSD风格。 有关System V和BSD的其他区别： 系统启动过程中 kernel

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