Linux文本 *** 作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、 *** 作、统计的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 > 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用>(重定向)或是 >>(追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

cat 是一个文本文件查看和连接工具。查看一个文件的内容，用cat比较简单，就是cat 后面直接接文件名，如cat linuxyw.txt

cat --help可以查看cat帮助信息，如各种参数使用方法，当然也可以用man cat来查看，建议大家养成遇到命令不懂用法时，用--help或man来查看帮助信息，养成好习惯。filename为文件名，即系统中需要查看的文件名字。《Linux就该这么学》 与这个命令相似功能的命令有：tac，less，tail，more

cat命令查看其文件内容 这个是显示你文件的内容

Linux系统中有很多个用于查看文件内容的命令，每个命令又都有自己的特点，比如这个cat命令就是用于查看内容较少的纯文本文件的。《Linux就该这么学》里面的命令大全有介绍

cat命令

cat命令用于查看纯文本文件（内容较少的），格式为“cat [选项] [文件]”。

文件内容太多就换一个

文件内容较大时，文本内容会在屏幕上快速闪动（滚屏），用户往往看不清所显示的具体内容。因此对于较长文件内容可以按Ctrl+S键，停止滚屏；以及Ctrl+Q键可以恢复滚屏；而按Ctrl+C（中断）键则可以终止该命令的执行。或者对于大文件，干脆用more命令吧！

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