百度上的解释是:脚本(Script)是一种批处理文件的延伸,是一种纯文本保存的程序,一般来说的计算机脚本程序是确定的一系列控制计算机进行运算 *** 作动作的组合,在其中可以实现一定的逻辑分支等。不知道你能不能看懂,反正我开始的时候真是一知半解。
鸟哥私房菜的解释是:shell script是利用 shell 的功能所写的一个"程序",这个程序是使用纯文本文件,将一些shell的语法与命令(含外部命令)写在里面,搭配正则表达式、管道命令与数据流重定向等功能,以达到我们所想要的处理的目的。不明觉厉,好像更看不懂了···
Jude 的简单粗暴大白话解释是:脚本就是Linux中很多命令按照一定规则的组合,以实现某个特定的功能。Linux中有很多简单的命令,往往只是进行了简单的对话,比如 cd 就是进入到某个目录,简单直接。但是如果我想进入某个目录A,然后在目录A中创建目录B,再在目录B中创建文本C呢?当然可以一步一步 *** 作,如果想要一步到位呢,那就可以用脚本,把三个命令写在一起,一起执行。好像有点啰嗦···
或者从英语的角度去理解,脚本的对应英文是Script,而这个单词的中文释义中还有剧本的意思。剧本就好理解了啊,剧本就是导演(生信工程师)基于某个主旨(要实现的目标)按照一定的手法(规则)所写的一个故事。不管是哪个演员,都得按照剧本演。所以,学好英语对于生信也是有帮助的~
按照脚本的复杂程度可以分为:
这个无需多说,其实就是若干个简单命令的顺序排列,执行脚本后会按照命令的前后关系从前往后一一执行。
相对于简单的基本脚本,结构化的命令脚本可以施加逻辑流程控制,从而改变程序(命令)执行的顺序。基本脚本中的命令就是从上往下执行,但是结构化的命令脚本可以根据逻辑判断重复或者跳过某些命令。
常用的结构化命令(语句)有:
后面还有什么嵌套循环啊啥的,不过我觉得上面的7中命令学到家了,应该可以应付大部分在生信分析里面的应用了。
记得高中的时候,物理老师(也是班主任)在给我们讲解习题时有个有意思的套路:不管什么难题现在下面写个"答:",以示自己解决问题的决心,也是一种正向的心理暗示。脚本编写也是有套路的,不过总的来说还是比较简单。
对于简单的脚本(超级简单的那种),直接几个命令连在一起即可,中间用";"隔开。
对于更长更复杂的脚本,一般需要创建一个文本,并在里面编辑。这就涉及到了文本编辑器,比较常用和简单的一般有nano和vim,实在很简单,规则也容易理解,教程随手可得,不多说。
比如用vim创建了一个脚本之后,具体的语法(套路):
ok,脚本写完了,怎么让脚本开始工作呢?这有涉及到之前讲过的环境变量和相对路径、绝对路径了。方法有三:
就这么多吧,应该有点感觉到了,剩下的就是狂练狂练了~
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