Kristopher Schultz在《Serious Techniques For Testing Your Sericous Flash Apps》一文中总结了测试Flash程序的方法,大概包括以下4个大的方面:
(1)在各种的连接速度下测试(Test Over Multiple Connection Speeds)
(2)在各种浏览器下测试(Test With Multiple Browsers)
(3)在低配置的机器上测试(Test on ‘Weak’ Machines)
(4)在各种版本的Flash Player上测试(Test Against Older Flash Player Versions)
#1.1 FLASH 的缺陷
#1.2 FLASH原理
简单说,FLASH 会考虑成对reads间最短长度或大于最短长度的所有可能的overlap,最终选取overlap中错配率最小的情况进行融合。
FLASH 可在GNU/Linux 、Mac OS X和windows上运行;FLASH 依赖于C标准库和 zlib。
Linux安装FLASH需要经过以下几个步骤:
#3.1 线程设置
FLASH 默认使用多线程,默认和处理器相同数目的线程用于reads融合,可以通过参数-t(--threads=1)自定义线程数;并且最多2个线程用于输入和最多3个线程用于输出。
使用多线程时,融合成功和未成功的reads输出的顺序不会与输入reads顺序一致。如果你想改变这种情况,只需要设定--threads=1。
#3.2 准确度
基于默认参数,对于测序错误率低于1% 的reads,FLASH 可以准确处理90%的read pairs;错误率达到2%时,98% 的read pairs可以被正确处理。
使用 GAGE 数据测试:
#3.3 命令
flash程序的参数都比较简单,个别参数比较重要;大家自己去理解一下。
FLASH: Fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies. T. Magoc and S. Salzberg. Bioinformatics 27:21 (2011), 2957-63.
FLASH2 github
FLASH
flash生成的动画文件扩展名为swf。SWF是一种基于矢量的Flash动画文件格式,一般用FLASH软件创作并生成SWF文件格式。
Flash可以包含简单的动画、视频内容、复杂演示文稿和应用程序以及介于它们之间的任何内容。通常,使用Flash创作的各个内容单元称为应用程序,即使它们可能只是很简单的动画。您也可以通过添加图片、声音、视频和特殊效果,构建包含丰富媒体的Flash应用程序。
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