Rscript——Linux下运行R脚本

之前R都是在Windows运行比较多，Rstudio基本满足数据分析和绘图需求。但是这次通过R进行WGCNA，基因数目比较多Windows带不动，所以转战Linux。学校的大型机是不允许login直接跑计算的，而bsub如何提交R作业？

格式：R CMD BATCH [options] [infile] [outfile]

在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用方法三Rscript file代替即可。

格式：R [options] [<infile] [>outfile]

运行：

查看输出结果：

格式：Rscript [--options] [-e expr] file [args] [>outfile]

参考资料：

https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/01/08/2851480.html

http://www.360doc.com/content/11/1201/22/5013584_169013651.shtml

“载入需要的程辑包：”这种提示没什么大不了的，实在觉得烦就在脚本里导致出现这些东西的命令外面套一层suppressMessages()函数，比如suppressMessages(library(foreach))。

关键是后面提示的错误要解决。

linux下，没有文件扩展名的区分，任何扩展名的文件可能是一个shell，要在后台运行，有以下几种情况：

1.在命令后面加上&，就可以使该命令在后台进行工作，这样做最大的好处就是不怕被ctrl+c这个中断指令所中断。

2. 在后台执行的程序怎么使它恢复到前台来运行呢？很简单，只用执行fg这个命令，就可以了。

3.已经在前台运行的命令，我能把它放到后台去运行么？当然可以了，只要执行ctrl+z就可以做到了。

4.如果我有多个进程在后台运行，那如何恢复到前台来执行呢？这时候就要用到jobs这个命令了，通过jobs这个命令，能够列出所有在后台执行的进程，那个中括号（[ ]）里面的数字就是 jobs 的代号啰 ，通过fg %number 就可以恢复指定的后台进程.

5.另外，screen可以实现类似后台运行的交互 *** 作。

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