Rscript——Linux下运行R脚本

之前R都是在Windows运行比较多，Rstudio基本满足数据分析和绘图需求。但是这次通过R进行WGCNA，基因数目比较多Windows带不动，所以转战Linux。学校的大型机是不允许login直接跑计算的，而bsub如何提交R作业？

格式：R CMD BATCH [options] [infile] [outfile]

在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用方法三Rscript file代替即可。

格式：R [options] [<infile] [>outfile]

运行：

查看输出结果：

格式：Rscript [--options] [-e expr] file [args] [>outfile]

参考资料：

https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/01/08/2851480.html

http://www.360doc.com/content/11/1201/22/5013584_169013651.shtml

“载入需要的程辑包：”这种提示没什么大不了的，实在觉得烦就在脚本里导致出现这些东西的命令外面套一层suppressMessages()函数，比如suppressMessages(library(foreach))。

关键是后面提示的错误要解决。

ash

shell

脚本的方法有多种，现在作个小结。假设我们编写好的shell脚本的文件名为hello.sh，文件位置在/data/shell目录中并已有执行权限。

方法一：切换到shell脚本所在的目录（此时，称为工作目录）执行shell脚本：

cd

/data/shell

./hello.sh

./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh。如果不加上./，bash可能会响应找到不到hello.sh的错误信息。因为目前的工作目录（/data/shell）可能不在执行程序默认的搜索路径之列,也就是说，不在环境变量PASH的内容之中。查看PATH的内容可用

echo

$PASH

命令。现在的/data/shell就不在环境变量PASH中的，所以必须加上./才可执行。

方法二：以绝对路径的方式去执行bash

shell脚本：

/data/shell/hello.sh

方法三：直接使用bash

或sh

来执行bash

shell脚本：

cd

/data/shell

bash

hello.sh

或

cd

/data/shell

sh

hello.sh

注意，若是以方法三的方式来执行，那么，可以不必事先设定shell的执行权限，甚至都不用写shell文件中的第一行（指定bash路径）。因为方法三是将hello.sh作为参数传给sh(bash)命令来执行的。这时不是hello.sh自己来执行，而是被人家调用执行，所以不要执行权限。那么不用指定bash路径自然也好理解了啊，呵呵……。

方法四：在当前的shell环境中执行bash

shell脚本：

cd

/data/shell

.

hello.sh

或

cd

/data/shell

source

hello.sh

前三种方法执行shell脚本时都是在当前shell（称为父shell）开启一个子shell环境，此shell脚本就在这个子shell环境中执行。shell脚本执行完后子shell环境随即关闭，然后又回到父shell中。而方法四则是在当前shell中执行的。

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