查看BAMSAM格式文件

查看BAMSAM格式文件,第1张

samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐Group] <in.bam>|<in.sam>

    -b 以BAM格式输出,可以用于samtools的后续分析

    -u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用

    -h 在结果中包含头header

    -H 只输出开头

samtools view -h 文件名 | less -S

需要准备的材料分别是:电脑、linux连接工具。

1、首先连接上linux主机,进入等待输入指令的linux命令行状态。

2、在命令行状态下,输入指令:df -T -h,再按回车。

3、此时会列出各个文件系统对应的文件格式。


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原文地址: http://outofmemory.cn/yw/9020484.html

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