Rscript——Linux下运行R脚本

之前R都是在Windows运行比较多，Rstudio基本满足数据分析和绘图需求。但是这次通过R进行WGCNA，基因数目比较多Windows带不动，所以转战Linux。学校的大型机是不允许login直接跑计算的，而bsub如何提交R作业？

格式：R CMD BATCH [options] [infile] [outfile]

在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用方法三Rscript file代替即可。

格式：R [options] [<infile] [>outfile]

运行：

查看输出结果：

格式：Rscript [--options] [-e expr] file [args] [>outfile]

参考资料：

https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/01/08/2851480.html

http://www.360doc.com/content/11/1201/22/5013584_169013651.shtml

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gzchecking for rl_callback_read_char in -lreadline... no configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages 6.安装 make make install 安装成功！ R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。 q() ##退出R编辑 7.安装R-studio-server wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpmyum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm 8.R-studio-server的一些命令 rstudio-server start ##启动 rstudio rstudio-server stop ## 关闭rstudio rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态 运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动 rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误 rstudio-server restart ##重启 ifconfig ##查看服务器ip地址。 查看运行中R进程 rstudio-server active-sessions 指定PID，停止运行中的R进程 rstudio-server suspend-session <pid> 停止所有运行中的R进程 rstudio-server suspend-all 强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行 rstudio-server force-suspend-session <pid> rstudio-server force-suspend-all RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示 rstudio-server offline RStudio Server临时上线 rstudio-server online 8.rstudio-server系统设置 主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改） /etc/rstudio/rserver.conf /etc/rstudio/rsession.conf vi /etc/rstudio/rserver.conf www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改 www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0 rstudio-server restart vi /etc/rstudio/rsession.conf session-timeout-minutes=30#会话超时时间 r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库 rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。 9.通过浏览器连接Rstudio-server 直接打开浏览器，输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。 这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项： （1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录 （2）.用户的认证可以使用RSA。 如果没有普通用户，可以添加： useradd newname # 添加一个名为newname的用户 passwd newname###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。 usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中， 在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。 10可能存在的问题 10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来 rstudio-server verify-installation There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did notconfigure with --enable-R-shlib. 这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib. 这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1". 使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。 10.2 普通用户无法启动rstudio-server sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令 这时会需要输入密码并提示 xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported. 如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。 su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。 chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限 vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。 找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名) youuserALL=(ALL)ALL %youuser ALL=(ALL)ALL youuserALL=(ALL)NOPASSWD: ALL %youuser ALL=(ALL)NOPASSWD: ALL chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

一、会话和作业的概念：

1、进程：Linux自身运行的独立程序。

2、进程组：进程组是一个或多个进程的集合。

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Linux包括三种不同类型的进程，每种进程都有自己的特点和属性：

3、交互进程 —— 由一个shell启动的进程。交互进程既可以在前台运行，也可以在后台运行。 

4、批处理进程 —— 这种进程和终端没有联系，是一个进程序列。 

5、监控进程（也称守护进程）—— linux系统启动时启动的进程，并在后台运行。

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6、会话：一个用户登录终端后会新建一个会话，它是和控制终端产生IO交互的过程。这个过程可以称之为会话期。会话期可以产生一个 或 多个进程组的集合。（比喻打电话，首先要电话的接通，接通了才可以产生人与人之间的信息交互。在此会话期间可以产生一个或多个不同范畴的话题）

7、作业：作业类似于用户提交给系统的一个任务。一个作业可以包含一个或多个进程共同完成一个任务。（比喻会议上BOSS需要完成一个任务，根据需求可以分配到一个或多个人配合完成。）

8、作业控制：指的是控制正在运行的进程的行为。比如，用户可以挂起一个进程，等一会儿再继续执行该进程。这样用户就能在多个独立作业间进行切换。（比喻正在进行常规工作的员工，经理突发一个事情需要协助处理。这位员工放下手上的工作（挂起）。首先处理经理安排的事情，完事后再处理常规工作的事情。）

二、通过 date 和 sleep 命令理解前台、后台作业。date 命令是显示系统时间，sleep 命令是设置延时。

1、前台执行命令：

1）、前台执行命令。输入输出都是按部就班，执行完一个命令再执行下一个命令，把结果打印出来。

红色下划线：date 查看当前日期时间。

黄色下划线：sleep 10 延时10秒。

蓝色下划线：date 查看当前日期时间。

通过结果可以看出第一个 date 打印出日期时间后，延时10再执行一个 date 打印日期时间。两个时间相隔 10 秒。

2）、系统正在执行前台的命令时，再输入命令是不会马上执行。要执行完毕前面的命令才可以执行后面输入的命令。同样用 date 和 sleep做实验：

红色下划线：date 输出当前日期时间。

黄色下划线：sleep 60 系统执行延时 60 秒的 *** 作。 [root@localhost ~]# 用户标识符没有出现。虽然光标可以进行输入，但输入的    ls /tmp/ 命令并没有马上执行，没有输出。因为此时，前台正在执行 sleep 60 延时60秒的指令。

红色下划线：等待 sleep 60 执行完毕后，再执行一个 date 输出当前日期时间。两个 date 之间时间相隔 60 秒。

黄色下划线：待整条 date sleep 60 date 命令都执行完毕后，再执行刚才延时 60 秒时输入的 ls /tmp/ 命令，输出结果。

蓝色下划线：[root@localhost ~]# 用户标识符出现才算前台命令执行完毕，可以继续正常 *** 作。

2、后台执行命令：

&：命令后面使用 &符号，可以让命令在后台执行。

jobs：可以查看正在后台运行的作业。

jobs选项：-l —— 除了列出作业号外，同时列出 PID。

                 -r —— 列出仅仅在后台运行的作业。

                 -s —— 列出仅仅再后台暂停的作业。

1）、后台运行的命令进程不会影响到前台命令进程。

红色下划线：sleep 30 &—— 把 sleep  30 丢到后台运行。

黄色下划线：通过 jobs 命令跟踪进程情况。（Runing —— 正在运行，Done —— 完成）

绿色下划线：sleep 后台运行期间进行了 ls 和 tail 命令的查询输出，正常运作。

蓝色下划线：jobs 没有输出，代表 sleep 已经完结，没有后台进程。

2）、挂起 和 中断后台运行的命令。

Ctrl+c：中断后台进程。Ctrl+z：挂起后台进程。

jobs 命令可以查看到挂起的命令，不可以查看中断的命令。

3）、jobs选项：-l —— 除了列出作业号外，同时列出 PID。

红色下划线：sleep 100 &，后台运行延时100秒的程序。

黄色下划线：jobs -l 列出所有后台进程（-l —— 含作业号、PID、运行状态 和 执行的命令。）  

运行状态有 Running 、Stopped 和 Done，后台正在运行会显示 Running，当运行完毕后用 jobs 查看会显示 Done，并且命令后面的 &符号也会消失。Done只出现一次，下次再用 jobs 查看后台程序就没有了系统曾提示过 Done 的命令。挂起正在运行的命令，后台会显示 Stopped 暂停状态。

 -r —— 列出仅仅在后台运行的作业。

-s —— 列出仅仅再后台暂停的作业。

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