samtools

samtools

samtools 用法

samtools <command> [options]

command 见以下列表， 每个 command 的 options 也不同

dict

faidx

index

calmd

fixmate

reheader

rmdup

targetcut

addreplacerg

collate

cat

merge

mpileup  #

sort

split

quickcheck

fastq

fasta

bedcov

depth

flagstat

idxstats

phase

stats

flags

tview

view

depad