MYISAM 表的索引存储方式最大的缺点没有按照物理数据行顺序存储，这样无论对主键的检索还是对二级索引的检索都需要进行二次排序。
INNODB 表本身是索引组织表，也就是说索引就是数据。下图表T1的数据行以聚簇索引的方式展示，非叶子节点保存了主键的值，叶子节点保存了主键的值以及对应的数据行，并且每个页有分别指向前后两页的指针。
INNODB 表不同于 MYISAM，INNODB 表有自己的数据页管理，默认 16KB。MYISAM 表数据的管理依赖文件系统，比如文件系统一般默认 4KB，MYISAM 的块大小也是 4KB，MYISAM 表的没有自己的一套崩溃恢复机制，全部依赖于文件系统。
INNODB 表这样设计的优点有两个：
1. 数据按照主键顺序存储。主键的顺序也就是记录行的物理顺序，相比指向数据行指针的存放方式，避免了再次排序。
2. 两个叶子节点分别含有指向前后两个节点的指针，这样在插入新行或者进行页分裂时，只需要移动对应的指针即可。
但是也有缺点：
1. 二级索引由于同时保存了主键值，体积会变大。特别是主键设计不合理的时候，比如用 UUID 做主键。
2. 对二级索引的检索需要检索两次索引树。第一次通过检索二级索引叶子节点，找到过滤行对应的主键值；第二次通过这个主键的值去聚簇索引中查找对应的行。
MySQL数据库有多种存储引擎：比如：MyISAM、InnoDB、MERGE、MEMORY(HEAP)、BDB(BerkeleyDB)、EXAMPLE、FEDERATED、ARCHIVE、CSV、BLACKHOLE等等，最常见的也就是MyISAM和InnoDB了，下面主要讲解下MyISAM和InnoDB两种mysql数据库存储引擎的区别。MyISAM引擎是一种非事务性的引擎，提供高速存储和检索，以及全文搜索能力，适合数据仓库等查询频繁的应用。MyISAM中，一个table实际保存为三个文件，.frm存储表定义，.MYD存储数据,.MYI存储索引。MyISAM在所有MySQL配置里被支持，它是默认的存储引擎，除非你配置MySQL默认使用另外一个引擎。
MySQL服务器中的其他非事务性存储引擎（如MyISAM）遵从不同的数据完整性范例，称之为“原子 *** 作”。按照事务术语，MyISAM表总能高效地工作在AUTOCOMMIT=1模式下。原子 *** 作通常能提供可比较的完整性以及更好的性能。与经过优化调整的最快的事务性表相比，它的速度快3～5倍。由于MySQL服务器支持两种范例，因而你能决定是否利用原子 *** 作的速度更好地服务于你的应用程序，或使用事务特性。该选择可按表进行。
InnoDB则是一种支持事务的引擎。给MySQL提供了具有提交，回滚和崩溃恢复能力的事务安全（ACID兼容）存储引擎。所以的数据存储在一个或者多个数据文件中，支持类似于Oracle的锁机制。一般在OLTP应用中使用较广泛。如果没有指定InnoDB配置选项，MySQL将在MySQL数据目录下创建一个名为ibdata1的自动扩展数据文件，以及两个名为ib_logfile0和ib_logfile1的日志文件。
InnoDB锁定在行级并且也在SELECT语句提供一个Oracle风格一致的非锁定读。这些特色增加了多用户部署和性能。没有在InnoDB中扩大锁定的需要，因为在InnoDB中行级锁定适合非常小的空间。InnoDB也支持FOREIGN KEY强制。在SQL查询中，你可以自由地将InnoDB类型的表与其它MySQL的表的类型混合起来，甚至在同一个查询中也可以混合。
InnoDB是为处理巨大数据量时的最大性能设计。它的CPU效率可能是任何其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能匹敌的。InnoDB存储引擎被完全与MySQL服务器整合，InnoDB存储引擎为在主内存中缓存数据和索引而维持它自己的缓冲池。
InnoDB存储它的表＆索引在一个表空间中，表空间可以包含数个文件。InnoDB表可以是任何尺寸，即使在文件尺寸被限制为2GB的 *** 作系统上。InnoDB也默认被包括在所有MySQL 5.1二进制分发版里。
简单的说：SQL是一种经典的关系型数据库引擎，作为搭建、开发与管理后台数据库的，很流行，用途也很广，有专用的SQL命令语句、语法。MySql可以说是SQL的简化版（也可以称为轻量级版），支持大部分SQL的语句和语法。两者在功能和处理数量（记录量）级别上有一些区别。
另外，SQL系充是收费的（正版），而MySql是开源的、免费的，拿来简单设置一下就可以用。别看Mysql是轻量级的SQL，但它的处理级别也是千万级甚至上亿级了，应付一般的单位与企业足够了。
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