gromacs怎么做蛋白质之间的分子动力学

gromacs能模拟蛋白质和蛋白质相互作用
蛋白质相互作用的预测方法很非常多，以下作了简单的介绍
1) 系统发生谱
这个方法基于如下假定：功能相关的(functionally related)基因，在一组完全测序的基因组中预期同时存在或不存在，这种存在或不存在的模式(pattern)被称作系统发育谱；如果两个基因，它们的序列没有同源性，但它们的系统发育谱一致或相似．可以推断它们在功能上是相关的。
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2) 基因邻接
这个方法的依据是，在细菌基因组中，功能相关的基因紧密连锁地存在于一个特定区域，构成一个 *** 纵子，这种基因之间的邻接关系，在物种演化过程种具有保守性，可以作为基因产物之间功能关系的指示。这个方法似乎只能适用于进化早期的结构简单的微生物。所以在人的蛋白质相互作用预测时不采用这个方法。
3) 基因融合事件
这个方法基于如下假定：由于在物种演化过程中发生了基因融合事件，一个物种的两个(或多个)相互作用的蛋白，在另一个物种中融合成为一条多肽链， 因而基因融合事件可以作为蛋白质功能相关或相互作用的指示。
4) 镜像树
这个方法的思想是，功能相关的蛋白质或同一个蛋白的域之间，受功能约束，其进化过程应该保持一致， 即呈现共进化(CO—evolution)特征，通过构建和比较它们的系统发育树，如果发现树的拓扑结构显示相似性，这种相似的树被称作镜像树，那么，可以推测建树基因的功能是相关的。
5) 突变关联
物理上相互接触的蛋白质， 比如处在同一个结构复合物中的蛋白质，其中一个蛋白质在进化过程中累计的残基变化，通过在另一个蛋白质中发生相应的变化予以补偿，这种现象被称作关联突变。

蛋白质的功能和结构主要体现在蛋白质的分子组成特征。首先蛋白质是由n多氨基酸组成的，常见的氨基酸总共有20种，氨基酸上有不同的残基，残基就是氨基酸里除去一个氨基，一个羧基和一个氢原子外和中心碳原子相连的第四个基团。残基有氨基，巯基，羟基等等。在蛋白质的某个区域，一些残基凑到一起便起到了局部的极性，酸碱性等的不同，产生特定的生化功能，这种具有特定功能的区域就是蛋白质的结构域。不同的蛋白质有不同的结构组成，不同的结构使得蛋白质的功能有所不同。对于蛋白质来说，不存在新型与否，只存在天然存在和人工合成或改造，已发现与未发现，已测定结构与未测定结构。蛋白质的功能有很多，比如最近比较热得绿色荧光蛋白，藻红蛋白等具有荧光特性，可以进行荧光标记；酶可以对很多生化反应起到催化作用；一些抗体可以对对应的抗原起到特异性识别作用；还有一些蛋白对基因表达起到调控作用。任何生命活动都离不开蛋白质的作用。这里所提到的仅仅是蛋白质功能与作用的一小部分。希望提问者喜欢这个答案。

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