同一台计算机在不同的系统中跑分子动力学模拟速度差别很大吗

是。分子动力学模拟两个可以运行MD模拟的程序在sanderMPI计算速度稍慢，可以处理温度变化，约束，优化后的PMEMDMPI计算速度稍快。分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation）通常是通过计算机进行的科学计算，因此其计算性能与计算机硬件的处理器（CPU）有关。无论是AMD还是Intel处理器都可以用于分子动力学模拟，但在实际应用中，目前主流的处理器厂商是Intel，其推出的多核心处理器在科学计算方面具有出色的表现和稳定性。此外，为了提升分子动力学模拟的性能，还可以使用其他硬件加速技术，比如GPU加速或FPGA加速等。

aterials-Studio软件简介
Materials-Studio软件简介
Materials Studio
Materials Studio是Accelrys专为材料科学领域开发的可运行于PC机上的新一代材料计算软件，可帮助研究人员解决当今化学及材料工业中的许多重要问题。Materials Studio软件采用Client/Server结构，客户端可以是Windows 98、2000或NT系统，计算服务器可以是本机的Windows 2000或NT，也可以是网络上的Windows 2000、Windows NT、Linux或UNIX系统。使得任何的材料研究人员可以轻易获得与世界一流研究机构相一致的材料模拟能力。
由分子模拟软件界的领先者--美国ACCELRYS公司在2000年初推出的新一代的模拟软件Materials Studio,将高质量的材料模拟带入了个人电脑（PC）的时代。
Materials Studio是ACCELRYS 公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在PC上的模拟软件。他可以帮助你解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题。支持Windows98、NT、Unix以及Linux等多种 *** 作平台的Materials Studio使化学及材料科学的研究者们能更方便的建立三维分子模型，深入的分析有机、无机晶体、无定形材料以及聚合物。
任何一个研究者，无论他是否是计算机方面的专家，都能充分享用该软件所使用的高新技术，他所生成的高质量的能使你的讲演和报告更引人入胜。同时他还能处理各种不同来源的图形、文本以及数据表格。
多种先进算法的综合运用使Material Studio成为一个强有力的模拟工具。无论是性质预测、聚合物建模还是X射线衍射模拟，我们都可以通过一些简单易学的 *** 作来得到切实可靠的数据。灵活方便的Client-Server结构还是的计算机可以在网络中任何一台装有NT、Linux或Unix *** 作系统的计算机上进行，从而最大限度的运用了网络资源。
ACCELRYS的软件使任何的研究者都能达到和世界一流工业研究部门相一致的材料模拟的能力。模拟的内容囊括了催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域的主要课题。
Materials Studio采用了大家非常熟悉Microsoft标准用户界面，它允许你通过各种控制面板直接对计算参数和计算结构进行设置和分析。
模块简介：
基本环境
MSMaterials Visualizer
分子力学与分子动力学
MSDISCOVER
MSCOMPASS
MSAmorphous Cell
MSForcite
MSForcite Plus
MSGULP
MSEquilibria
MSSorption
晶体、结晶与X射线衍射
MSPolymorph Predictor
MSMorphology
MSX-Cell
MSReflex
MSReflex Plus
MSReflex QPA
量子力学
MSDmol3
MSCASTEP
MSNMR CASTEP
MSVAMP
高分子与介观模拟
MSSynthia
MSBlends
MSDPD
MSMesoDyn
MSMesoPro
定量结构-性质关系
MSQSAR
MSQSAR Plus
MSDmol3 Descriptor

---