哪位大神会用mac做本地blast

Blast本地化详细攻略（基于Windows系统）by Fredy 二0一0-一二-一陆 一漆:四0 | (分类:默认分 类) 最近终于把Blast本地化弄明白了，参照中国上的攻略稍微整理了一下，希望能给学生物的朋友带来一些方便，毕竟好的生物信息学分析是成功的一半嘛~~ 一 从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址： ftp://ftpncbinlmnihgov/blast/executables/release/二二9/blast-二二9-ia三二-win三二exe 安装得到的Blast本地化软件安装包，安装路径例如"C:\Blast\bin\"。 二 从相关生物信息学中国站上下载数据库，如NCBI的nt库，DFCI的相关EST数据库或者是用户自己建立的fasta格式的核酸序列文件等，将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“C:\Blast\bin” 三 用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbiini文件，文件包含下面内容： [NCBI]Data="C:\blast\data\" 将ncbiini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。 四 将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的 *** 作带来方便），方法： a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量 b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化程序所在路径，如“C:\Blast\bin”，点击确定，将安装路径添加到path。 5 测试，打开dos窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输入"cmd”，确定），键入"blastall”，回车，如果安装正确，将显示blastall的所有参数说明。如果之前没有进行步骤四，则访问Blast本地化程序所在文件夹后输入"blastall"进行测试。 访问文件夹时可能用到dos命令有盘符切换"X:"及路径切换"cd \blast\bin” 陆 下载得到的数据库为fasta格式，需要经过格式转化后才能进行blast，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入格式化数据库命令： formatdbexe -i ntfas -p F -o F 命令中ntfasta可换为其他预进行格式化的原始fasta数据库文件，稍等片刻，电脑完成数据库的格式化，会在在原数据库文件所在文件夹生成一系列文件，格式化过程无系统报错，Blast本地化体系即构建完成。 漆 Blast本地化：在Blast本地化程序所在文件夹创建testtxt文件，将需要Blast的序列以fasta格式存于该文件中，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入Blastn命令： blastall -p blastn -d ntfas -i testtxt -o outtxt wk_ad_begin({pid : 二一});wk_ad_after(二一, function(){$('ad-hidden')hide();}, function(){$('ad-hidden')show();}); 稍等片刻，Blast结果即存于系统自动生成的outtxt文件中。 此外就是建议将常用命令保存在一个txt文件中，需要时直接在dos里面用鼠标右键粘贴就ok了。在testtxt中以fasta格式存储多个序列可以一次得到比对多个序列的结果

RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别的软件，几乎用于所有物种。是做基因组、非编码RNA的必备软件。很多ncRNA与Repeat区有高度相关性。
安装在Ubuntu 1204上，时间为2013-4-7，所有相关软件和数据库全为最新版。
1 RMBlast序列搜索引擎
1 sudo apt-get install g++ #安装g++编译器
2 tar zxvf ncbi-rmblastn-2228-srctargz #解压
3 cd ncbi-rmblastn-2228-srctargz/c++/
4 /configure --with-mt --prefix=/usr/local/rmblast --without-debug
5 make #编译，需要半小时
6 sudo make install
2 TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列
>Blast本地化：在Blast本地化程序所在文件夹创建testtxt文件，将需要Blast的序列以fasta格式存于该文件中，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入Blastn命令：blastall -p blastn -d ntfas -i testtxt -o outtxt

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