我的本本是ThinkPad的R400-A34，ATI 3400的显卡，安装极品13后出现phy...dll这种错误，请各位大虾指教！

phydll

这个是PhysXdll吧。

极品13支持物理特效，这个是开启物理特效所需的文件。

目前只有NVIDIA的显卡才支持物理特效，程序集合在驱动里面了，ATI的显卡是不支持物理特效的。

模型文件，武器模型人物模型，地图中的物体模，一个模型对应4个文件，修改的话，用3dmax等等程序，说来话长，简单介绍

mdl 模型信息的总和，譬如文件名、路径、骨骼、动画及对应的vvd/phy/ani等文件

vmt 材质信息

vvd 顶点信息

phy 物理信息

ani 动画信息

存放二进制可执行文件(ls,cat,mkdir等)，常用命令一般都在这里。

/etc

存放系统管理和配置文件

/home

存放所有用户文件的根目录，是用户主目录的基点，比如用户user的主目录就是/home/user，可以用~user表示

/usr

用于存放系统应用程序，比较重要的目录/usr/local 本地系统管理员软件安装目录（安装系统级的应用）。这是最庞大的目录，要用到的应用程序和文件几乎都在这个目录。

/usr/x11r6 存放x window的目录

/usr/bin 众多的应用程序

/usr/sbin 超级用户的一些管理程序

/usr/doc linux文档

/usr/include linux下开发和编译应用程序所需要的头文件

/usr/lib 常用的动态链接库和软件包的配置文件

/usr/man 帮助文档

/usr/src 源代码，linux内核的源代码就放在/usr/src/linux里

/usr/local/bin 本地增加的命令

/usr/local/lib 本地增加的库

/opt

额外安装的可选应用程序包所放置的位置。一般情况下，我们可以把tomcat等都安装到这里。

/proc

虚拟文件系统目录，是系统内存的映射。可直接访问这个目录来获取系统信息。

/root

超级用户（系统管理员）的主目录（特权阶级o）

/sbin

存放二进制可执行文件，只有root才能访问。这里存放的是系统管理员使用的系统级别的管理命令和程序。如ifconfig等。

/dev

用于存放设备文件。

/mnt

系统管理员安装临时文件系统的安装点，系统提供这个目录是让用户临时挂载其他的文件系统。

/boot

存放用于系统引导时使用的各种文件

/lib

存放跟文件系统中的程序运行所需要的共享库及内核模块。共享库又叫动态链接共享库，作用类似windows里的dll文件，存放了根文件系统程序运行所需的共享文件。

/tmp

用于存放各种临时文件，是公用的临时文件存储点。

/var

用于存放运行时需要改变数据的文件，也是某些大文件的溢出区，比方说各种服务的日志文件（系统启动日志等。）等。

/lost+found

这个目录平时是空的，系统非正常关机而留下“无家可归”的文件（windows下叫什么chk）就在这里

Linux目录和Windows目录有着很大的不同，Linux目录类似一个树，最顶层是其根目录，如下图：

/bin 二进制可执行命令

/dev 设备特殊文件

/etc 系统管理和配置文件

/etc/rcd 启动的配置文件和脚本

/home 用户主目录的基点，比如用户user的主目录就是/home/user，可以用~user表示

/lib 标准程序设计库，又叫动态链接共享库，作用类似windows里的dll文件

/sbin 超级管理命令，这里存放的是系统管理员使用的管理程序

/tmp 公共的临时文件存储点

/root 系统管理员的主目录

/mnt 系统提供这个目录是让用户临时挂载其他的文件系统

/lost+found这个目录平时是空的，系统非正常关机而留下“无家可归”的文件（windows下叫什么chk）就在这里

/proc 虚拟的目录，是系统内存的映射。可直接访问这个目录来获取系统信息。

/var 某些大文件的溢出区，比方说各种服务的日志文件

/usr 最庞大的目录，要用到的应用程序和文件几乎都在这个目录，其中包含：

/usr/x11R6 存放x window的目录

/usr/bin 众多的应用程序

/usr/sbin 超级用户的一些管理程序

/usr/doc linux文档

/usr/include linux下开发和编译应用程序所需要的头文件

/usr/lib 常用的动态链接库和软件包的配置文件

/usr/man 帮助文档

/usr/src 源代码，linux内核的源代码就放在/usr/src/linux里

/usr/local/bin 本地增加的命令

/usr/local/lib 本地增加的库根文件系统

通常情况下，根文件系统所占空间一般应该比较小，因为其中的绝大部分文件都不需要经常改动，而且包括严格的文件和一个小的不经常改变的文件系统不容易损坏。

除了可能的一个叫/ vmlinuz标准的系统引导映像之外，根目录一般不含任何文件。所有其他文件在根文件系统的子目录中。

/bin目录

/ b i n目录包含了引导启动所需的命令或普通用户可能用的命令(可能在引导启动后)。这些命令都是二进制文件的可执行程序( b i n是b i n a r y - -二进制的简称)，多是系统中重要的系统文件。

/sbin目录

/ s b i n目录类似/bin ，也用于存储二进制文件。因为其中的大部分文件多是系统管理员使用的基本的系统程序，所以虽然普通用户必要且允许时可以使用，但一般不给普通用户使用。

/etc目录

/ e t c目录存放着各种系统配置文件，其中包括了用户信息文件/ e t c / p a s s w d，系统初始化文件/ e t c / r c等。l i n u x正是这些文件才得以正常地运行。

/root目录

/root 目录是超级用户的目录。

/lib目录

/ l i b目录是根文件系统上的程序所需的共享库，存放了根文件系统程序运行所需的共享文件。这些文件包含了可被许多程序共享的代码，以避免每个程序都包含有相同的子程序的副本，故可以使得可执行文件变得更小，节省空间。

/lib/modules 目录

/lib/modules 目录包含系统核心可加载各种模块，尤其是那些在恢复损坏的系统时重新引导系统所需的模块(例如网络和文件系统驱动)。

/dev目录

/ d e v目录存放了设备文件，即设备驱动程序，用户通过这些文件访问外部设备。比如，用户可以通过访问/ d e v / m o u s e来访问鼠标的输入，就像访问其他文件一样。

/tmp目录

/tmp 目录存放程序在运行时产生的信息和数据。但在引导启动后，运行的程序最好使用/ v a r / t m p来代替/tmp ，因为前者可能拥有一个更大的磁盘空间。

/boot目录

/ b o o t目录存放引导加载器(bootstrap loader)使用的文件，如l i lo，核心映像也经常放在这里，而不是放在根目录中。但是如果有许多核心映像，这个目录就可能变得很大，这时使用单独的文件系统会更好一些。还有一点要注意的是，要确保核心映像必须在i d e硬盘的前1 0 2 4柱面内。

/mnt目录

/ m n t目录是系统管理员临时安装( m o u n t )文件系统的安装点。程序并不自动支持安装到/mnt 。/mnt 下面可以分为许多子目录，例如/mnt/dosa 可能是使用m s d o s文件系统的软驱，而/mnt/exta 可能是使用e x t 2文件系统的软驱，/mnt/cdrom 光驱等等。

/proc, /usr,/var,/home目录

其他文件系统的安装点。

下面详细介绍；

/etc文件系统

/etc 目录包含各种系统配置文件，下面说明其中的一些。其他的你应该知道它们属于哪个程序，并阅读该程序的m a n页。许多网络配置文件也在/etc 中。

/etc/rc或/etc/rcd或/etc/rcd

启动、或改变运行级时运行的脚本或脚本的目录。

/etc/passwd

用户数据库，其中的域给出了用户名、真实姓名、用户起始目录、加密口令和用户的其

他信息。

/etc/fdprm

软盘参数表，用以说明不同的软盘格式。可用setfdprm 进行设置。更多的信息见s e t f d p r m

的帮助页。

/etc/fstab

指定启动时需要自动安装的文件系统列表。也包括用swapon -a启用的s w a p区的信息。

/etc/group

类似/etc/passwd ，但说明的不是用户信息而是组的信息。包括组的各种数据。

/etc/inittab

init 的配置文件。

/etc/issue

包括用户在登录提示符前的输出信息。通常包括系统的一段短说明或欢迎信息。具体内容由系统管理员确定。

/etc/magic

“f i l e”的配置文件。包含不同文件格式的说明，“f i l e”基于它猜测文件类型。

/etc/motd

m o t d是message of the day的缩写，用户成功登录后自动输出。内容由系统管理员确定。常用于通告信息，如计划关机时间的警告等。

/etc/mtab

当前安装的文件系统列表。由脚本( s c r i t p )初始化，并由mount 命令自动更新。当需要一个当前安装的文件系统的列表时使用(例如df 命令)。

/etc/shadow

在安装了影子( s h a d o w )口令软件的系统上的影子口令文件。影子口令文件将/ e t c / p a s s wd文件中的加密口令移动到/ e t c / s h a d o w中，而后者只对超级用户( r o o t)可读。这使破译口令更困难，以此增加系统的安全性。

/etc/logindefs

l o g i n命令的配置文件。

/etc/printcap

类似/etc/termcap ，但针对打印机。语法不同。

/etc/profile 、/ e t c / c s h l o g i n、/etc/cshcshrc

登录或启动时b o u r n e或c shells执行的文件。这允许系统管理员为所有用户建立全局缺省环境。

/etc/securetty

确认安全终端，即哪个终端允许超级用户( r o o t )登录。一般只列出虚拟控制台，这样就不可能(至少很困难)通过调制解调器( m o d e m )或网络闯入系统并得到超级用户特权。

/etc/shells

列出可以使用的s h e l l。chsh 命令允许用户在本文件指定范围内改变登录的s h e l l。提供一台机器f t p服务的服务进程ftpd 检查用户s h e l l是否列在/etc/shells 文件中，如果不是，将不允许该用户登录。

/etc/termcap

终端性能数据库。说明不同的终端用什么“转义序列”控制。写程序时不直接输出转义序列(这样只能工作于特定品牌的终端)，而是从/etc/termcap 中查找要做的工作的正确序列。

这样，多数的程序可以在多数终端上运行。

/dev文件系统

/dev 目录包括所有设备的设备文件。设备文件用特定的约定命名，这在设备列表中说明。

设备文件在安装时由系统产生，以后可以用/dev/makedev 描述。/ d e v / m a k e d e vlocal是

系统管理员为本地设备文件(或连接)写的描述文稿(即如一些非标准设备驱动不是标准

makedev 的一部分)。下面简要介绍/ d e v下一些常用文件。

/dev/console

系统控制台，也就是直接和系统连接的监视器。

/dev/hd

i d e硬盘驱动程序接口。如： / d e v / h d a指的是第一个硬盘， h a d 1则是指/ d e v / h da的第一个

分区。如系统中有其他的硬盘，则依次为/ d e v / h d b、/ d e v / h d c、 …；如有多个分区则依次为

h d a 1、h d a 2

/dev/sd

s c s i磁盘驱动程序接口。如有系统有s c s i硬盘，就不会访问/ d e v / h a d，而会访问/ d e v / sd a。

/dev/fd

软驱设备驱动程序。如： / d e v / f d 0指系统的第一个软盘，也就是通常所说的a：盘，

/ d e v / f d 1指第二个软盘， 而/ d e v / f d 1 h 1 4 40则表示访问驱动器1中的4 5高密盘。

/dev/st

s c s i磁带驱动器驱动程序。

/dev/tty

提供虚拟控制台支持。如： / d e v / t t y 1指的是系统的第一个虚拟控制台， / d e v / t t y2则是系统

的第二个虚拟控制台。

/dev/pty

提供远程登陆伪终端支持。在进行te l n e t登录时就要用到/ d e v / p t y设备。

/dev/ttys

计算机串行接口，对于d o s来说就是“ c o m 1”口。

/dev/cua

计算机串行接口，与调制解调器一起使用的设备。

/dev/null

“黑洞”，所有写入该设备的信息都将消失。例如：当想要将屏幕上的输出信息隐藏起来时，只要将输出信息输入到/ d e v / n u l l中即可。

/usr文件系统

/usr 是个很重要的目录，通常这一文件系统很大，因为所有程序安装在这里。/usr 里的

所有文件一般来自l i n u x发行版( d i s t r i b u t i o n)；本地安装的程序和其他东西在/usr/local 下，因为这样可以在升级新版系统或新发行版时无须重新安装全部程序。/usr目录下的许多内容是可选的，但这些功能会使用户使用系统更加有效。/ u s r可容纳许多大型的软件包和它们的配置文件。下面列出一些重要的目录(一些不太重要的目录被省略了)。

/usr/x11r6

包含x wi n d o w系统的所有可执行程序、配置文件和支持文件。为简化x的开发和安装，x的文件没有集成到系统中。x wi n d o w系统是一个功能强大的图形环境，提供了大量的图形工具程序。用户如果对microsoft wi n d o w s或m a c h i n t o s h比较熟悉的话，就不会对x win d o w系统感到束手无策了。

/usr/x386

类似/ u s r / x 11r6 ，但是是专门给x 11 release 5的。

/usr/bin

集中了几乎所有用户命令，是系统的软件库。另有些命令在/bin 或/usr/local/bin 中。

/usr/sbin

包括了根文件系统不必要的系统管理命令，例如多数服务程序。

/usr/man、/ u s r / i n f o、/ u s r / d o c

这些目录包含所有手册页、g n u信息文档和各种其他文档文件。每个联机手册的“节”都有两个子目录。例如： / u s r / m a n / m a n 1中包含联机手册第一节的源码(没有格式化的原始文件)，/ u s r / m a n / c a t 1包含第一节已格式化的内容。l联机手册分为以下九节：内部命令、系统调用、库函数、设备、文件格式、游戏、宏软件包、系统管理和核心程序。

/usr/include

包含了c语言的头文件，这些文件多以 h结尾，用来描述c语言程序中用到的数据结构、子过程和常量。为了保持一致性，这实际上应该放在/usr/lib 下，但习惯上一直沿用了这个名字。

/usr/lib

包含了程序或子系统的不变的数据文件，包括一些s i t e - w i d e配置文件。名字l i b来源于库(library); 编程的原始库也存在/usr/lib 里。当编译程序时，程序便会和其中的库进行连接。也有许多程序把配置文件存入其中。

/usr/local

本地安装的软件和其他文件放在这里。这与/ u s r很相似。用户可能会在这发现一些比较大的软件包，如t e x、e m a c s等。

/var文件系统

/var 包含系统一般运行时要改变的数据。通常这些数据所在的目录的大小是要经常变化或扩充的。原来/ v a r目录中有些内容是在/ u s r中的，但为了保持/ u s r目录的相对稳定，就把那些需要经常改变的目录放到/ v a r中了。每个系统是特定的，即不通过网络与其他计算机共享。下面列出一些重要的目录(一些不太重要的目录省略了)。

/var/catman

包括了格式化过的帮助( m a n )页。帮助页的源文件一般存在/ u s r / m a n / m a n中；有些m an页可能有预格式化的版本，存在/ u s r / m a n / c a t中。而其他的m a n页在第一次看时都需要格式化，格式化完的版本存在/var/man 中，这样其他人再看相同的页时就无须等待格式化了。(/var/catman 经常被清除，就像清除临时目录一样。)

/var/lib

存放系统正常运行时要改变的文件。

/var/local

存放/usr/local 中安装的程序的可变数据(即系统管理员安装的程序)。注意，如果必要，即使本地安装的程序也会使用其他/var 目录，例如/var/lock 。

/var/lock

锁定文件。许多程序遵循在/var/lock 中产生一个锁定文件的约定，以用来支持他们正在使用某个特定的设备或文件。其他程序注意到这个锁定文件时，就不会再使用这个设备或文件。

/var/log

各种程序的日志( l o g )文件，尤其是login (/var/log/wtmp log纪录所有到系统的登录和注销) 和syslog (/var/log/messages 纪录存储所有核心和系统程序信息)。/var/log里的文件经常不确定地增长，应该定期清除。

/var/run

保存在下一次系统引导前有效的关于系统的信息文件。例如， /var/run/utmp 包含当前登录的用户的信息。

/var/spool

放置“假脱机( s p o o l )”程序的目录，如m a i l、n e w s、打印队列和其他队列工作的目录。每个不同的s p o o l在/var/spool 下有自己的子目录，例如，用户的邮箱就存放在/var/spool/mail中。

/var/tmp

比/tmp 允许更大的或需要存在较长时间的临时文件。注意系统管理员可能不允许/var/tmp 有很旧的文件。

/proc文件系统

/proc 文件系统是一个伪的文件系统，就是说它是一个实际上不存在的目录，因而这是一

个非常特殊的目录。它并不存在于某个磁盘上，而是由核心在内存中产生。这个目录用于提

供关于系统的信息。下面说明一些最重要的文件和目录(/proc 文件系统在proc man页中有更详

细的说明)。

/proc/x

关于进程x的信息目录，这一x是这一进程的标识号。每个进程在/proc 下有一个名为自

己进程号的目录。

/proc/cpuinfo

存放处理器( c p u )的信息，如c p u的类型、制造商、型号和性能等。

/proc/devices

当前运行的核心配置的设备驱动的列表。

/proc/dma

显示当前使用的d m a通道。

/proc/filesystems

核心配置的文件系统信息。

/proc/interrupts

显示被占用的中断信息和占用者的信息，以及被占用的数量。

/proc/ioports

当前使用的i / o端口。

/proc/kcore

系统物理内存映像。与物理内存大小完全一样，然而实际上没有占用这么多内存；它仅仅是在程序访问它时才被创建。(注意：除非你把它拷贝到什么地方，否则/proc 下没有任何东西占用任何磁盘空间。)

/proc/kmsg

核心输出的消息。也会被送到s y s l o g。

/proc/ksyms

核心符号表。

/proc/loadavg

系统“平均负载”； 3个没有意义的指示器指出系统当前的工作量。

/proc/meminfo

各种存储器使用信息，包括物理内存和交换分区( s w a p )。

/proc/modules

存放当前加载了哪些核心模块信息。

/proc/net

网络协议状态信息。

/proc/self

存放到查看/proc 的程序的进程目录的符号连接。当2个进程查看/proc 时，这将会是不同的连接。这主要便于程序得到它自己的进程目录。

/proc/stat

系统的不同状态，例如，系统启动后页面发生错误的次数。

/proc/uptime

系统启动的时间长度。

/proc/version

核心版本

序列比对建议用ClustalX

建NJ或MP树，用MEGA就可以了，非常方便

若要建ML树推荐用phyML

建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC

如果不是专业建树的话，MEGA足够用了，建议参考下面这篇文章：

一、引言

开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有 3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：

1．涉及基本概念

例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。

2．关于构建进化树的方法的选择

例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。

3．关于软件的选择

例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用ClustalX做出来的进化树与 phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。

4．蛋白家族的分类问题

例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。

5．新基因功能的推断

例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。

6．计算基因分化的年代

例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化中变异所需时间”，等等。

7．进化树的编辑

例如生成的进化树，如何进行后续的编辑，比如希望在上标注某些特定的内容，等等。

由于相关的帖子太多，作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时，作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念，作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一书，以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7，作者之一lylover一般使用Powerpoint进行编辑，而 Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。

这里，作者在这里对问题2-6进行简要地解释和讨论，并希望能够初步地解答初学者的一些疑问。

二、方法的选择

首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Maximum parsimony，最大简约法）、ML（Maximum likelihood，最大似然法）以及贝叶斯（Bayesian）推断等方法。其中UPGMA法已经较少使用。

一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。对近缘序列，有人喜欢MP，因为用的假设最少。MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。贝叶斯的方法则太慢。对于各种方法构建分子进化树的准确性，一篇综述（Hall BG Mol Biol Evol 2005, 22(3):792-802）认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。

对于NJ和ML，是需要选择模型的。对于各种模型之间的理论上的区别，这里不作深入的探讨，可以参看Nei的书。对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。以作者的经验来说，对于蛋白质的序列，一般选择Poisson Correction（泊松修正）这一模型。而对于核酸序列，一般选择Kimura 2-parameter（Kimura-2参数）模型。如果对各种模型的理解并不深入，作者并不推荐初学者使用其他复杂的模型。

Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。

对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，作者推荐使用缺省的参数。需要选择模型的时候（例如用NJ或者ML建树），对于蛋白序列使用Poisson Correction模型，对于核酸序列使用Kimura-2参数模型。另外需要做Bootstrap检验，当Bootstrap值过低时，所构建的进化树其拓扑结构可能存在问题。并且，一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，则结果较为可靠。

三、软件的选择

表1中列出了一些与构建分子进化树相关的软件。

构建NJ树，可以用PHYLIP（写得有点问题，例如比较慢，并且Bootstrap检验不方便）或者MEGA。MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。作者推荐MEGA软件为初学者的首选。虽然多雪列比对工具ClustalW/X自带了一个NJ的建树程序，但是该程序只有p- distance模型，而且构建的树不够准确，一般不用来构建进化树。

构建MP树，最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。因此，作者并不建议使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用来构建进化树。这里，作者推荐使用MEGA来构建MP树。理由是，MEGA是图形化的软件，使用方便，而PHYLIP则是命令行格式的软件，使用较为繁琐。对于近缘序列的进化树构建，MP方法几乎是最好的。

构建ML树可以使用PHYML，速度最快。或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。而PAML则并不适合构建进化树。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。这里作者推荐的工具是BioEdit。BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。Tree- puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不推荐使用。值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。

贝叶斯的算法以MrBayes为代表，不过速度较慢。一般的进化树分析中较少应用。由于该方法需要很多背景的知识，这里不作介绍。

通常出现这种设计的时候，都是用USB PHY来验证usb ip，以保证tape out时候的正确，如果是这样的话，是不需要你去写这个协议的，因为这个协议加phy就整个USB 20的IC方案了，要搞定这个usb20可不是件容易的事；通常是买USB20的ip来解决。之所以需要usb phy是因为它是模拟的，FPGA无法实现模拟验证。

至于这个USB3300实现哪些功能看它的spec是最清楚的，有一部分数字的，大部分是模拟的。

phy和hex都是计算机中常用的数据表示方式。phy通常指的是物理地址，即存储器中真实的地址。在计算机系统中，所有的内存都是以字节为基本单位进行编址的。每个字节都有一个唯一的物理地址，用于标识它在内存中的位置。而hex则是十六进制表示法。在计算机领域，16进制非常常用，它可以简单地转换为2进制或8进制，并且更容易阅读和识别。例如，16进制的F表示为1111，而16进制的10则表示为16进制中的10，相当于10进制中的十六。

在计算机系统中，phy和hex值的理解非常重要。这些值通常是用于内存分配、数据传输和计算机程序中的地址等方面。理解phy和hex值有助于开发人员更好地理解计算机系统，并更有效地完成编程任务。值得注意的是，为了正确地使用phy和hex值，请确保您理解计算机的体系结构和编程语言的语法。

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