nii格式转化为png格式或者img格式

nii格式转化为png格式或者img格式,第1张

import cv2
import numpy as np
import os #遍历文件夹
import nibabel as nib
import imageio #转换成图像

def nii_to_image(filepath,flag="image"):
    filenames = os.listdir(filepath)  #读取nii文件
    slice_trans = []

    for f in filenames:
        #开始读取nii文件
        img_path = os.path.join(filepath, f)
        img = nib.load(img_path)  #读取nii
        img_fdata = img.get_fdata()
        fname = f.replace('.nii', '') #去掉nii的后缀名
        img_f_path = os.path.join(newfilepath, fname)
        # 创建nii对应图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_path):
            os.mkdir(img_f_path)  #新建文件夹
        if(flag=="image"):
            img_fdata=(img_fdata-img_fdata.min())/(img_fdata.max()-img_fdata.min())*255
        #开始转换图像
        (x,y,z) = img.shape
        for i in range(z):   #是z的图象序列
            slice = img_fdata[:, :, i]  #选择哪个方向的切片自己决定
            print(os.path.join(img_f_path, '{}.png'.format(i)))
            cv2.imwrite(os.path.join(img_f_path, '{}.png'.format(i)), slice)

if __name__ == '__main__':
    oldfilepath = 'D:\FLARE2022\label'#nii文件所在的文件夹路径
    newfilepath = 'D:/test/label'#转化后的png文件存放的文件路径
    nii_to_image(oldfilepath,"label")

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原文地址: https://outofmemory.cn/langs/732899.html

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