kegg数据库可以查阅文献信息吗

kegg数据库可以查阅文献信息吗,第1张

可以。KEGG(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes,)是系统分析基因功能、基因组信息的数据库,它整合了基因组学、生物化学以及系统功能组学的信息,有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。KEGG提供的整合代谢途径查询十分出色,包括碳水化合物、核苷酸、氨基酸等代谢及有机物的生物降解,不仅提供了所有可能的代谢途径,还对催化各步反应的酶进行了全面的注解,包含其氨基酸序列、到PDB数据库的链接等。KEGG数据库是进行生物体内代谢分析、代谢网络分析等研究的强有力工具之一。其整合了基因组、化学和系统功能信息综合性的数据库,由18个子数据库组成。

CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia),是由Broad Institute 研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目,涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等,是研究肿瘤的利器。

二话不说,先上网址,赶紧注册使用吧。

网址: https://portals.broadinstitute.org/ccle/

首页很简洁,首先我们点击“About”,我们可以看到CCLE数据的基本信息,目前涵盖细胞系为1457,基因84434,特异性数据集136488,突变数据集1159663,分布信息集118661636,甲基化信息集411948577。点击“Open”,可以看到这1457个细胞系的占比。

点击空白处,可以SAVE图标,则可以加载如下页面,我们还可以通过该页面绘制表格。

点击柱形图中对应注释,则可以在饼图里取消该类,如我要取消NA,点击右侧NA的白色方框,则饼图中NA则去除了。

今天就对CCLE数据简单介绍下,接下来我们将会介绍如何利用CCLE绘制基因表达谱,咱们下次GO On。

百:全部;科:学科,科目;

百科,是指天文、地理、自然、人文、宗教、信仰等全部学科的科学知识的总称。

对于《永乐大典》这个名字,很多人既熟悉又陌生。它是中国古代体量最大的“类书”之一(类书,是一种大型的资料性书籍,辑录各门类或某一门类的资料,以便寻检、征引)。自魏文帝曹丕编撰《皇览》开始,历代不少统治者都会组织编写类书。明成祖朱棣登基后,想编纂一部前所未有的大型类书,以彰显大明王朝无与伦比的文化气魄。

1408年,这部囊括了14世纪以前中国历史地理、文学艺术、哲学宗教和各种百科文献的《永乐大典》横空出世。比《大英百科全书》的问世还早了300多年。

《永乐大典》

但这部旷世奇书的编修过程,却并非一帆风顺。

《永乐大典》背后的男人--解缙

明朝建国第二年(1369年),解家出生一男童。家中长辈取意为“做官者”的“缙”字为他命名。他们不会料到,解缙的官场生涯却是道阻且艰,历经三朝,起落浮沉,最终醉卧雪中殒命。

解缙画像

解缙的传奇人生与《永乐大典》密不可分。

洪武二十一年(1388年),解缙向朱元璋呈奏疏《大庖西封事》,其中提出了修大型类书作为朝纲执政精要的建议,这一想法当时却并未被采纳。

解缙石像

明成祖朱棣登基后,便任命当时人称“大明第一才子”的解缙编纂一部类书,并召集147人加入编纂队伍。全书于永乐二年(1404年)完成,朱棣赐名《文献大成》。

朱棣仔细翻检后,发现该书采摘不广、尚多未备。于是让解缙、姚广孝等人将编纂队伍扩大到2196人,在原书的基础上重修,还派人到民间大量购书。永乐六年(1408年),中国有史以来最浩大的文化工程终于竣工,朱棣用年号将这本巨著命名为《永乐大典》。

永乐大典

《永乐大典》卷帙浩繁、包罗万象。它还首创了“用韵以统字,用字以系事”的分类方法:韵以“洪武正韵”为主,按韵分列单字。每一单字下收录该字的音韵、训释和字体,再依次将有关人物事件、制度名物、山川河流、天文地理、诗词歌赋、号令文章等内容随字收录,方便查找。

全新的检索方式让文字变“立体”

虽然成书于600多年前,《永乐大典》运用的检索方式放在今天非但不过时,还被赋予了新的生命。

“中国古典数字工程”的灵感就来自《永乐大典》。学者们将一篇篇中国古典文献逐字逐句录入计算机,从而将其转化为可供研究者查阅的电子数据库。

工作人员正在录入古典文献

“中国古典数字工程”的主要特点之一,是各库中的数据可以相互勾连,在检索时能自由跳转,形成立体检索效果,使人们易查易检易利用。

小贴士:

中国古典数字工程采取了“以人名为中心的编目原则”,同时又辅以“地名”“日历”“作品”,形成四大专业库以支持基本数据库。此外,还开发了“五附加库”:工具库、图片库、地图库、类书收藏库、数据汇编库。其中,每个库又都有各自延伸的内容和范围。

网络的蓬勃发展

让人们得以览尽古今

文字正以前所未有的立体姿态

呈现在人们的眼前

探索·发现

《永乐大典背后的故事》


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