质谱在蛋白质组学中的优缺点

质谱在蛋白质组学中的优缺点有以下几个方面：

优点：

鉴定精度高： 质谱技术可以在高度灵敏和高分辨率下检测样品，确保检测结果的准确性。

适用广泛： 质谱技术不仅可用于分析单个蛋白质，还可用于高通量蛋白质分析，能够同时检测多种蛋白质，极大地提高了效率。

能够鉴定蛋白质修饰： 质谱可以检测到蛋白质的各种修饰，例如磷酸化、甲基化、乙酰化等，这些修饰对于蛋白质功能的影响很大。

缺点：

复杂性高： 质谱涉及到一系列 *** 作流程，包括样品预处理、分离、纯化等， *** 作过程极为繁琐，需要高度技术的支持和较长时间的准备。

成本高： 质谱设备价格昂贵，在维护和保养方面也需要大量的资金投入，因此要求有较高的经济支持。

数据处理复杂： 质谱数据通常为大规模、复杂的数据，需要使用专门的软件进行分析， *** 作难度较大。

你说的应该是MALDI吧？就是拥有能用于分析蛋白，多肽，核酸，多糖，多聚物等性能的质谱。你想啊，蛋白质，肽等都是大分子量的物质，分子量在几千，几万甚至更高。而普通的单四级杆质谱只能测到1000多的M/Z。一般测蛋白代谢的都是TOF质谱。

基于质谱的蛋白分析成本主要取决于两个方面：第一、质谱仪及其联用设备的类型，高分辨率高灵敏度质谱通常都大几百万甚至上千万人民币的；第二，数据处理方法，如果你用商业的数据分析软件比如mascot等；第三，样品处理方式，是简单鉴定还是相对定量或者绝对定量。ps：质谱技术很少能做氨基酸测序的（少部分如maldi tof tof的in-source decay技术貌似可以），质谱只是基于数据库比对的方式来鉴定蛋白质，edman降解才是测序的

蛋白质谱一般来讲是用来对某个蛋白质进行鉴定的方法

而蛋白质测序实际上就是检测蛋白质的多肽链数目，不一定要用到质谱技术

简单说，蛋白质测序的方法有很多，一般是在构建完成后，通过测序来对比之前的预测的序列是否正确。

而质谱检测一般是用在蛋白质表达纯化完成后，用来鉴定是否是最初设计的那个蛋白。

第一 质谱仪是测相对分子质量的 如果小分子多肽的为目的蛋白,那么相对分子质量应该=目的蛋白的相对分子质量吧

第二 还要检验蛋白质是否有效 应该要用抗原-抗体 杂交技术吧 单用质谱仪是弄不了的

之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想再进行整理了。因为笔记链接只有微信稿，担心后期会失效，所以这里只是简单地拷贝过来，以供复习之用。

1 蛋白质组学研究方法概述（上）

1 蛋白质组学研究方法概述（下）

2 蛋白质组学样品前处理（1）

2 蛋白质组学样品前处理（2）

2 蛋白质组学样品前处理（3）

2 蛋白质组学样品前处理（4）

3 蛋白质谱的原理及使用（1）

3 蛋白质谱的原理及使用（2）

3 蛋白质谱的原理及使用（3）

3 蛋白质谱的原理及使用（4）

4 蛋白质组学数据分析基础（1）

4 蛋白质组学数据分析基础（2）

4 蛋白质组学数据分析基础（3）

库鑫

博士，2007年毕业于华中科技大学同济医学院，获学士学位。同年9月被保送至中科院上海药物研究所并于2010年取得硕士学位。2010年10月至2014年6月在德国慕尼黑工业大学（Technische Universität München）生物分析与蛋白质组学研究所（Prof Bernhard Kuster）攻读博士学位，专业方向为基于串联质谱的蛋白质组学在肿瘤药物研究中的应用。库鑫在博士期间发展了基于定量质谱的化学蛋白组学方法用于近生理条件下激酶小分子药物脱靶效应的研究，相关结果发表于J Prot Res, J Prot等杂志上。现任职于上海交通大学系统生物医学研究院，研究方向：肿瘤相关生物标志物的发现和蛋白质糖基化修饰的研究。

刘晓慧

博士，高级工程师，复旦大学化学系/生物医学研究院 。 蛋白质组学与系统生物学实验室，2003年毕业于湖南师范大学 获理学学士学位，2006年毕业于湖南师范大学 获生物化学与分子生物学硕士学位，2014年毕业于复旦大学，获化学生物学博士学位。2006年至今，工作于复旦大学化学系，从事基于生物质谱的蛋白质和多肽定量方法的应用和开发，熟悉iTRAQ,MRM,MRM-HR,SWATH等相关技术，参与发表相关论文30余篇。

李溱

博士，副教授。中国农业大学生物学院，植物生理学与生物化学国家重点实验室，中国农业大学“985”功能基因组中心生物质谱实验室。李博士1999年毕业于北京师范大学，获得理学学士学位，2007年毕业于美国德克萨斯州Texas A&M大学，获得博士学位。2008年-2009年在University of Illinois at Urbana-Champaign从事博士后研究，2011年至今，就职于中国农业大学生物学院，负责生物质谱实验室日常运行，对外提供蛋白质组学和代谢组学技术服务，开展基于高分辨质谱技术的植物代谢组学和蛋白质组学研究工作。

廖日晶

博士，副研究员。20069-20117于中科院上海有机化学研究所硕博连读，研究方向为天然产物抗生素的生物合成机制，20118-20155于诺华（中国）生物医学研究所从事博士后研究，研究方向为运用生物质谱技术开发组蛋白后修饰的新型分析方法学。2015年6月至今任中科院上海临床研究中心副研究员，从事生物质谱技术在基础以及临床科研方面的运用和开发新型分析方法学的研究。在攻读博士与博士后期间，以第一作者身份在美国化学会志（JACS IF: 130）、分析化学（Analytical Chemistry IF: 59）、化学和生物学（Chemistry & Biology IF: 66)等重要刊物上发表多篇论文。

沈诚频

博士，2005年毕业于复旦大学化学系，获得理学学士学位；同年保送至复旦大学生物医学研究院攻读博士学位，师从复旦大学生物医学研究院常务副院长杨芃原教授，2011年获得理学博士学位，攻读博士学位期间，作为访问学者于2009年-2011年前往美国麻省理工大学生物工程系交流学习。主要开展的工作包括：人肝蛋白质组学，蛋白质组学信息学，糖蛋白质组学。于2011年作为应用科学家加盟康昱盛信息科技有限公司生物信息学部，并于2013年聘为公司高级应用科学家及生物信息学部主管，主要负责蛋白质组学及生物通路分析软件和方法的技术支持及方案咨询。

唐家澍

博士，2006年毕业于南京大学理科强化部，生物化学专业，获得学士学位。2013年毕业于中科院上海生化所，师从曾嵘研究员，主要从事蛋白质组学技术和应用研究。随后在中科院上海生科院系统生物学重点实验室进行了为期两年的博士后训练，主要从事系统生物学和基于分子生物学的功能研究。从2016年1月开始，在赛默飞世尔科技色谱质谱事业部担任应用工程师，主要擅长磷酸化蛋白质组学技术，定量蛋白质组学技术以及质谱数据的生物统计学和生物信息学分析。

吴泽明

赛默飞质谱代谢组学业务发展经理，2012年毕业于中科院大连化物所，同年加入Thermo,先后任Chemist、Application Scientist与北区技术负责人等职。近10年来一直从事和密切介入基于质谱技术的代谢组学、脂质组学相关研究，在PNAS、MOL BIOSYST等杂志发表论文多篇。现专注致力于质谱与各种分离技术在Metabolomics/Lipidomics及其在疾病、生物功能与食品组学等方向的应用方法开发、技术支持和科学项目合作。

张伟

博士，赛默飞转化医学业务发展经理，在Chem Comm, Anal Chem, J Proteome Res, Proteomics, JProteomics等知名杂志上发表论文14篇，其中第一作者10篇。2012年毕业于复旦大学生物医学研究院，获博士学位；2012年加入赛默飞公司，从事生物质谱与蛋白质组学领域的研究、技术开发、市场开拓工作。

周岳

毕业于中国科学院生物物理研究所，致力于蛋白质组学，生物制药的应用开发，技术支持和科学研究工作。在生物质谱蛋白定性分析，翻译后修饰以及蛋白定量方面有丰富的经验，参与完成多篇高水平文章的质谱工作。在赛默飞世尔科技担任质谱应用工程师期间，优化了QE系列产品，fusion系列产品在蛋白质组学应用中的质谱参数，并在Orbitrap用户中进行推广。建立了基于QE,Fusion的DIA数据采集以及数据分析流程，实现了7500个蛋白的DIA定量分析。

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