华大测序仪没有生成fq文件

格式的文件

中华大测序仪由于采用无模式测序技术，不会生成FQ格式的文件，而是生成了csfasta和qual文件。csfasta文件包含测序的序列信息，而qual文件则是用来记录每个碱基的质量值的。

Q20值是指的测序过程碱基识别（Base Calling）过程中，对所识别的碱基给出的错误概率。

如果质量值是Q20，则错误识别的概率是1%，即错误率1%，或者正确率是99%；

如果质量值是Q30，则错误识别的概率是0.1%，即错误率0.1%，或者正确率是99.9%；

如果质量值是Q40，则错误识别的概率是0.01%，即错误率0.01%，或者正确率是99.99%；

你发现规律没有，Q“N”0的质量值，就是正确率有N个9的百分比，这样就非常容易记忆了。

二代测序数据下机后一般为rawdata，这时候含有一些低质量测序数据和街头污染数据，我们要将低质量数据过滤掉获得cleandata用于后续分析；

Fastqc(用于测序数据质控)，

MultiQC（用于质控结果整合和解读）

Trimmomatic（用于测序数据修剪和过滤）

fastqc运行结果图：

运行结束后，每个fq.gz文件会产生两个文件，一个是zip压缩文件，一个是html文件，将所有样品的文件转移到新的文件夹中。

如，可以将所有的zip文件和html文件转移到名字为fastqc的文件夹中。

根据multiqc整合结果分析测序数据质量

从上图可以看出，前15个碱基含量分布异常，

因此我们要将前15个碱基修剪掉，同时过滤掉低质量数据（）

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