day33 非root安装conda

一、安装miniconda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A ，在这个网站里找链接。

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda-3.0.4-Linux-x86_64.sh

这个版本比较早14年的。

但是发现之前用所里的conda建立的环境打不开了。而且create都不行。。。完全不能用啊。

二、还是安装升级版的anaconda吧。

在 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 查找版本

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

安装到了/data/zds209/anaconda3这个文件夹下。

三、用自己的conda建立自己的虚拟环境

conda create -n R_4.0 python=3.8.3

注意的是一开始报了个错：

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

在.condarc 文件里如下调整：添加了一些源，把之前的缘给#注释掉。

四、升级conda

conda upgrade -n base -c defaults --override-channels conda

升级后为 conda4.13.0

五、用conda安装R

输入 conda install r-base=4.0 ，跑了十来分钟，突然跳出一个可怕提示，然后就没了。这是系统发现有个占内存太多的运行，给我灭了。。

折腾折腾这么多天conda，学习虚拟环境，都是为了在linux里面安装R。。。。。快崩溃了。我去求助信息中心大神同事去吧。。真挫败。

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

安装时记得选择加入 path，如果没有需要手动添加path，值是conda的安装路径

小黑板输入 conda info

如果不能通过 conda install 来安装，也可以使用 pip 直接安装，

但我觉得会更习惯用pip直接安装。pip在Anaconda中已安装好，不需要单独为每个环境安装pip。如需要用pip管理包，activate环境后直接使用即可。另外，官方文档提示也可以从Anaconda.org安装，

1. 该装anaconda还是miniconda？

anaconda可以认为是一个完整版本的conda，里面有很多已经装好的软件，miniconda是精简版，里面什么都没装，所有想用的软件都是现用现装，推荐装miniconda。

2. miniconda的安装

MacOS:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

Linux:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Win10 bash:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

一顿yes之后，就可以了。关闭terminal再重新打开，输入conda，应该会显示很多选项。

3. 激活bioconda:

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

上述命令只需运行一次即可，以后都不用再运行这些了。

4. 更新conda:

首先要deactivate conda:

source deactivate

然后更新conda:

conda update conda

5. 使用conda:

创建一个名为bioinfo的environment:

conda create -y --name bioinfo python=3.7

然后激活bioinfo:

source activate bioinfo

装一个软件合集（来自biostar handbook）:

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y

如果以后需要装这个软件合集里没有的软件，则只需：

conda install toolname

即可。

6. 更新biostar handbook提供的软件合集（推荐一年一次）：

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda upgrade

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