GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式,在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件,提取需要的信息进行注释。
GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件,现在我们所使用的大部分都是第三版(gff3)。
gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff的3个版本中信息都是相同的,只是名称不同:
gtf文件是以tab键分割的9列组成,以下为每一列的对应信息:
在GFF文件的开头,可以有#开头的注释行,示例如下
对于不同的基因组特征,其属性不同。
染色体是基础,后续的基因,exon等都是需要定位在染色体上的。
假基因示例如下
tRNA基因示例如下
miRNA基因示例如下
一个miRNA基因的最终会形成两个成熟的miRNA。
lncRNA基因示例如下
需要注意是,由于可变剪切的存在,一个蛋白编码基因可能会有多个转录本。
查看第9列有哪些注释信息:
gtf全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释,当前所广泛使用的gtf格式为第二版(gtf2)。以下均基于gtf2叙述。
gtf同gff3很相似,也是9列内容,其内容如下:
例子:
GFF 全称为general feature format,这种格式主要是用来 注释基因组 。
GTF 全称为gene transfer format,主要是用来对 基因 进行注释。
GTF 的第九列,通常为:
而 GFF 的第九列,通常为:
目前两种文件可以方便的 相互转化 :使用 gffread
UCSC GTF format
https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239
基因组注释文件GTF/GFF格式的介绍GFF 2 ->GTF ->GFF 3 The GTF (General Transfer Format) is identical to GFF version 2
GTF其实就是GFF版本2
其格式为(每个数字代表一列,总共9列)
1. seqname - (染色体名称) name of the chromosome or scaffoldchromosome names can be given with or without the 'chr' prefix.
2. source - (用什么软件产生的)name of the program that generated this feature, or the data source (database or project name)
3. feature - (是转录本/外显子/内含子 等)feature type name, e.g. Gene, Variation, Similarity
4. start -(起始点) Start position of the feature, with sequence numbering starting at 1.
5. end - (终止点)End position of the feature, with sequence numbering starting at 1.
6. score - A floating point value.
7. strand (正链还是负链)- defined as + (forward) or - (reverse).
8. frame - One of '0', '1' or '2'. '0' indicates that the first base of the feature is the first base of a codon, '1' that the second base is the first base of a codon, and so on..
9. attribute - (特性,比如编码的蛋白 等)A semicolon-separated list of tag-value pairs, providing additional information about each feature.
举例:
transcribed_pseudogene ------>gene ------>11869 ------>14409 ------>.------>+ ------>. ------>gene_id "ENSG00000223972"gene_name "DDX11L1"gene_source "havana"gene_biotype "transcribed_unprocessed_pseudogene"
参考:
https://www.biostars.org/p/99462/
http://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html
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