【HiC挂载】3D-DNA挂载

目前，用于Hi-C辅助基因组组装的软件有LACHESIS、SALSA2、3D-DNA、ALLHiC等，包括这2年发的hic_hiker等， 这些软件在基因组组装方面各有优劣。SALSA2和3D-DNA虽不需预先提供染色体数目即可进行互作分析，但在可 *** 作性和实用性上都有一定的局限性。LACHESIS作为分析Hi-C数据的经典工具，文章认可度较高，但其在多倍体基因组组装方面表现欠佳。前面也试过AllHiC来挂载多倍体，但是有些简单的物种挂载过程中好像有点不如意的区域，所以再尝试一下去其它工具的结果。

使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图，分别为组装，Juicer分析Hi-C数据，3D-DNA进行scaffolding，使用JBAT对组装结果进行手工纠正，最终得到准染色体水平的基因组。

=====安装=====

在安装之前，确保服务器上有了下面这些依赖软件工具

 LastZ（仅在杂合基因组的二倍体模式下使用）

 Java >= 17

 GNU Awk >= 402

 GNU coreutils sort > 811

 Python >= 27

 scipy, numpy, matplotlib

 GNU Parallel >=20150322 (不必要，但是强力推荐)

 bwa

 我们需要安装两个软件，一个是3D-DNA，另一个是juicer。

CPU版本的juicer：

git clone >dna文件解析错误怎么办，原因如下：
第一种原因，这些信息在服务器底层数据库存储时出现了格式错误，此时需要管理员执行数据库周期性的archive *** 作，纠正这些格式错误。
第二种原因，客户端使用的服务器检索程序编写有故障，或者不能处理所有的特殊格式。这种情况需要增强检索查询。

在开始菜单中点击运行，也可以直接按下快捷键win+r打开运行窗口；

2在运行窗口中，输入cmd，按下回车键，打开命令窗口；

3在命令窗口输入命令ipconfig /all ，按下回车键，刷出一堆字，找打NDS服务器后面的ip地址就是了。

4将得到的DNS地址写进电脑；

5点击任务栏上的网络，打开网络和共享中心；

6在导航栏找到更改适配器设置选项，打开它；

7右键单击你要设置dns的网络，然后再打开的右键菜单中，选择属性；

8在属性面板中，选中IP4，然后点击下面的属性；

9在属性面板中，切换到常规选项下，勾选使用下面的DNS服务器地址，输入DNS地址，然后点击确定按钮，设置完成。

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