创建商品分类表

-- unsigned:无符号类型指的是非负数类型

-- 创建商品分类表

create table if not exists goods_cates(

    id int unsigned primary key auto_increment,

    name varchar(40) not null

)

-- 查询goods表中商品的种类

select cate_name from goods group by cate_name

-- 将分组结果写入到goods_cates数据表

insert into goods_cates (name) select cate_name from goods group by cate_name

-- select前面不能加values

-- 通过goods_cates数据表来更新goods表

-- 更新goods表起别名为g 

-- set 去设置商品标的类别名称等于什么

-- 关联类别表：inner join goods_cates  给类别表起别名为c

-- on后面是相等条件 ：商品表类别名称=类别表名称（关联条件）

-- 关联条件商品表的类别名：g.cate_name=c.name

update goods as g inner join goods_cates as c on g.cate_name=c.name set g.cate_name=c.id

-- 向goods_cates类别表中插入数据

insert into goods_cates(name) values ('路由器'),('交换机'),('网卡')

-- 在goods数据表中插入商品

insert into goods (name,cate_name,brand_name,price)

values('LaserJet Pro P1606dn 黑白激光打印机', 12, 4,'1849')

-- 通过alter table语句修改表结构（即改名字又改类型） change：重命名

alter table goods change cate_name cate_id int unsigned not null

-- 类别的名称cate_name重命名为cate_id

-- 外键：限制插入数据，让数据具有唯一性

-- 外键的作用：

让商品表(goods)的cate_id和商品分类表(goods_cates)的id进行比对

插入商品表里的数据，如果goods_cates表没有，那么这个数据插不进去

-- 关联外键

-- 给alter table goods添加一个外键(foregin key)给cate_id设 references（关联）和goods_cates(id)关联

alter table goods add foreign key (cate_id) references goods_cates(id)

给cate_id 添加外键失败 

-- 会出现1452错误 

-- 错误原因:已经添加了一个不存在的cate_id值12,因此需要先删除

-- 删除id=23的

delete from goods where id=23

-- 在goods数据表中插入商品

insert into goods (name,cate_id,brand_name,price)

values('LaserJet Pro P1606dn 黑白激光打印机', 12, 4,'1849')-- 报错，没有十二的数据

-- 取消外键

通过查看表创建语句来获取外键名称 show create table goods alter table goods drop foreign key 外键名称 

alter table goods drop foreign key goods_ibfk_1

三、质量控制

该步骤的质量控制主要包括三个方面：去除嵌合体、去除单一序列、去除非细菌序列和叶绿体序列。

1、去除嵌合体序列

去除嵌合体序列主要包括：嵌合体序列的确定、从序列文件中删除嵌合体和从OTU table中删除嵌合体。

（1）嵌合体序列的确定：

QIIME中提供了identify_chimeric_seqs.py命令以确定嵌合体，方法主要有ChimeraSlayer和USEARCH 6.1两种，但是，经尝试，速度均很慢，所以可以直接使用Mother中UCHIME方法确定嵌合体。使用上面第三步得到的Alignment序列，进行嵌合体确定，嵌合体序列被记录在.accnos文件中，将文件后缀改为.txt得到chimeraID.txt文件。

（2）从序列文件中删除嵌合体

-s选项为只包含序列名的文件（例如上步得到的chimeraID.txt），加上-n选项表示从序列文件中删去该文件中出现的序列，不加-n选项则表示只保留这部分序列。

（3）从OTU table中删除嵌合体

两种方法可以实现：

一是重新生成新的OTU table，在上面第七步make_otu_table.py中加入去除嵌合体的选项：

二是在第七步得到的OTU table中删除：

2、去除单一序列：

单一序列（Singleton）是指在所有测序结果中只包含一条序列的OTU，针对OTU table *** 作同样使用filter_otus_from_otu_table.py命令进行去除：

3、去除非细菌序列和叶绿体序列：

根据进化分类的信息，仅保留细菌序列，同时去除叶绿体序列，使用filter_taxa_from_otu_table.py命令 *** 作：

其中-p选项为仅保留，-n选项为去除，注意k和c后面为连续两条下划线。

当然，2、3两步只是针对OTU table进行处理，如果需要针对.fasta序列文件删除该部分序列，可以通过filter_fasta.py结合OTU table的biom文件实现：

这样得到的序列文件就可以重新进行上面第二项中的5、6两小步，即对齐、剪切、建树。

四、Biom格式的OTU table *** 作

经过质控后，我们最终得到了OTU table，这是下游分析的基础。

（1）Biom格式的OTU table描述：

执行该命令可以得到OTU table的一些基本信息，包括各样品包含的序列条数等。

（2）为方便后续使用其他软件进行统计分析，需要将Biom格式OTU table转化为.txt的文本格式：

dataTable本身就是一张表，你说的添加表的意思应该是创建dataTable对象

然后增加列：

DataTable dt=new DataTable() //创建对象

dt.Columns.Add("列1")  //创建一列名为“列1”

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