罗氏454平台，主要特点是测序长度很长，目前大于1K的测序没有什么难度了，比较适合基因组测序，用于搭建基因组框架，也常用于微生物基因组测序。该平台主要的错误类型是插入缺失。
ABI的SoLID平台，听说该平台不在维护了，故而不再描述。
Life的Ion torrent平台，目前主要有2种型号，较早的一个型号是PGM，该测序仪原理类似于454测序，与454不同的是，454是化学反应发光进行检测，而PGM是半导体测序，检测H离子，如果发生了碱基互补配对，那么高能磷酸键就会释放H离子，导致电位变化，从而根据已知加入的碱基，就可以判断待测序列是否与已知加入的碱基发生互补，从而达到测序目的，测序长度可以达到400BP，主要用于微生物的检测，错误类型也是插入缺失错误。最新的型号是IonProton，该机器与PGM测序原理一致，但是测序通量由PGM的1G数据上升至10G数据，测序精度也较PGM有大幅度提升，测序时间大约是1天。
PacBio的单分子三代测序，该测序仪最大的特点就是测序长度比454更长，更加有利于基因组的拼接工作，有些较小的微生物可以直接将基因组测通成环状。
第二代测序技术又称为下一代测序（NGS），与第一代相比主要是1.高通量测序2.边合成边测序。回顾二代测序的发展史
1996年Ronaghi和Uhlen发明了焦磷酸测序，454 Life sciences 公司基于此原理推出了测序系统Genome Sequencer 20System，标志着二代测序的商用；
2006和07年 Solexa和ABI公司推出了GA SOLID测序平台
2010年Life Technologies 推出Ion PGM系统
2014年华大推出了BGISEQ-1000
1.Illumina/Solexa测序平台
之前也总结过Illumina测序的原理，现简要梗概一下其步骤
1）DNA文库准备：先将DNA链打断成200-500bp的片段，末端修复后在两端连上特异性的接头
2）流动槽杂交：
带有接头的DNA片段流过流通池，与其上固定的种接头通过互补配对结合。这些固定的接头其后充当引物的作用，在聚合酶的作用下进行合成反应。
3）DNA合成后，变性使得未与流动池共价连接的DNA链解离并洗掉，反向练则以共价键结合在流动池的表面。因为DNA单链另一端也含有接头，能够和临近的接头互补，DNA链形成桥式结构，同样的这个相邻的接头充当引物，在DNA聚合酶的作用下， 合成双链桥式结构。重复此过程，形成5000-10000个copy。这个目的是形成序列相同的DNA簇，使得在测序的过程中产生足够强的信号。变性打开，各自形成单链的DNA链固定在表面。将反向链切除，将正向链的的3‘封闭，以免产生不必要的DNA延伸。
4）DNA测序：加入测序引物，DNA聚合酶，4种带不同荧光标记的dNTP，且这些dNTPde3’端羟基被封闭，无法继续下一个反应。计算机检测到荧光的信号后，将不同的信号转化为对应的碱基。加入化学试剂淬灭信号，并去除3’的保护基团，并进行下一个碱基的反应。
illumina测序一般能够检测150个碱基左右，因为在后续，由于DNA合成酶活力下降等原因，造成相同序列的DNA信号不一致，DNA测序的准确性下降。
在实际的测序过程中，通常一次性会测不同物种来源的DNA，此时，需要barcode来进行标记。不同的物种带有不同的barcode序列，在DNA测序完成后，需要加入barcode引物，将barcode也进行测序。
该测序系统基半导体测序原理，不需要进行光学感应。
原理简要概括如下：
在测序的过程中，识别不同的碱基不是依靠荧光信号，而是通过dNTP结合释放的H+。
更多的信息详见 7种测序平台 - Thinkando - 博客园 (cnblogs.com)
补充：
罗氏454测序
罗氏454的焦磷酸测序是最早发行的二代测序。其测序的文库的建立和Ion Torrent相似，一个磁珠吸附一个模板DNA，充当一个微型的反应器。外面裹以油，将不同的液滴隔离开来。不同的片段平行扩增，待反应结束后，破坏乳液，只剩下磁珠。此时一个磁珠=一条读长。
将磁珠放在PTP板中测序，依次加入ATCG四种碱基。让碱基能够成功配对时，会释放一个焦磷酸。
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